讀《太史公自序》（以下簡稱《自序》），知司馬談對其子的撰述《史記》具有甚大的啟發影響。這些啟發影響，奠定了司馬遷的曆史觀念與意識，而與司馬談的論六家要旨和遺囑有關。因此，司馬遷特別將此兩段言論記述下來。[3]
先秦諸子之學均為“私學”而無稱“家”者，將包括儒學在內之諸子學統稱為“百家語”，殆自李斯建議焚書始。司馬遷於《自騙子》末段之子序中，謂曆史文化的發展，至周而廢弛，秦朝撥去古文、焚滅詩書，使圖籍散亂，文化遭劫。俟漢興，而始“彬彬稍進，詩書往往間出……百年之間，天下遺文古事靡不集於太史公”雲。司馬談時為太史公，得以廣泛讀書，因而歸納六家以論其要旨，其動機蓋謂“湣學者之不達其意而師悖”，因而他要對此六家做一反省批判，以啟示當代及後世學者。在其思想中，陰陽、儒、墨、名、法五家各有優劣，而推崇道家，這已是眾所皆知的事。然而，照其觀念推下去，此六家皆“務為治者也”，隻不過是“一致而百慮，同歸而殊塗”罷了，是則推崇道家即無異表示道家融合了諸家優點，而最能為治了。司馬談此一看法，後人或誤以為司馬遷的觀念，遂從揚雄、班彪之徒始，嚴厲批判司馬遷“是非頗繆於聖人，論大道則先黃老而後六經”。為此而為司馬遷辯護者亦已多，姑勿論之。要之在此值得根究的，乃是司馬談在何種意識下而有此論著，其對如儒家的最後認知如何，為何能影響其子？解答這個問題誠非易事，必須與其遺囑作比較，庶可得之。其遺囑對本文的論證有大用，茲錄之如下：
太史公（司馬談）執遷手而泣曰：“餘先，周室之太史也，自上世常顯功名於虞夏，典天官事。後世中衰，絕於予乎？汝複為太史，則續吾祖矣！
今天子接千歲之統，封泰山，而餘不得從行，是命也夫！命也夫！餘死，汝必為太史。為太史，無忘吾所欲論著矣！且夫孝，始於事親，中於事君，終於立身；揚名於後世，以顯父母，此孝之大者。夫天下稱誦周公，言其能論歌文、武之德，宣周、召之風，達太王、王季之思慮，爰及公劉，以尊後稷也。
幽、厲之後，王道缺，禮樂衰，孔子修舊起廢，論《詩》《書》，作《春秋》，則學者至今則之。自獲麟以來，四百有餘歲，而諸侯相兼，史記放絕。今漢興，海內一統，明主、賢君，忠臣、死義之士，餘為太史而弗論載，廢天下之史文，餘甚懼焉！汝其念哉！”
司馬談論著六家要旨背後的精神意識，可由其評論周公與孔子的言語中發掘。他稱頌周公，實由“孝之大者”為出發點。《孝經》雲：“立身行道，揚名於後世，以顯父母，孝之終也。”周公能立身及行道，並從而論歌宣達其祖考之德風，使自己揚名於後世，而祖考亦因之以顯。因此，其論著六家要旨，遺命其子“無忘吾所欲論著者”，基本上即由大孝揚名的成名不朽意識出發，亦即孔子所謂的“君子疾沒世而名不顯”意識。
其次，周公行王道、宣德風是開創曆史文化之偉業，後至孔子之世，已然王道缺、禮樂衰。孔子之繼起修舊起廢，即修禮樂而起王道之謂，表示孔子已經得到王道，而透過六藝，將此偉業承傳下來。在司馬談的意念中，孔子之曆史文化事業，是一種傳達大道，承前啟後的大事業，向上繼承傳統，向下開展文化之新生機。他所論著的六家，實即自孔子於獲麟絕筆以來，四百有餘歲戰亂之世的主要學術發展。按：諸子開創其私學之初，常各引對其學說有利之史事以為助證，即前章所論之隨意“用史立說”是也。此對曆史之所以必須為真或近真，已然有所傷害。及至此時經四百年戰亂之世的發展，誠如李斯之言，其第子們“語皆道古以害今，飾虛言以亂實，人善其所私學。”[4]也就無異謂子學所道之古益更虛言亂實，以故司馬談既認為學者不達六家的要旨，各習師說而惑於所見，因而“湣”之，於是遂有推原諸子、整齊雜語之思想意識。就此點而言，他是與孔子修《禮》《樂》、論《詩》《書》、作《春秋》的思想意識相通的；隻是孔子當時的學術在王宮六藝，而司馬談此時學術並不局限於此，而為私學六家罷了。換句話說，他之論著六家要旨，實有綜合批判四百年曆史文化，以啟來者的傳承意識。
