前麵提及唐初史官兩大類，皆為宰相在禁內督導監修，以切實收統一思想之效者。於此，不贅事畢即撤的第一類，而以第二類的修注和修史兩個係統為重心，蓋其事關常製性史官及修史製度，並為完全針對國史修撰而建製者也。
關於第二類，劉知幾有言：“夫為史之道，其流有二。何者？書事記言，出於當時之簡；勒成刪定，歸於後來之筆，然則當時草創者，資乎博聞實錄，若董狐、南史是也；後來經始者，貴乎儁識通才，若班固、陳壽是也。必論其事實，前後不同，然相須而成，其歸一揆。”[97]知幾所言，粗視之，自可比於唐製的第二類係統，即當時草創為修注，後來經始為修史。不過，唐製自太宗采用梁朝修實錄之製，而納入修史係統，則修史係統遂亦有二任務，即修實錄（編年體）及修國史（紀傳體）是也，二者皆由史館任其責。因此，唐製修國史，嚴格而言有兩係統三程序——即由起居院操“當時之簡”以為起居注，史館秉“後來之筆”以成國史；而修國史前，史館先修實錄，則為中介性工作，對國史言是當時之簡，對記注言則為後來之筆。
官修程序分為前序性（記注）、中介性（實錄）和終程性（國史）三階段，創始於梁武帝，而完成於唐太宗。當初，梁武帝蓋恐史官“以史製君”，而增修實錄，以便篡改，劉知幾似未知之。唐製由宰相監督史館修實錄和國史，常有刪略之事發生，淵源在此。不過修注官則不然。此官雖隸屬兩省，由宰相統率，但其修注權則頗能獨立舉職；而且修注官為法定供奉官，密近天子，故能對人君作第一手記錄。論其禁密性，實高於史館與修史官，可說是官修製度的第一禁密係統。若論唐朝官修之禁密化及精神的各種變動，需先由此開始。
唐起居製度承自北朝，450年北魏崔浩史禍爆發，高允猶直答太武，謂“史籍者，帝王之實錄，將來之炯戒……是以言行舉動，莫不備載，故人君慎焉！”而不畏一死。則知北朝儒者，“以史製君”的思想甚盛。是以降至491年，孝文帝詔定起居注製而分置左、右史官，常指示史官說：“直書時事，無諱國惡。人君威福自己，史複不書，將何所懼？”魏、齊官製，遂將起居省建製隸於侍從機關的集書省，以便左右史記錄人君言行。[98]至隋文帝移隸內史省（中書省）宰相機關，而628年（貞觀二年）唐太宗再度隸於較中書更具權勢的門下省，起居官官稱定為起居郎，乃是一步一步地發展，使之更禁密化而已。
太宗朝隻有門下省從六品起居郎的建製，編製僅二員。高宗顯慶三年（658年）十二月十五日，另於中書省創建起居舍人。品秩編製與起居郎同，至此唐製左、右史建製始正式完成，但其修史製度則麵臨致命性的變革。百三、四十年後，蘇冕撰《會要》，即曾記述此變革。他說：
貞觀中，每日仗退後，太宗與宰臣參與政事，即令起居郎一人執簡記錄，由是貞觀注記政事稱為畢備。及高宗朝會，端拱無言，有司唯奏辭、見二事。其後許敬宗、李義府用權，多妄論奏，恐史官直書其短，遂奏令隨仗便出，不得備聞機務，因為故事。[99]
亦即在太宗朝，朝會時起居郎固得依法舉職，記錄人君言行。但在退朝後，太宗與宰相入閣議事——大多為朝堂上不便公開的機事，亦令起居郎一人執筆隨側記錄也。到底君相入閣，起居郎如何執簡？據唐憲宗元和十二年（817年）九月敕的追述，情況是“仗下，秉筆隨相入禁殿，命令謨猷，皆得詳錄；若伏在紫宸閣內，則夾香案，分立殿下——正直第二螭首，和墨濡翰，皆即首螭之坳處，由是諺傳謂‘螭頭有水’。官既密侍，號為清美”。[100]是則隋唐之際的起居史官——當時隸屬中書令為供奉侍從官，原先職掌專在記錄人君言行，初無過聞機事及兼理中書省檔案之職權。貞觀二年移隸門下省後，始建立上述職權，似仿照貞觀元年的諫官改革——諫官隨宰相入閣預聞大政的新製——授權建立者。太宗革新諫官製度，是基於朕雖不明，猶則諸公“匡救”的構想而改革，目的假設在君相密議或許有缺失的情況下，隨時得諫官在旁“直言鯁議，致天下太平”。[101]
