進入90年代，無論是餘英時提倡的“內部研究”傳統，還是銜接列文森思想史研究框架的諸多分析派別，均處於被質疑和被批評的地位，思想史研究也呈現出了前所未有的蕭條狀態。出現這種現象的一個重要原因是：這些思想史研究幾乎無一例外地把50年代以來形成的樂觀現代化理念作為衡量近代中國思想價值的唯一標準，而不是把西方現代化道路的形成視為一種複雜多變、具有反思價值的開放式未定領域。“現代化”理論中崇尚的理性尺度一旦成為衡量思想優劣的普遍性標準，就很有可能自我封閉地成為一種意識形態霸權，思想史研究在其中的回旋空間就會顯得非常狹小和局促。所以90年代以來，中國思想史研究逐漸開始引入“現代性”反思的維度。引入這一維度的最大貢獻，就是把現代化過程看作一個具有複雜構成要素的悖論式框架，而不是一種可以普遍遵循的完美解釋體係。換言之，在90年代的思想史視野裏，“現代性”被看作一個有待完成的方案，其內部充滿了各種複雜衝突的可能性，評價現代性所依據的標準也不是已經具有封閉式的可以普遍實施的價值理念。這部分是出於哈貝馬斯等社會理論家對現代化過程可以全方位地達致樂觀結果的法定命題發生了懷疑。哈貝馬斯把“現代性”方案與現代曆史過程區別開來：現代化過程不能被看作現代性方案的完整實施，相反，這個過程包含了對“現代性”方案的歪曲、異化和壓抑。後現代的一些學者如福柯，更是揭示了在人的解放、人道主義和自由理想的許諾背後所隱藏的權力支配和不平等的壓迫關係。因此，在90年代的中國思想史研究背景中，“現代性”概念被理解為一個悖論式的言說體係。現代性本身包含了內在的張力和矛盾，這與80年代整個思想史研究完全依賴“現代主義”解釋的單調狀態已大為不同。汪暉曾經明確劃分“現代性”的反思態度與“現代化”理論迷信者的真實區別。他抨擊那些捍衛“現代化”的理論家把“現代性”與現代化過程混為一談，做出一副衛道士的樣子。他們一談“現代性”的問題，就懷疑是否要回到舊時代，回到“**”，等等，足見這些理論家不是把“現代性”看作一個包含了內在衝突的結構來反省“現代性”，而是把“現代性”當作一個整體的目標加以肯定，借以捍衛這個時代最具霸權的意識形態。[36]
中國思想史研究中對“現代性”反思維度的引進，其目的是力圖超越傳統的以闡釋中國近代化進程為主要線索的研究框架，而把中國思想和社會置於更為複雜和矛盾的曆史場景中重新加以把握。這種嚐試同樣也超越了90年代初關於近代思想史激進還是保守的爭論。如前所論，激進還是保守的思想史論爭表麵上雖然各持一端，實際上每一端的論題仍是以西方/東方、現代/傳統的二分框架來觀察中國曆史的變化，大尺度既然都是一樣的，兩者的差異自然很難超越對立雙方所表現出的同一性。因為我們很難明白無誤地確定保守與激進的統一界限，在近代思想的流程中，激進的表象下往往蘊藏著傳統的因子，而保守的態度中往往昭示出激進的前提。即使如胡適這樣的口頭“全盤西化論”者，在行為上的表現也是傳統的色彩居多，最後不得不以矯枉過正的姿態為自己含混的激進立場辯護。有鑒於此，一些思想史研究者試圖把激進與保守等類似的諸多二分命題，轉化成一個中國人如何麵對“現代性的自我認同”這個充滿挑戰的悖論式問題。
按照汪暉的看法，一旦進入近代，中國人對自我進行認同的態度就一直處於尷尬遊移的狀態：
首先，由於傳統社會製度和倫理結構的瓦解，我們的社會角色本身不再能提供道德評價的客觀基礎和理解我們自己的條件；其次，對傳統倫理製度的反叛伴隨著新的自我觀念的產生，即我們普遍地相信存在著某種內在的本質或我們的自我，而這種內在的本質顯然與我們的實際社會狀態相脫離。隻有現代社會使我們同時麵對這兩個前提。[37]