行文至此，在這裏又有一個值得思考的問題：司馬談既是尊崇道家的人，何以他又向其子推崇周公和孔子？這個問題比前一問題更不易解答。最直覺的答案乃是：漢武帝此時獨尊儒術，罷黜百家，所以他因應時代的趨勢而改變。然而這個答案對睿智而有主見者如司馬談，似是不甚適合，而司馬遷也未曾明確表示其父有此學術思想上的重大改變。也就是說，司馬遷並無表示其父因時代思潮的改變而改變其學術，更未表示其父晚年乃至死前對儒家有發自內心深刻的覺悟，因而改變了其向之所學。所以，此問題隻得從司馬談對孔子與儒家所持的認識及評價方麵入手求解答。
司馬談批判雲：“儒者博而寡要，勞而少功，是以其事難盡從。然其序君臣父子之禮，列夫婦長幼之別，不可易也。”亦即承認儒家的政教功能，但批評其學術範圍的博大以及學習過程的勞苦，因而判定“其事難盡從”。如何博而寡要、勞而少功？他稍後跟著解釋說：“夫儒者以六藝為法。六藝經傳以千萬數，累世不能通其學，當年不能究其禮，故曰博而寡要，勞而少功。”他對儒家的全部批判如此。在此值得注意的是，他對六藝所代表的儒家，本質上並無反對、排斥及輕視之意；然而既雲“六藝經傳”，即是針對此時已然經學化乃至災異化之六藝學。據此，表示他似乎有將孔子與儒門弟子分開看待之意，以故對開創六藝的孔子不僅無意非難，抑且反而推崇其將古史學開創為六藝學。這表示了司馬談之思想銳利，不僅不是一個黨同伐異、抱殘守缺的門戶狹隘者；相反的，他實為一個心胸開闊，能夠兼容並蓄的人。其胸襟對其子影響甚大，因而司馬遷為此竟被揚雄、班彪之徒所批評，其故在此。
司馬談推崇道家而不排斥儒術及其他四家，而且對儒家也有所表揚，這種兼容並蓄、論而不排的胸襟氣度，絕不似孟子之排楊朱而尊孔子。對司馬談本身而言，此即使他能夠進一步的認識孔子，並能客觀地評論孔子之曆史地位和評價其文化成就之意義；對其子而言，司馬遷之所以能重新認識儒家，以繼承孔子的學術文化事業自居，實即承受了其父的影響和啟示。因此，盡管司馬談推崇道家，但他卻不勉勵其子效法黃帝、老子之術。相反的，儒家所推崇的兩位聖人——周公和孔子——在曆史上的地位和文化上的價值，並用以激勵其子繼起效法，此誠司馬談極具曆史意識的表現。因此，司馬遷乃於《自序》特別強調雲：
太史公曰：“先人有言：‘自周公卒，五百歲而有孔子；孔子卒後，至於今五百歲，有能紹明世，正《易傳》，繼《春秋》，本《詩》《書》《禮》《樂》之際。’意在斯乎，意在斯乎！小子何敢讓焉！”
司馬談遺囑中尚有另一種極強烈的曆史意識，可以上通於晉董狐及齊太史，此即職守意識及由此續發衍生出來的身係曆史文化存續的自覺意識。他意識到四百餘年來戰亂之局，已使史記放絕，天下曆史文化已至不絕如縷的境地。太史是史官，論載史文乃其職責所在，若不論載而使之廢絕，實為史官失職。[5]他本來即有整齊各家學術的高尚誌向，又意識到自己在此關鍵時代而身為史官，曆史文化的存續即係之於自己一身，因而正是自己當仁不讓的時刻。對他來說，似乎整齊各家學術固為一種使命，然而他身居史官，在此緊要時刻必須使史官舉職，以存續天下的史文，此使命較前者更為重要，而且也涵蓋了前者。明顯的，這種強烈而沉重的身係曆史文化存續之使命意識，並不是每一個史官都能有此自覺。正唯司馬談有此自覺，所以才感覺到己之將死，而史文論載弗能完成，是以內心甚懼焉。在此困懼情況之下，遂切囑其子“為太史，無忘吾所欲論著矣”“汝其念哉”！
