司馬遷為太史令五年，與壺遂完成《太初曆》，為武帝所采用。《自序》雲：“天曆始改，建於明堂，諸神受紀。”這是漢朝當時一件大事。天官之學，司馬遷認為乃其原始的家學，當周宣王時失其守，而始為司馬氏。至司馬談時重究舊業，學天官於唐都。《史記·天官書》雲：“昔之傳天數者，高辛之前重黎，於唐虞羲和……夫自漢之為天數者，星則唐都，氣則王朔，占歲則魏鮮。……為天數者必通三、五，終始古今，深觀時變，察其精粗，則天官備矣。”[8]是則司馬遷之完成《太初曆》，使漢朝改正朔，易服飾，不但有所師承，而且自許由此而究得天之運數，至今已該當新運。[9]同書太史公又雲：“夫天運三十歲一小變，百年中變，五百載大變，三大變一紀，三紀而大備，此其大數也。”天運之數五百年一大變，此種觀念先秦已然存在，例如，史記周太史儋見秦獻公曰：“始秦與周合而離，離五百歲而複合；合七十歲，而霸王者出焉。”[10]是則司馬談遺囑謂自獲麟以來四百有餘歲，今漢興如何如何，表示語有深意焉；司馬遷記其此言，亦有深意焉。是以司馬遷在敘述其父遺囑，為太史而開始研撰時，慨然謂：
太史公曰：“先人有言：‘自周公卒，五百歲而有孔子；孔子卒後，至於今五百歲。有能紹明世，正易傳，繼春秋，本詩、書、禮、樂之際。’意在斯乎！？意在斯乎！？小子何敢讓焉！”
按：孟子“言必堯舜”，司馬遷對他極為推崇，記堯、舜、禹事多采其言，或有人謂“尊孟子亦自司馬遷始”。[11]司馬遷讀《孟子》而大加推崇采信，則他必讀過該書最末一段語錄。孟子曰：
由堯、舜至於湯，五百有餘歲，若禹、皋陶則見而知之，若湯則聞而知之。由湯至於文王，五百有餘歲，若伊尹、萊朱則見而知之，若文王則聞而知之，由文王至於孔子，五百有餘歲，若太公望、散宜生則見而知之，若孔子則聞而知之。由孔子而來，至於今，百有餘歲；去聖人之世，若此其未遠也，近聖人之居，若此其甚也，然而無有乎爾，則亦無有乎爾！[12]
是則五百歲必有聖人興，後聖繼前聖，聞道而特起，此一觀念在儒家由孟子提出，隱然有預期孔子以後五百歲，當有聞知其道而繼起者。司馬遷自述開始研撰《史記》，以至改正天曆、諸神受紀之際，突然冒出“先人有言”之語，意思究竟何在？《索隱》注謂：“言且當述先人之成業，何敢自嫌值五百歲而讓之也。”[13]據此，則司馬談生前此言，僅是欲表示周公開創曆史文化，孔子承傳曆史文化，至今時機已至，自己應慨然當此使命，繼之而紹述孔後四百有餘歲的曆史文化而已。由於其父並未完成此業而卒，所以司馬遷才於引用其言之後，連說“意在斯乎，意在斯乎？小人何敢讓焉”！表示弄清楚其父之真意應該在此，而自己則欲繼承父親此誌業，不敢自嫌值五百歲而讓之也。假如所釋無訛，則司馬遷繼承父業，實與五百歲當有聖人興的觀念意識無關。
不料司馬遷之自言其為何繼承父業，竟引起壺遂的兩次質問。情況與後來班固因繼承其父之續《太史公》，而被密告“私改作國史”，因而下獄險遭死難，幸其弟班超赴闕說明而始免之事頗為相似。壺遂是司馬遷之同事，是他所推崇的長者。[14]似因司馬遷提及上述的當期運之意識，故向司馬遷提出了兩個尖銳而敏感的問題。以司馬遷與他的關係，壺遂之問當不至於心懷惡意，然而卻正好成為司馬遷澄清一些問題的好機會，是以於《自序》中不憚煩冗地做了辯述以免時難。
這兩個問題其實是相關的，尤其關係了經、史之分別及史學的重要構成問題。