對中國人這種兩難思想困境的揭示，恰恰說明現代性的各種方案給中國人生活狀態所造成的直接影響，並不能通過單一而本質的樂觀詮釋就能簡單予以說明，而是包含著遠為複雜的多層內涵。因此，中國思想史研究如果要尋找到新的理論興奮點，就不能僅僅停留在論證中國人思想如何被動適應近代化這樣一種本質化言說的圈子裏，而更應揭示各種傳統觀念在不同場景下如何被現代思想權力所強行組織或軟性支配，同時更應該關注人們如何抵抗這種支配的過程。對近代中國人而言，“現代性”現象既是一種宿命也是一種建構。
換一種簡單的說法，近代中國人頻繁發生的所謂“認同危機”，實際上就是無法在既有的傳統框架內對自我價值和社會價值的優劣做出像過去那樣的準確判斷，從而增加了思想的不確定性，這種不確定性又恰恰不能用簡單的二分法式的現代化公式加以求解。“人的解放”在過去的“現代性”敘事中是個理所當然的褒義命題，但是在“現代性”反思的條件下，它不應僅僅被當作一個思想和道德的本質命題予以考慮，而且還應被視為一個內涵不斷變化的政治的、經濟的和文化的命題。揭示這種變化和不確定性，從而增加我們反省曆史的能力，應該成為思想史研究的新起點。具體而言，所謂“認同問題”，就是對善惡價值確定性的一種承諾，也就是說，在傳統社會中，個人、社會和組織等在中國人的眼中是一個可以明確加以價值定位的範疇，它們具有可確定性，而身處現代社會中時，這種認知結構常會為不確定性所取代，人們必須重新評判周圍事物的合理性，同時建立起與內心世界所受傳統教育迥異的評判標準。最為令人焦灼和恐懼的是，與傳統評估的穩定框架相比，“現代性”標準的準確度始終在中國無法確定，而是處於某種反複動**的過渡狀態。
所以說，古代思想史研究與近代思想史研究的最重要區別乃是在於，古代思想具有一種認同感作為參照，我們的研究可以循著以這種認同感為基礎搭建起來的心理結構和製度背景確認一些基本的認知前提。而近代思想的發生恰恰是一個麵臨認同危機的過程，這種危機形成的陰影一直如影隨形地籠罩在中國知識分子的頭上，至今尚未消散，有可能還在被繼續強化。而目前近代思想史研究自設的命題卻認為，認同危機的消散關鍵在於知識分子對現代化趨向的認可程度，與之相應的就是與傳統認同方式的疏離程度。認同危機的化解，是以認同現代化的理念和生活標準為前提的。然而一旦引入“現代性”的反思維度，事情就變得不那麽簡單，因為西方的原生型現代性目前尚且處於一種自我反思、自我批判的危機狀態，那麽，後發型現代化國家中所引起的認同危機顯然不能用單一與普遍化的現代化標準予以解決，它必然以更為悖論性的狀態呈現出來。因為個體與其他一些現代性事物如自然、社會、國家、民族、性別及其他群體的複雜關係是被曆史地建構起來的，而這種建構絕不是以現代替代傳統這樣簡單地認同轉換公式所能解釋清楚的。
汪暉所作的對認同關係的描述，主要建立在對近代一些核心基本概念演變的梳理上，同時關注的是它們如何被植入具體的曆史情境中。在這種研究視野中，自我/個人、社會/國家/民族、宇宙/自然等幾組關係，構成了中國現代世界觀的基本框架。這些概念不應被理解為一種純粹的翻譯或者本質規定，而是應把這些概念本身視為一個曆史建構的領域。不同的個人、不同社會中的不同思想家，同一個社會語境中的不同的知識分子，擁有不同的個人、國家、自然的觀念。在觀念史的層麵，這些概念相互間的關係的差異，決定了同一語詞的不同用法。更重要的是，這些概念總是在特定的社會生活和文化語境中顯示出曆史的含義，因此，我們不可能脫離這種語境來理解這些概念。