假若大學者皆有法外心傳，司馬談之遺言，實即為中國傳統大史家的心傳，其子之開創史學影響極大。總括來說，司馬談的心傳，主要是一些主觀自覺的曆史觀與思想意識，包括：第一，史官（史家）的職責為保存曆史文化，曆史文化之存續與否即端係於此，因而史官（史家）不能失職，不能回避，須當仁不讓。第二，曆史的撰著不僅隻是“述往事”，“述往事”僅是史官（史家）的職責，而優秀的史官（史家），其美德和功能即在能進一步的“論”，透過論述以究明道理。第三，這種整齊學術、論載史文之事業，是一種本身即足以使作者得以立身揚名的事業，是追求不朽生命的立言事業；透過撰史以追求成名不朽值得鼓勵，有理想的史家應該具有此意識。第四，透過這種學術，史家能夠經世行道（請閱後述）。除此四點之外，司馬談在此兩段言論之中，表達了一個大學者必須有胸襟開闊、兼容並蓄的器識；他不因道家的清靜無為而忘記了周公、孔子的人文化成，也不因道家的絕聖棄智而忽視了明賢忠義。
上述即是司馬談切囑司馬遷無忘的“吾所欲論著”。所謂“吾所欲論著”，蓋兼指所欲論何，與所欲以何（觀念意識）作論著，及所欲論著之目的三者而言。司馬遷自述其當時的表現，說“遷俯首流涕曰：‘小子不敏，請悉論先人所次舊聞，弗敢闕！’”單就這句誓詞而言，司馬遷顯然已答允了繼承其父的誌業。
司馬遷既敘述了其父欲論著的觀念意識，並答允了繼承其父所欲論著的學術事業，是則上述的觀念意識，對司馬遷來說，應當是了解體會得最親切不過的了。至於他是否完全接受而擴充之？誠值進一步的加以檢討。
司馬遷因“先人嚐掌斯事”而顯，當此關鍵又“父子相續纂其職”，無論從存續曆史文化、繼承先業、盡忠職守等任何角度看，皆對此無可回避而應當仁不讓，是以連稱“至於餘乎！欽念哉！欽念哉！”對使命意識之強調於此可見一斑。當此意識充塞於內心之時，雖受極刑下辱，亦仍能支持其隱忍偷生。司馬遷在其《報任少卿書》中對此即有說明，謂其之所以忍辱苟活，“事未易一二為俗人言也”，“人固有一死，死有重於泰山，或輕於鴻毛，用之所趨異也”。他用其生命追求一種更高之目的；曆史文化存續承傳的完成，顯然是其中最高之目的，至於後文提及的“通古今之變”則是其學術最高之目的。他自謂忍辱不死是“恨私心有所不盡”者之一點，而此即應是其中最重要的一點私心。
上述的第二點及第四點觀念意識，須留待下節討論《春秋》時一同觀察，始能更為清晰。若單就其誓詞所謂“請悉論先人所次舊聞”之“論”字看，顯然表示司馬遷對此是認同的。
至於第三點，有值得注意的，即曆史著作並非每一部皆能成為名著。不能成為名著或名著中之佳著，表示其著者無以安身立命於其著作之內，借其著作成其一家之言，獲其不朽的生命。世之俗史多矣，他們在當時或即湮沒無聞，遑論揚名於後世了。司馬談黽勉其子，不是鼓勵他為此類俗史，而是指示他從事一個能立身揚名的誌業。由於撰述曆史是其家的世業，又是他們父子職守之所在，而且更重要的是，全麵整理曆史文化以究明大道，史學較其他經子學術更易為功，所以才切囑司馬遷要論載天下之史文。是則史家是否能由立言而立身，此即關係他是否能不朽而揚名，而與上述第一、第二、第四點觀念意識具有密切的關係。司馬遷聲言其受辱不死，是為了要完成曆史文化的承傳紹述工作，並從而追求“成一家之言”，正是此三點觀念意識的充分表現。也就是說，他具有強烈的揚名不朽的意識，並相信及希望其著作能達到此目的，尤其受刑之後，此意識之追求更為深切強烈。故而《自序》載其自我反省雲：
太史公遭李陵之禍，幽於縲絏，乃喟然而歎曰：“是餘之罪也夫！？身毀不用矣！”退而深惟曰：“夫詩書隱約者，欲遂其誌之思也。昔西伯拘羑裏，演周易；孔子厄陳蔡，作春秋……大抵賢聖發憤之所為作也，此人皆意有所鬱結，不得通其道也。”
李陵之禍是否司馬遷之罪，他後來在《報任少卿書》中已有解答。無罪而受困辱，司馬遷經深切的反省，遂自比於西伯、孔子、屈原、左丘明、孫子、呂不韋以及韓非諸賢聖。諸賢聖遭時厄，無罪而受困辱，遂忍受挫辱而發憤著書，目的是為了解其鬱結，思通其道於世。所謂思通其道，當指思考如何透過其著作以成其一家之言，達至立身揚名之意。《報任少卿書》中，他即重述此諸賢聖之例，例前明言“古者富貴而名摩滅，不可勝記。唯俶儻非常之人稱焉”。換句話說，唯有俶儻非常之人如諸賢聖，不論他們是否富貴，或蒙受何種挫辱，皆能有所為，伸其不朽的生命，以揚名於後世。由此而論，司馬遷對成名意識的體會領悟，雖因其父而得啟發，但卻較其父尤為深刻。