壺遂第一問是個簡單而又複雜的問題，他是這樣發問的：“昔孔子何為而作《春秋》哉？”其答案幾乎自孟子以來，——尤其《春秋》此時已成大經——人所周知，但司馬遷對此回答的方式則饒有深意。他首先論孔子作《春秋》的背景是被諸侯大夫所壅害，意識到“言之不用，道之不行也”，於是褒貶二百年之間的曆史人事，“以為天下儀表”，其目的在“達王事而已矣”；其次乃提出《春秋》的性質和方法是辯明人倫是非，接著扼論六藝之各有要旨功能，以及由經世致用觀念對《春秋》一書予以強調，最後才給予“《春秋》者，禮儀之大宗也”的結論。正唯其答案如此，所以壺遂的第二問就如此發問：“孔子之時，上無明君，下不得任用，故作《春秋》，垂空文以斷禮義，當一王之法。今夫子上遇明天子，下得守職，萬事既具，鹹各序其宜；夫子所論，欲以何明？”這就無異直疑司馬遷是否有意當其運而繼起為聖人矣。司馬遷第二次回答，再次說明孔子作《春秋》之方法為褒善貶惡；然後，聲言此時為聖明時代，有司不載是失職，“餘嚐掌其官”，父親也曾遺命，因此不敢推卸此史命。亦即表示其撰述之方法、背景、目的，均與孔子不同。並強調其使命意識之所在。最後則強調其所為是“餘所述故事，整齊其世傳，非所謂作也；而君比之於春秋，謬矣。”用以斷言其撰述之對象、目的、性質以及方法，俱與孔子作《春秋》不同。經、史之分野，以及史學何以成其史學，即可見於此，容稍分析於後。
司馬遷答壺遂第一問的開始雲：
餘聞董生（按：指董仲舒）曰：“周道衰廢，孔子為司寇，諸侯害之，大夫壅之。孔子知言之不用，道之不行也，是非二百四十二年之中，以為天下儀表——貶天子，退諸侯，討大夫，以達王事而已矣。”
這種答法，無異有孟子所謂五百歲去聖久遠，後聖繼起者則“聞而知之”的意思。司馬遷敘孔子作《春秋》的背景、意識和目的，其實不必借用聞自董仲舒之言，因為他對此非常了解，例如，於《孔子世家》述此事雲：
（魯哀公春狩獲麟後）子曰：“弗乎！弗乎！君子病歿世而名不稱焉；吾道不行矣，吾何以自見於後世哉！”乃因史記，作《春秋》，上至隱公，下訖哀公十四年，十二公。據魯、親周、故殷，運之三代，約其文辭而指博：故吳、楚之君自稱王，而《春秋》貶之曰“子”；踐土之會實召周天子，而《春秋》諱之曰“天王狩於河陽”。推此類以繩當世。
貶損之義，後有王者舉而開之，《春秋》之義行，則天下亂臣賊子懼焉。孔子在位聽訟，文辭有可與人共者，弗獨有也。至於為《春秋》，筆則筆，削則削，子夏之徒不能讚一辭。弟子受《春秋》，孔子曰：“後世知丘者以《春秋》，而罪丘者亦以《春秋》。”[15]
司馬遷如此下筆，根據《公羊傳》之外，實有另一段資料來源。即前章所引《孟子·滕文公下》所載
世衰道微，邪說暴行有作，孔子懼，作《春秋》。《春秋》，天子之事，孔子成《春秋》，而亂臣賊子懼之言。
司馬遷據此以撰《孔子世家》，以據此以答壺遂，即知司馬遷確定孔子的確見世衰道微，遭受壅害，而思發憤以行道，欲聲名及其道能通於後世，是為其作《春秋》的意識所在。他確定孔子透過是非褒貶的方法，以求“為天下儀表”“以達王事”，此為作《春秋》之目的。
其次，司馬遷明顯的指出《春秋》一書之對象和性質，是一部為規範正文教人倫而作的道義哲理的批判之書，故答壺遂說：
子曰：“我欲載之空言，不如見之於行事之深切著明也。夫《春秋》，上明三王之道，下辨人事之紀，別嫌疑，明是非，定猶豫，善善惡惡，賢賢賤不肖，存亡國，繼絕世，補敝起廢，王道之大者也。……《春秋》辯是非，故長於治人。……《春秋》以道義。撥亂世，反之正，莫近於《春秋》。……（君父臣子）不通於《春秋》之義者，必蒙首惡之名……必陷篡弑之誅、死罪之名；其實皆以為善，為之不知其義，被之空言而不敢辭。……故《春秋》者，禮義之大宗也。”