[38]第一步工作是確認一些對中國現實思想轉換真正具有意義的基本語言和範疇單位，如“公”“群”“社會”“國家”“個人”“科學”“進步”“革命”等，這些基本語言和範疇是在特定語言共同體的交往實踐中約定的。然後再把這種範疇植入它形成的過程並觀察其功能，而不是把這些語言當作透明的、不變的本質。汪暉的思想史研究也基本采取了個案探討的方式，選取分析的個案也都是在中國思想史上舉足輕重的人物，如章太炎、梁啟超、魯迅、嚴複、張君勱等人，隻是並沒有把他們放在保守/激進還是調適居間的二分或中立的框架下予以簡單化的解釋，而是力求在具體的曆史情境中關注每個思想者進行其特定選擇的意義及其差別。這種思想史研究的一個重要特點是揭示每位思想者個體所遭遇的不同悖論狀態。
與古代有所不同，中國的現代認同與一些近代性概念如“社會”“國家”“進化”“民族”“公理”等緊密相關，但同時也試圖與傳統的“天”“道”等範疇相銜接，以克服自己麵對現實世界變化無定所形成的內在緊張關係。比如對章太炎思想內在悖論狀態的分析就證明，章太炎作為近代國學運動複興的倡導者，對於那些屬於“國粹”範圍的語言文字、典章製度、人物傳記的整理、闡釋，最初是以反現代國家的麵目出現的。因為其表現更像是一種文化民族主義的姿態，即通過揭示漢族種群的文化特征來界定與滿族的相互關係。“國粹”或“國學”概念中的“國”，主要是針對異族特別是滿族統治而產生的種族的和文化的概念，而不是現代國際關係中的政治性的國家概念。[39]在這個意義上，“國粹”的複興似乎與現代國家的建構無關，而不過是一種傳統的文化表述罷了。實際上，章太炎作為晚清發動現代民主革命的理論先驅，其恢複“國粹”行為的真實動機，又不能僅僅停留在複原華夏中心主義這樣一種傳統意義的狹隘層麵上，而是一種更為深層的現代政治主張的表述形式，即建立現代意義上的資產共和製度。所以說，章太炎的“國粹”複興運動在政治意義上，仍是整個中國民族國家觀念建構過程的一個重要部分，而不是某種單純的文化複興運動。同時，他從佛教中引申而出的“自性”觀念和個體觀念，又與民族國家的群體目標形成內在的緊張關係。
魯迅思想的複雜性同樣在認同的層麵上體現了出來。一方麵魯迅深受晚清以來逐漸泛化的樂觀進化論信仰的熏陶，並以此作為重估傳統價值，倡導對舊式文明進行批判的重要理論依據。但汪暉也指出：“魯迅對‘進化論’的價值認同及由此產生的文化批判代表了五四時代的價值理想，但在他的文化批判體係之後，‘進化’觀念卻又是較為膚淺、並不能體現其深度的思想。”[40]因為曆史演進仿佛不過是一次次重複、一次次循環構成的，而現實社會以及自身所從事的運動似乎並沒有從這種循環走出來，構成進化與進步的規律性軌跡，而是陷入了荒謬的輪回，因此，對時代的理性認識與對事實的感性經驗在魯迅思想體係中分裂成了兩截。這裏邊當然與魯迅的個人姿態有關。與一般的思想者有所不同，魯迅雖然被視為“五四”思潮的旗手，但他始終拒絕從集體價值實現的意義上來理解“五四”話語所設定的近代化目標，而是常常沉浸於陰鬱的個人體驗之中，並以此為據在變遷的曆史中發現內在的延續和重複。正是由於魯迅把體驗黑暗的個人經驗作為自己反抗的前提，而拒絕認同和融入“五四”以後構築的集體敘事對現代社會的浪漫想象，所以他的經驗恰好與進化觀念相悖謬。其結果就導致了悖論式現象的出現：
