中國曆史研究中承繼乾嘉精神的考據學派一直被各個時代的學人推崇有加，近時又成了國學與學術史複興的支柱性領域。就史學觀的正統脈絡而言，乾嘉學派無疑是後起的一支。而且就其表麵學風由空返實，崇尚求真實驗而言，乾嘉學派似乎與傳統的正統觀迥然有別，然而如果細究其研究對象，卻仍不脫經學範疇。故餘英時解釋清初學風是把乾嘉學派置於“道問學”與“尊德性”的漢宋迭變的脈絡中予以追蹤的，其意是說乾嘉考據表麵上似純究曆史的真實，不具宏觀曆史論的氣象，不免為後人譏為雕蟲之技，但就整體而觀，仍屬經學正統觀中的旁支。[65]
關於乾嘉學派，史學界通常有一個誤解，似乎乾嘉學派采取的“道問學”的治學取向，因為有別於以往心性儒學中對“尊德性”一脈的強調，或標榜對王學空疏的反動，所以頗符合於所謂“價值不涉”（value-freedom）的原則，“以複古為解放”的命題甚至似乎可以完全等同於16世紀以來興起的模仿自然科學方法的人文實證主義思潮，現代學者也熱衷於在這個意義上繼承乾嘉注重經驗研究的一麵。實際上，乾嘉學術的經驗式研究與西方實證主義的一個重大區別在於，它隱含著一個不變的知識論前提：經典中所蘊藏的知識信息在源起的狀態下已經具有了自足的性質，其合理性是不容置疑的，之所以後來出現偏離是經書篡偽與王學傳統主觀歪曲的結果。經驗研究的目的不是證明某種曆史的客觀存在的意義，而是證明經書微言大義的初始的自足合理性，所謂“識字”並非擯除義理的辨析而是作為闡明義理的基礎。錢大昕已經對此說得很明白：
有文字而後有詁訓，有詁訓而後有義理。訓詁者，義理之所由出，非別有義理出乎訓詁之外者也。[66]
複古的意味還是以尋究義理的真實為指歸。
按梁啟超的意見，乾嘉知識革命的後果是：
蓋自茲以往，而一切經文，皆可以成為研究之問題矣。再進一步，而一切經義，皆可以成為研究之問題矣。[67]
可是這種對經義的懷疑其實並不徹底，而隻是對宋明理學經典解釋的懷疑，故梁啟超在討論胡渭《易圖明辨》時說：
自此，學者乃知宋學自宋學，孔學自孔學，離之雙美，合之兩傷（此胡氏自序中語）。自此，學者乃知欲求孔子所謂真理，舍宋人所用方法外，尚別有其途。[68]
其意是說，乾嘉以複古為解放是在理學庭院裏造反，而不是大鬧原始孔學的金鑾殿，更不用說對原始經義中的知識論方法提出批判與反思了。
正是因為乾嘉學術的根本宗旨是複原古典經書中的微言旨趣的真貌，而從未詢問經典對社會建構設計是否合理和值得懷疑等問題，所以這類經驗研究不妨說是中國曆史解釋傳統中起源神話的又一堅強的佐證者，它和公羊敘事中對曆史的價值判定的本質主義路徑並非異途，它所批評的僅僅是理學對經典的偏離，而采取的並非價值不涉的客觀中立立場。乾嘉學術對史料處理的原則是，任何曆史複原的行為都是對經典價值正確意義的認同，這對中國當代史學構設曆史問題的方式影響極大。前述對義和團評價的紛紜爭論中，所尋求的史料不是為了佐證義和團運動是農民起義的變種，就是為了驗證義和團是傳統迷信組織的翻版。一切經驗研究都是在證明一個設計好了的結論，在這方麵中國史學就像是一部缺乏懸念的小說。
再有一個絕好的例子是，中國史學家對“中國是否存在資本主義萌芽”和“封建社會為什麽延續如此之長”這類問題始終不渝地保持迷戀，所有皓首窮經式的考據、鍥而不舍的論證，實際上都是在企圖說明一個初始可能就並不存在的神話的自足合理性，以至於有人形容這種研究僅僅是一種情結在起作用。[69]