是則司馬遷已清晰地指明：就學術的對象而言，《春秋》實以發明及規範人倫道德為主，所謂明王道，辨人事，禮義之大宗是也。就其性質而言，“《春秋》以道義”之意，實指此書為蘊含絕對真理之書，亦即是壺遂所謂孔子作《春秋》，“垂空文以斷禮義，當一王之法”的“空文”也。就其功用言，則是有存亡繼絕，撥亂反正，而“長於治人”功能。從上述種種性質作用看，以故司馬遷答壺遂，謂“君（將《史記》）比之於《春秋》，謬矣”。換句話說，司馬遷否認《春秋》的對象、性質與其據所創的新史學撰述之《太史公》相同，因為《春秋》是批判性及理論性之學術故也。他特別引述孔子“我欲載之空言，不如見之於行事之深切著明也”，用意殆在表明《春秋》一書，其實是假借曆史批判以發明其“空言”之書罷了。此意與孟子之說實相通，而於《十二諸侯年表序》有更清楚的說明：
周道缺……孔子明王道，幹七十餘君莫能用，故西觀周室，論史記舊聞，興於魯，而次《春秋》：上記隱，下至哀之獲麟；約其辭文，去其煩重，以製義法。王道備，人事浹。七十子之徒口受其傳指，為有所刺譏、褒諱、挹損之文辭，不可書見也。魯君子左丘明懼弟子人人異端，各安其意失其真，故因孔子史記，具論其語，成《左氏春秋》。[16]
由上麵之冗述，可知此時已然經學化的《春秋》已被司馬遷確認為一部據義理以行王道之書，是假借曆史記載形式以成之空文。正唯《春秋》的對象和性質是如此，所以此書才隻能口受而不能刊見；也正唯其目的不在“述故事”而在道義法，故受者才會因各有體認而至異端之出現，導致左丘明作《左氏春秋》，欲以統一及端正孔子的真旨。就此而言，《史記》確實不能比之於《春秋》。
司馬遷透過回答壺遂的第一問，不但解答了“孔子何為而作《春秋》”，抑且解釋了“孔子如何而作《春秋》”，及“《春秋》究竟為何種學術”諸問題，其目的是用以作為澄清第二問的基礎。當壺遂詢以“夫子所論，欲以何明”之時，司馬遷答得“唯唯否否”，避重就輕的隱約態度顯然值得深究。第二問似乎主要是就撰述之動機、意識和目的等方麵發問的，而司馬遷的回答，故意超出了所問的範圍。
首先，司馬遷認為傳統而正當的撰著意圖和方法，不僅隻是偏於刺譏而已，尚且有表揚的一麵，表示其著作之意圖和方法，並不違反此傳統。然而他之所以強調了漢興以來的聖明，實因避忌之故，與敘述其父遺囑而強調漢德之意識相通。《太史公》一書中，對漢朝不滿，對其君臣進行“貶天子，退諸侯，討大夫”的批判工作，其例所在甚多；司馬遷自己也聲明，漢興以來將相名臣，他的處理態度是“賢者記其治，不賢者彰其事”，[17]也就是記善彰惡之意。就此而言，司馬遷並不否認他具有批判的意圖，隻是答問時不便強調。不過，司馬遷避此而張彼，他強調其撰述的意識動機，是在當今聖明而不布聞，是有司之過，“且餘嚐掌其官，廢明聖盛德不載，滅功臣、世家、賢大夫之業不述，墮先人所言，罪莫大焉”——亦即前述的使命、立孝、職守，以至自覺身係曆史文化存續的史家基本意識。易言之，司馬遷自認其撰《史記》的背景與意識，與孔子作《春秋》不相同，雖也兼采批判的方法，但其目的不是欲“垂空文以斷禮義，當一王之法”，而是由天下史文的存廢方麵出發。正唯其出發點在此，所以其結論才說：“餘所謂述故事，整齊其世傳，非所謂作也；而君比之於《春秋》，謬矣。”