魯迅把“生存競爭”的“進化”學說引入了社會生活領域，但也正是他，同時又把它逐出社會生活領域。有人根據前者而判定魯迅是社會達爾文主義者，也有人根據後者而認為魯迅根本沒有形成社會“進化觀”。但人們似乎都沒有從中國曆史的兩難困境，魯迅的雙重曆史任務和由此形成的曆史與價值的衝突的角度來把握魯迅的內在矛盾，沒有從這種理論邏輯上的悖論現象背後尋找形成這種邏輯悖論的文化心理，從而也就無法把握這一現象的內在的“個人同一性”。[41]
汪暉的思想史研究對“認同”的解釋雖然使中國人的思想狀態進一步複雜化了，變成了開放式的言說，但是這種言說又因為其複雜性而變得曖昧和模糊，對思想不確定性的描述可能更加深了我們思想史研究的不確定性，也許這正是類似思想史模式的貢獻與局限。另外，汪暉聲稱其研究是觀念史與社會史的結合，可我們從中卻看不到“社會”的影子，其解釋理路基本上沒有越出通過價值比較對人物思想進行評判的路子。他所提出的語言植根於“曆史”中的“曆史”，仍被狹義地限定在一種文本闡述的狀態之中，而無法讓人洞悉這種“曆史”到底有多少豐富的社會內涵。所以在社會史研究的意義上，所謂“認同危機”仍然是相當主觀性的自我確認，而尚缺乏社會意義上的實證和經驗研究的支持。因此，這種範疇轉換的複雜描述仍屬於文本互譯性的跨語際分析，而遠未植根於豐富鮮活的曆史情境中。當然，這麽評價等於是用社會史的標準去衡量思想史的研究，也許顯得有些苛求。
汪暉的一個重要貢獻，是把“現代化過程”與“現代性”區分開來加以對待，他把“現代化”過程看作由西方理性啟蒙運作構造出的一種時間概念。這種時間概念並不是一種純粹的知識形態和精神需求，而是通過製度化的運作把民族國家、市場機製、勞動分工、法律體製逐漸普遍化的過程。具體以此觀照中國近代曆史，這個過程所達致的後果被普遍樂觀地認為也同樣是中國社會意欲達到的目標。因此，為了超越激進與保守的二分框架，不僅需要在知識分子基本立場的定位上超越二元的僵化思維，而且需要從社會形態的對峙關係中解脫出來，尋找其複雜的關聯性和互動根據。比如汪暉就從資本主義與社會主義相對立的意識形態劃分中發現：以民族國家體係為基本政治形式的資本主義與社會主義共有曆史前提。[42]最為明顯的例子是毛澤東時代的社會主義表麵上看是與資本主義世界相隔絕的封閉型體係，實際上毛澤東所倡導的社會主義意識形態仍以不可逆轉的進步理念為向導，力圖用革命的或“大躍進”的方式促成中國社會向現代化的目標邁進。一方麵，毛澤東沿襲了近代以來逐漸形成的建構中國現代民族國家的整體思路，通過強力控製把社會組織整合進國家目標中，以使落後的中國社會凝聚成統一的力量，在抗衡西方世界的立場中實現民族主義的自立任務。與此同時，毛澤東思想深處的對社會平等的訴求與期盼，又恰恰是通過對農村的生產和消費的剝削為城市工業化積累資源，並按照社會主義的原理組織農村社會。在這個意義上，農村公有製是以更為深刻的城鄉不平等為前提的。[43]
也就是說，“平等”的思想恰恰是以工業化邏輯的實施為前提的，其必然結果是形成一種平等表象下的不平等的悖論關係。汪暉自己總結道：
毛澤東的社會主義一方麵是一種現代化的意識形態，另一方麵是對歐洲和美國的資本主義現代化的批判，但是，這個批判不是對現代化本身的批判，恰恰相反，它是基於革命的意識形態和民族主義的立場而產生的對於現代化的資本主義形式或階段的批判。因此，從價值觀和曆史觀的層麵說，毛澤東的社會主義思想是一種反資本主義現代性的現代化理論。[44]
這樣一來，汪暉就把一個似乎仍是傳統（社會主義）/現代（資本主義）的二元對立的問題，還原為全球現代性權力支配下的曆史與現實可以相互確認和轉換的場景，這無疑是個相當大膽的猜想。中國由此在現代性總體中獲得了意義，如論者所評論的：