唐初門下省權勢甚大，諫議大夫編製四員，與兩員起居郎皆為重要建製官，為其他機關所無者。太宗對此兩種建製官改革授權，目的在故意革新此二製，以尋找外力刺激——製度的製衡作用——使自己更慎政慎行，對諫官的要求是“直言”的及時匡救，對起居郎的要求是“直筆”的及時記其善惡。及時言救與當時筆貶，亦即表示將孝文帝的“以史製君”精神，切實建為製度，庶幾使人君不為過惡，克己複禮也。太宗選擇門下省建置此二官，是因門下省本部基本職權即為參與決策、封駁製敕，而侍從供奉之故。太宗甚重視“為官擇人”的原則，有時起居官出缺，繼任人選一時難得，亦會詔令原任而已遷為諫議大夫如褚遂良，或他官——如給事中杜正倫等，兼知起居注事。這三種禁密侍從官職權的結合，將會增強製君的效果，使孝文帝複建此製的精神更為發揮。
以直諫最著，欲置君堯舜上的魏徵，一度淪為竇建德的起居舍人，有修注經驗，任官門下省時，曾諫止唐太宗之欲納鄭氏女，聲言人君應“以百姓之心為心”，納鄭氏女“恐虧損聖德”，“君舉必書，所願特留神慮”雲雲，是利用注記以製君的表現。[102]他在起居郎改隸門下省的同年，推薦同為直臣的杜正倫，使之拜給事中兼知起居注。史載雲：
太宗嚐謂侍臣曰：“朕每日坐朝，欲出一言，即思此言於百姓有利益否，所以不能多言。”
正倫進曰：“君舉必書，言存左右史，臣職當修起居注，不敢不盡愚直。陛下若一言乖於道理，則千載累於聖德，非直當今損於百姓，願陛下慎之！”太宗大悅，賜絹二百段。[103]
是則杜正倫兼理改隸後的首任起居官，則已申明起居官必須執行“以史製君”的建製精神，而太宗亦以賞賜形式作為鼓勵與肯定。君臣的精神意識相契合如此，這是起居史官改革，及得以依職權舉修注的原因。
不過，這個製度牽涉一些基本問題，使之稍後不得不開始陸續改變，並至製度破壞、精神盡失之局。這些問題是：第一，此製的創製精神在“以史製君”——格君之非、製君之惡，但是，會有多少君主願意主動接受此製度真正的發揮？有多少史臣敢不顧前途真的執行？前者事涉人君的理性和修養，後者事涉史臣的史德，所麵臨考驗的是人性和道德問題。第二，為了實踐“以史製君”，在製度上是否提供了史官自主記錄的保障，使之能充分舉職，不受控製？第三，為了實踐“以史製君”，所以史官預聞君相最高機密，既是最高禁密的事情，君相是否願意讓史官聞知，並做成紀錄？尤其在君相有私心，或欲進行不法勾當之時？製度與實際、人性與理想，有時或常常相衝突，上述問題勢必使修注製度麵臨考驗及改變。
純就修注製度的本身看，貞觀體製是相當優美的。起居官是清美的宰相屬官，是皇帝的供奉侍從官之一，備受君相重視。他們多從中央各機關的優秀官員中選任，離任後的轉遷前途甚佳，最後能拜相的機會也甚大。[104]他們擔任起居官，不必操慮省本部的其他工作，而得出入位於禁中的本省，獨立執行直筆修注的任務，不須事先請示上司侍中——與台、諫獨立舉職的製度相似。他們做成紀錄的當時之簡，連皇帝也不能觀看，每季封送史館存盤，日後開修實錄或國史時，修史官始能得以參閱。預聞禁密是使他們有曆練識見，以後遷官，乃至能拜相的原因。保護機密的措施，則使他們不致立即觸怒君相，免於刑罰的恐懼；相對的，禁中發生的事情他們依法不能泄漏，泄漏君相議政更是律有嚴罰。[105]於是導致國史重要事情外界無由得知，呈完全的禁密化，這也是使私修國史不禁而禁的最基本原因。
不過，即使純就製度看，修注製度仍有不可避免的妨礙因素。依製，沒有法令禁止皇帝絕對不許觀看起居注及實錄，監修宰相及修史官開修實錄或國史時，亦依法得參考起居注，是則修注的起居官仍須麵臨秉筆的責任問題。雖然唐朝甚少為此追懲修注官，但對其日後升遷前途的確仍有影響。其次，修注官是供奉官，依法由宰相薦進，皇帝特任，君相是否會薦用一個有史德的直筆者，讓他預聞機務而書其過惡？192年王允惡留蔡邕在身邊以完成漢史而殺之，聲言“昔武帝不殺司馬遷，使作謗書流於後世”的中國首次殺史事件，迄今可令人獲得啟示。
貞觀體製下的修注與台、諫三製度，配合運作，實為製衡君相、製裁過惡的理想製度。然而台、諫彈諍於當時，記注卻褒貶於千載，故尤以後者為君相所關注，破壞得最早也最嚴重，而且皆歸咎於許敬宗和李義府。其實，修注製度創自太宗，而貞觀中期以後，原來的“以史製君”精神亦已開始有變化。