“述故事，整齊其世傳”，此即經、史之分野所在。史學的對象是“故事”——人類在以往發生過的事實，與經學的對象“義法”——人類道德行為的禮義法則——顯然不同。因而“《春秋》以道義”和“《史記》述故事”，其差異實可不言而喻；勉強以今日學術分類言之，一者屬哲學，或者是將哲學落實於曆史批判的曆史哲學，一者則是地道的史學。或者說，經學追求真理，而史學則是追求真相。
兩種學術對象與目的之差異既在此，則前述司馬遷指出《春秋》的性質是思辨性的，是批判性的，其方法則主要是反省與褒貶；至於其開創的史學則不僅如是而已，它尚講究論證與敘述，因而他在《自序》雲：“罔羅天下放失舊聞，王跡所興，原始察終，見盛觀衰，論考之行事，略推三代，錄秦漢，上記軒轅，下至於茲。”表示史學是搜集史料，將事跡予以論證，然後放回曆史發展序列中加以比較觀察，最後將所得之結果以記錄敘述的方法表現出來，讓史實真相展現其真理的一種學術，可謂繼承了《左氏春秋》的精神要旨而又在方法上超越之。考、論、述等方法論上的字眼，《史記》各篇章中常有強調，不必贅舉。就研究進行而言，史學是考和論——考證和推論——的學術，就完成的形式而言，它是述——敘述或論述——的學術；無論如何，其特性是建立在史料證據的研究上。以故必須“罔羅天下放失舊聞”，此與傅斯年所謂的“上窮碧落下黃泉，動手動腳找東西”有異曲同工之妙。但是史學並非就是史料學，因此，所謂“述往事，整齊其世傳”，其含義有循循有序恰如其實地記敘以往發生過的事實，將事件放回曆史序列中加以整理整齊。是以其義亦符合“屬辭比事”之原初《春秋》教旨[18]“述往事”三字，他在《自序》及《報任少卿書》曾三次強調過，具有尊重及遵循既往事實的客觀性而加以說明的意思，下一句“整齊其世傳”則隱含辨明真相、重建曆史的意義。
順著司馬遷此意旨，則有另外兩個問題可以獲得進一步的理解：此即他不否認運用了批判方法，和他批判《春秋》是“空言”。關於第一個問題，前麵已引述他對漢興以來將相名臣的態度，是“賢者記其治，不賢者彰其事”。治之與事，其實為一，全句表示他尊重客觀的曆史事實加以記載說明，賢者恰如其實的記載其事跡，不賢者亦如實地表明其事，此正班氏推崇《太史公》“不虛美，不隱惡”，是一部“實錄”的意思所在。透過記述事實而讓事實說話；事實擺明，則善惡自見，此為司馬遷進行批判的方法所在，顯然也不能“比之於《春秋》”，因為關係到作者是否蓄意批判。
第二個問題可由第一個問題得到理解，即“空言”乃是相對於“實錄”而言。作《春秋》，是由於“欲載之空言，不如見之於行事之深切著明也”，亦即孔子先已據道義，然後才“落實”到事實層麵上發揮。先有主觀的思想觀念，然後才控禦事實加以表現，此與“述故事”的原則完全不同，《史記》當然不能“比之於《春秋》”。也就是說，太史公的史學性質是就事論事、明理合一，以致因明事理。蓋他認為孔子的《春秋》主體是義法，表現形式則屬史學，是以義繩事、借史明經的。在形式上他不否認《春秋》是一種史記，故《孔子世家》說左丘明“因孔子史記，具論其語，成《左氏春秋》”；然而實質上是“《春秋》以道義”，是一種哲理性的書。哲理的重要方法是思辨批判，相對於史學而言，比較上屬於“空言”。司馬遷回答壺遂第一問時，除了引用孔子自謂其文寓有“空言”之外，尚論說君臣父子不通於《春秋》之義者必陷於罪惡，這些人“其實皆以為善，為之不知其義，被之空言而不敢辭”。這裏說的“空言”，《集解》引張晏曰：“趙盾不知討賊而不敢辭其罪也。”作者在前文即已引述此例，此實為以義繩事、借史明經之例。趙盾未弑君而卻“因法受惡”，事非其實，史官卻援義法而如此記述，不是“空言”，則難道是“實錄”不成？