反思現代性總體，使現代中國人的自我認同抵至全人類視野的高度，將認同危機從資本主義與社會主義的相互否定中擺脫出來，將對中國百年實踐的反省放到和對資本主義的反省同一條線上。對全球社會體係的批判及直麵現代性總體進行製度創新成為可能。[45]
然而，這一係列大膽的猜想同樣麵臨悖論式的處境，首先，“反現代性的現代性”作為一個思想史命題的提出並非首次的創意，因為這是20世紀中國知識分子共有的思想資源，可是如果把它視為一個社會改造方案，則會出現問題。因為毛澤東作為社會改造工程的實施者，有可能僅僅被視為全球現代化方案拓展過程中的一個環節而已，或者僅僅受製於一個全球化的變革方案。我們從中看不出實施者的自主性何在，僅此而觀，我們很難區別出這種判斷與“衝擊—回應”說的真實區別。
其次，中國的社會主義實踐雖然也可看作與資本主義共享某些曆史前提的改革設計，但它所擁有的中國特色之鮮明是毋庸置疑的。對這種中國特色的闡釋顯然不能僅僅從與世界體係相關聯的視野中獲取，對世界體係的作用也不應過分加以強調，而應從中國傳統資源（製度性和思想）的具體分析入手，特別是從50年代以來許多具體政策如“上山下鄉”與工農辦學等與區域傳統和基層製度設計的關聯性入手，來具體對待各種具有現代意義的變革行為。其實，汪暉並非沒有注意到這一層麵，他在不同的文章中曾經分別申述其基本方法是一種觀念史和社會史的結合。在這種研究語境中，他不把“個人”“社會”“國家”等概念理解為一種純粹的翻譯或者本質規定，而是把這些概念本身視為一個曆史建構的領域。[46]正如有論者意識到的那樣，汪暉用得比較多的就是“曆史關係”“社會關係”之類的話，他要把所有規範性的、觀念性的東西還原為具體的曆史關係，特別是某種支配性關係。[47]
汪暉的自述似乎也非常強調“探討產生悖論式思想的社會條件和曆史含義”。[48]在近期某些論著如《天理之成立》中，汪暉試圖從中國思想的源頭中開始追尋其社會和曆史的存在條件，如探索道德評判與田製、稅法和宗族之間的微妙關係。[49]汪暉清醒地意識到，從學術史的角度來說，以往儒學研究基本上忽略或貶低荀子的“禮製論”，而強化凸顯“思孟學源”。“思孟學派”中的“思”指“學思”，乃孔子之孫；“孟”指“孟子”，是子思的學生，故稱“思孟學派”。對“自我問題”的論證，這就為用自我概念描述儒家思想提供了學術史的依據。但這種解釋同樣存在一個致命的弱點，那就是理學與禮製或禮教的關係被大大弱化了。所以汪暉試圖在思想史與社會史的互動狀態中，重新建立道德論證與禮樂關係相互作用的解釋框架，此框架基本認定先秦“德”與“禮”，“德”與“行”，“德”與“刑”的關係雖有所分化，但尚未達到徹底內麵化的程度。因此，道德評價與禮樂、製度及其體現的自然秩序之間存在著內在的、連續的關係，人們無法脫離這種禮儀或製度的關係來進行道德評價。[50]也就是說，僅從心理層麵入手無法把握這種演變的複雜性。在對中國曆史的製度分析中引入思想史研究，使汪暉的視野既區別於以往意識形態支配下的思想史研究的“戴帽式”分析方法，即在思想解說的前麵生硬地加上經濟史的評述，成為某種八股公式；也不會像新儒學研究者那樣刻意回避探究思想背後所隱藏的製度背景。他認為，如果要恰當地評價漢唐以來的製度轉型，就必須注意禮樂與製度的分化過程，因為先秦以前的三代體現了一種德治原則，而漢唐之製卻是一種與道德無涉的製度實施。如果說禮樂包含著品位觀念所提供的道德含義，那麽，製度卻具有相對獨立的含義，它無法提供道德的普遍基礎。[51]