太宗未即位前即折節讀書，由於其地位與權力，故很早即重視史學。他由此具有極濃烈的曆史意識及豐富的曆史知識，是中國史上最能以史為鑒，並善加實踐，運用曆史教訓極為成功的君主。特重個人的曆史聲譽，擴而充之，特重本朝的曆史地位，又進而推及先世聲名，於是才有令史官禁密化以製君，開修五代史後再重修晉史之舉。貞觀九年（635年）以天下太平，比較古今君主之餘，自覺有超越前古的曆史地位，遂思“善始令終，永固鴻業”，“令數百年後，讀我國史，鴻勳茂業，粲然可觀，豈惟稱隆周、炎漢，及建武、永平故事而已哉！”他既已有此強烈的曆史意識，則在這年曾有親觀起居注之意，也是很自然的事。《唐會要》載此年十月諫議大夫朱子奢的抗表，說：
今（十）月十六日，陛下出聖旨，發德音，以“起居記錄書帝王臧否，前代但藏之史官，人主不見。今欲親自觀覽，用知得失”。臣以為聖躬舉無過事，史官所述，義歸盡善。陛下獨覽起居，於事無失，若以此法傳示子孫，竊有未喻：大唐雖七百之祚，天命無改，至於曾、元（玄）之後，或非上智，但中主庸君，飾非護短，見時史直辭，極陳善惡，必不省躬罪己，唯當致怨史官。但君上尊崇，臣下卑賤，有一於此，何地逃刑？既不能效朱雲廷折、董狐無隱，排霜觸電，無顧死亡，唯應希風順旨，全身遠害。悠悠千載，何所聞乎？所以前代不觀，蓋為此也。[106]
按：人君不能看起居注，不悉起於何代，隋唐則未見律令明文作規定，是則可能為曆代修注慣例，所謂“故事”者是也。無法令約束君主的親觀，是修注製度不安的根本問題。這時太宗已表示欲打破慣例，親自觀覽，表麵理由是“用知得失”，內裏意義應與上述強烈的曆史意識有關——欲確知史官對自己的評價是否可以永垂不朽也。朱子奢抗拒破例的理由非常直接，表示太宗要求雖然合理，但基於人性和修養，恐怕人君讀後會“致怨史官”，使之難以“逃刑”。此例既開，既有史德的史官不免一死，無史德的史官則全身遠害，坐致千載無信史，極有害於史學的最基本原則。這是後來館院學派所最究心，而劉知幾《史通》的《直書》《曲筆》兩篇，所反複申論者。
太宗這年雖理性地沒有堅持破例，但強烈的曆史意識既生，則情結自難開解。降至貞觀十六年（642年），遂忍不住再欲破例觀注。當時修注官是因魏徵推薦而被太宗親信的褚遂良，《唐會要》載此次談話說：
“卿知起居，記錄何事？大抵人君得觀之否？”
對曰：“今之起居，古之左右史，以記人君言行，善惡必書，庶幾人主不為非法，不聞帝王躬自觀史。”
太宗曰：“朕有不善，卿必記之耶？”
遂良曰：“守道不如守官，臣職當載筆，君舉必書。”
黃門侍郎劉洎曰：“設令遂良不記，天下之人皆記之矣！”[107]
遂良善能發揮魏徵、杜正倫堅守的精神，直截了當答以“以史製君”之意義，以卻太宗的明知故問。或許太宗以為遂良是親信，對他向來如“飛鳥依人”，可以通融破例；不意卻遭他和“性最堅貞”的劉洎所拒絕和教訓。[108]至此，太宗才死了親讀起居注之心，翌年轉而要求親閱實錄。不過在這兩件事情轉變之間，太宗仍能向遂良作出“朕今勤行三事，望爾史官不書吾惡：一則遠鑒前代敗事以為元龜。二則進用善人共成政道。三則斥棄群小不聽讒言。吾能守之，終不轉也”之前述誓言，可見起居製度得適當史官人選，其發揮“以史製君”作用竟至於此！然而，太宗在他主動授權創設的製度下，能充分尊重製度的客觀性及修注官的自主性之同時，亦漸漸由恐懼被製產生“不書吾惡”的要求，且也有由不書吾惡而漸至要求書吾美的傾向，故貞觀二十二年（648年），太宗平漠北，以為聲威至此，乃是中國史空前的紀錄，遂謂群臣說：“今日起居記朕功業，亦為劭勞！”即此意向的表現。亦即後來許敬宗等破壞製度後，修注製度及修注官記事原則發展的趨向。在這種精神意識下，太宗雖未打破觀注慣例，卻打破了觀實錄的慣例，能破實錄例即可能間接破記注例，故謂後來唐朝整個官修國史製度的破壞，可溯源至太宗此期間的精神意識之變化，殆不為過。