竊思司馬遷一再指《春秋》是“空言”或“空文”，其詞之運用似無貶義，隻是用以分別《春秋》與《史記》性質之不同，一屬義理性質，一屬事實層次罷了，這也就是強調追求真理與真相之別，亦即經學與史學之別。據此，則附帶使另一問題得到了理解，此即《報任少卿書》中，司馬遷曾說：“及如左丘明無目，孫子斷足，終不可用，退論書策以舒其憤，思垂空文以自見。”《孫子兵法》和《左氏春秋》何以竟是“空文”？《孫子兵法》是一部軍事哲學之書，其理猶可明。[19]至於《左氏春秋》，今人視其性質同於《史記》，皆為史學著作，何以亦成了“空文”？推司馬遷之意，孔子“因史記，作《春秋》”，其實“《春秋》以道義”，是說教之書。左丘明“因孔子史記，具論其語，成《左氏春秋》”，其性質實為以事釋義，以史傳經的傳經之作。傳經是傳闡孔子《春秋》經的意旨，其目的本在於此，不意竟然發展成偉大的史著，則是始料未及。[20]《左氏春秋》被漢人視為傳經之作，故就對象和性質而言，當與司馬遷的新史學有所不同，絕非他無識到不知此書為史著也。蓋從史學角度言，人文變化，必從事跡史實中研求，故必經搜羅史料、考證推論的程序而始克為之，此亦為史學的獨立自主性所在，與借史闡釋某家學說者大不相同。《春秋》既是哲理說教之書，所以是“空文”；《左氏春秋》目的在傳經，其對象是以史實解釋義法，最終的追求在闡明《春秋》的哲理，故實質上是一部注釋教義哲理之書，因而它也是一部闡釋“空文”之“空文”。由此可知，司馬遷答壺遂之問，一再認定《春秋》是“空文”，其意旨實即在劃分《史記》與《春秋》兩種學術的分野，明辨經、史之差異也。
壺遂與司馬遷的問答，司馬遷至此而止，撰史和傳道原是兩回事，撰史與說教今日看來顯然不相同，不必贅辯，然而司馬遷在此卻一再論述道義和《春秋》諸問題，若非其邏輯思考發生了問題，則必然是另有一番深意。看他答得“唯唯否否”的態度，看他後來隱約“欲遂其誌之思”的反省，看他發憤“思通其道”的比喻，看他“述往事，思來者”的期望，作者有理由相信他的撰述自有深意，“未易一二為俗人言”。這種深意，或許寄在當期運之時機，繼往開來的整齊世傳異端，創新學術——史公父子自知此非姬周王官之學——以及生命不朽之上。司馬遷苟若缺乏此深意，以下兩千年的史學，當難有或延宕了開創新局之望。綜其問答，可用一表以厘澄其所開創的新學術與經學之差異所在，[21]而以下二千年史學，主要即承襲其創始而發展。
總而言之，司馬遷在“思通其道”雖隱約其詞，但孔子“修舊起廢，論詩書，作春秋，則學者至今則之”的承傳以往學術下開新局的精神，與司馬遷的“略以拾遺補藝，成一家之言；厥協六經異傳，整齊百家雜語”之精神是相通的，他所以不敢讓焉之旨在此，於《自序》詳論孔子及六藝之旨亦在此。至於他的新學術，其目的、對象、性質與方法均與《春秋》不盡相同，體裁更不必論，此自是他的創始，就史學史角度看應是“作”而非“述”。他聲言“餘所謂述故事……非所謂作也”，是指內容之客觀性而言其當時的心態應與孔子說“述而不作，信而好古”時殆亦相通，蓋既作之矣，複謙遜之，《報任少卿書》所謂“仆竊不遜……誠已著此書”，即此之謂也。由此可知，就精神觀念乃至意識方法而言，孔子—左氏—史公實有一脈相承而又不盡相同之外。然而，孔子刪詩書禮樂而分為六藝，以存人文化成，而“天下之文”；史公承此觀念，一再強調六藝，遂本詩書禮樂之際而八書於一著，不僅精神觀念與孔子相通，內容之廣大更遠甚於左氏，難怪鄭樵極讚此二人，而許史公“能上稽仲尼之意”矣。[22]