另外，司馬遷尚有為其父所未強調的兩種看法，而對史學影響甚大者。
第一，《自序》表明了他的曆史人物選擇標準，即能列入其史著之列傳人物，皆應為“扶義俶儻，不令己失時，立功名於天下”者，豪傑突出之士世間不少，他們或能成立功名於當代，卻未必能揚名於後世。他們中許多人需要依靠史家之筆，方能求得較長久的生命，司馬遷首先提出這樣的選擇觀念及標準，似由其父遺命他論載“明主、賢君、忠臣、死義之士”的觀念引申而來，而且在意義上似較其父更為擴充開闊。不論如何，他們父子此選擇標準之背後，實際上即含有“君子成人之美”，以及人物批判的意識觀念，尤其司馬遷為了適應人物論述批判的需求，而特意開創了紀傳體，不僅較編年形式更能完整地突出人物之美惡，而使其人事跡生命與青史長垂，抑且在史學記言、記動兩大傳統之外，新增了記人之傳統，並且成為此下史學的主流。
如此一來，司馬遷遂使其史著發揮了極大的經世致用功能以及史學後患，蓋讀史者由此獲得許多經驗和鑒誡，也希望有朝一日能得名列青史，留取丹心照汗青。許多豪傑之士為了名列青史而發憤，也為了能名留青史而竟至加壓力於史家；官方亦利用之以推行官方意識的政治教化，甚至為了獨占此有利的工具，而將國史修撰權收歸中央。在政治教化力量幹預之下，司馬遷本身就是第一個新史學出現後蒙受官方與偏狹經學家批評的人。這種幹預長期發展下去，遂使史學變質為所謂的“帝王家譜”或“道德教科書”。此外，對治史者而言，則在兩方麵發生了重大的影響：人物選擇必將追究到史家的價值觀念和史識，而使史家有動輒得咎之感。再者，史家在外界壓力之下，又必須麵臨史德的嚴峻考驗。因此，獨立自主的史家及其著作，如司馬遷及其《史記》者，竟在中國史學史上變成鳳毛麟角。至於大多數的史官及史家，大都懷有史禍的憂患意識，其上焉者或藉撰史以發揮官方的政教意識而猶未忘記史之為義，下焉者或竟至隻“述故事”而不“論”人世，使正史成為“名人錄”或“錄鬼簿”。總而言之，司馬遷的《史記》，將成名意識擴大而複雜化了。他自己因《史記》而成名不朽，並以此顯其父祖先世；推而廣之，又使經其選擇過的人物能夠與青史長存，而這些人不一定是其父所說的明賢忠義人物，因其所涵蓋的範圍更大故也。如此結果，遂對以後的史家、史著及一般人，均產生了觀念意識上的複雜影響，導致了史學的變化。史學獲得官方及民間的重視，其學術地位竟超越了子集而僅次於經，此誠為重要因素之一。
第二，《報任少卿書》雲：“所以隱忍苟活，函糞土之中而不辭者，恨私心有所不盡，鄙沒世而文采不表於後也。”這是司馬遷的成名意識由史學延伸至文學，橫跨文、史兩種學術之契機。劉知幾雲：“史之為務，必藉於文。”[6]實深得傳統史學的真旨，然而推敲司馬遷之言，並無史離文而獨存，文、史是兩種相對學術之意。孔子雲：“其事則齊桓、晉文，其文則史。”就是意味在史學上，文、史實為一體，是內容與表達之分別罷了，也就是質與文之別。嚴格地就史學理論來看，卓越的史家是文、質俱重的，文質彬彬始是史才的表現，而其前提原則是文不能脫離質，否則即不成其史著，或是劣史。司馬遷在此方麵並沒有係統的史學理論，其語似脫胎於孔子“君子疾沒世而名不稱焉”之言，但遭他將“名不稱”改寫並強調了“文采”此觀念，而其《史記》確亦以文采擅大名，是即他已由實踐表示了史才的理論[7]。
從史學史角度看，左丘明是首先實踐此理論的人，司馬遷不但繼承之，抑且特別強調之，因而發生了重大影響。魏晉以降，文采風流、文筆優美之士，紛紛參加了操筆撰史的陣容，導致史學為之一變，以故乃有劉知幾“自古文士多，史才少”之歎。要之，司馬遷的“鄙沒世而文采不表於後”乃是其父所無的觀念，對中國史學具有影響。究其根源，實源自其成名意識以及對史學性質和方法的認識。