在這樣的背景下，是以製度還是禮樂抑或形而上學為依托進行道德論證，就成為每一個思考道德評價、思考政治和經濟製度的合法性的士子關心的問題。[52]
循此思路，汪暉不但試圖詮釋田製、稅法與道德評價之間的關係，而且也嚐試把南北問題、民族意識與正統觀念統統納入自己觀察的視野，按照劉東的評價就是想“部分激活詮釋思想史的馬克思主義向度”。[53]這一向度的掘進，無疑會為專注於狹隘自閉式的觀念史研究領域帶來新氣象，然而汪暉在強調從製度分位的角度詮釋唐宋轉型期間所呈現的知識與道德分離的過程時卻顯得語焉不詳，對這種分離的複雜原因沒有做出令人信服的解釋，而隻是進行了某種形式化的描述。對南北問題和民族意識的產生等頗為複雜的曆史問題，也僅僅通過錢穆與陳寅恪等人的間接論述予以定位，這顯然是不夠的。筆者認為，特別應該注意的是，製度分位導致知識與道德的分離，不僅造成了南北地域格局的形成，而且也造成了士人的道德理想和對倫理製度的想象成功地完成了向民間基層社會的滲透。這既是一個知識的自我再生產過程，也是精英思想（包括道德評判）在基層製度化的過程，可是我們卻沒有看到對這種過程的詳盡描述和分析。總之，這給人的總體感覺是思想史—社會史的解釋在文中並沒有有機地融合在一起，與抽象雄辯的思想史分析脈絡相比，對思想基礎和社會條件這個重頭部分的論證仍顯得比較匆忙和單薄，沒有成為“天理”成立原因的有力佐證。而在汪暉以往的思想史闡釋中，最為精辟的部分，也恰恰是揭示出了近代思想和觀念方麵所呈現出的複雜與內在的悖論狀態。這種狀態的揭示基本超越了傳統/現代、東方/西方的二分框架，但這些嚐試對產生這種悖論狀態的社會與曆史的複雜背景和原因往往滿足於問題的設定和提出，具體的論證過程卻顯得過於匆忙，論題之間留下的縫隙較大。這可能與汪暉仍把思想史理解為一種宏大敘事的表達有一定關係，以至於要求自己麵麵俱到，乃至“畢其功於一役”地一攬子解決所有問題。更為關鍵的是，思想史觀念一旦被置於一種流程式的超大框架建構過程中，自然會增加其不確定性，當然也會同時增強解釋方法的開放和彌散化的程度，但在某種意義上也同時降低了這種分析的可通約化程度。因為我們似乎很難從這種思想史框架中尋找到可以重複使用的基本概念，一切似乎隻希望於彌散式的呈現和洞見。可呈現的基礎卻可能更加晦暗不明，這可能也是研究悖論狀態的汪暉自己也陷入悖論狀態的原因。
在另一篇文章中，汪暉給自己的定位是，關注現代社會實踐的創製過程和民間社會的再生能力，進而重新檢討中國尋求現代性的曆史條件和方式，這顯然已溢出了思想史研究所能解決的範圍。汪暉所提出的目標，實際上是一種解釋中國社會的總體社會理論的創構，而從目前中國思想界的知識生產能力來說，顯然仍不具備這種創構的條件，因為這種創構的基礎必須建立在多學科交叉等大量細致經驗研究的前提之上，而且與思想史相關的方法論研究也應達到相應的解釋高度。所以汪暉的研究尚不能從社會史的層麵得到有力的支持和驗證，他自己也麵臨著如何找到思想史與社會史之間的交叉點的問題。
盡管如此，汪暉在思想史研究方麵的貢獻仍是有目共睹的，他對現代中國人自我認同的揭示指涉的仍是一種兩難困境，其研究不是指明出路，昭示答案，而恰恰是揭示尋找答案過程中所產生的困惑感和掙紮心態，意在顛覆的正是我們過去研究中所不自覺采取的支配性想象。在現代性反思語境中對“自我認同”狀態的潛心思考，至少否定了一種習以為常的運思命題：我們過去總以為經濟發展了必然會自然帶來文化的繁榮和延續。其實結果可能恰恰相反，經濟的畸形發展可能在某種狀態下會給文化的發展帶來災難。這是對我國文化史研究盲目趨從現代化解釋的一個致命挑戰。