因為熱衷於此課題的學者在開始進行研究時，根本沒有人去詢問“資本主義萌芽”到底是什麽，或者封建社會的中西形態有何不同等這類本應首先加以嚴格界定的問題，而是一股腦地紮進浩瀚無際的史料堆中遨遊起來，直接到處尋找中國存在“資本主義萌芽”或者“封建社會不斷延長”的證據。在有些學者的眼裏，“資本主義”和“封建社會”已經作為一種既定的起源假設而存在，根本就不需要對這類存在進行論證和質疑，就像乾嘉考據中根本無須質疑原始經典文本的可靠性一樣。因此在研究中需要質疑的隻是對這一命題論證的程度（如出現時間的先後、地區分布的廣窄、影響社會的程度等）之類的問題，而這類問題正是在絕對無條件承認起源假設成立的基礎上予以展開的。對此類問題的批評，正如乾嘉學術對理學的反省一樣，絲毫不打算質疑和考察起源文本的真實性。我們由此可以看出，對“資本主義萌芽”等問題所鋪陳的大量考證性工作，在一些細部研究結論上可能會有所創獲，但是就問題意識的更新而言，這些工作往往隻是在對研究前提不加批判性審視的史學傳統上又增添了一個實例。中國的現代曆史考據學就經常這樣無意識地重複著古老的正統基調。
按照一些當代曆史學家的看法，人們天真地以為，這些命題的解釋都是先驗地（a priori）認定所發現的曆史對象定會切合曆史事實本身的精髓本質。[70]由此可以抓住某些規律性的東西，其實這是根本無法驗證的。波普在批評此取向時說過，曆史隻能積累起某些假設，並把它們連貫起來，而不可能積累起普遍性的規律。因為所謂曆史資料僅僅是記載那些被認為足夠有興趣的事實，以至於這種資料一般說來隻包括符合一種預先設想的理論的事實。[71]對波普的話我們不妨稍加注釋，其意是說，各種連貫起來的假設是沒有本原性的規律可循的，它的意義僅定位於特定理論的需要。在波普看來，權威性的解釋往往是循環論的，因為它們尋找到的往往是有利於普遍解釋的證據，這些證據必須符合當初選取這些事實時所采取的那種解釋，擺脫的方法隻能是跳出這種權威的範圍。[72]因此，不可能有一部真正如實表現過去的曆史，隻能有各種曆史的解釋，而且沒有一種解釋是絕對可靠的最後意義。這個說法實際上已暗含了對那些用考證性的史料去不斷驗證不存在的起源性神話解釋的批判意見。對中國當代考據學的進路同樣不乏反思作用。
乾嘉學術的命運提供的啟示在於，對於曆史對象的經驗性追蹤，是不可能完全建立在純客觀的複原主義基礎之上的。乾嘉學者的實踐本身即證明，曆史學在相當大的意義上是對過去積存之曆史經驗的經驗性研究，這類曆史經驗並不具備本原、本質方麵的意義，比如我們並不能把“資本主義萌芽何時在中國出現”之類的命題作為本原性曆史經驗加以不證自明式的公理認同，然後用大量史料去強化這個認同。R.G.科林伍德在《曆史的觀念》中提出“曆史如同過去的經驗的再現”（history as reenactment of past experience），在這裏“experience”的意思應該包括曆史學家對曆史知識反省式的理解，再現曆史雖然隻能是對曆史經驗的再現，[73]但並非意味著可以不反思過往曆史經驗的認知前提。所以曆史學的進步，一方麵取決於再現曆史經驗而不是重複曆史事實的能力，另一方麵更決定於其反省這些經驗前提的能力。