我對南京大屠殺的研究，基於貝德士文獻的發現。我之發現貝德士文獻，多少有些偶然。
1988年，“中國民主運動史學術研討會”結束之後，我有1個月時間在國外查閱相關曆史文獻。由於那時我已開始研究中國教會大學史，正籌備下一年在武漢召開一次國際學術研討會，因此，會後專程到耶魯神學院圖書館檢索中國教會大學的檔案全宗。
但工作開始不久，我就發現館內保存了貝德士博士的個人專檔。貝德士是我就讀金陵大學期間的老師，對於他的相關文獻我自然有濃厚的興趣，於是花了好幾天時間，專門瀏覽這些卷宗。在貝德士文獻中，我居然發現了一張我們曆史係師生在玄武湖邊的合影。更出乎意料的是，貝德士的個人專檔中，居然保存了大量南京大屠殺的原始資料。
貝德士
原來，南京淪陷之後，貝德士一直留在南京，參與了保護中國難民、抗議日軍暴行的正義事業，親眼見證了南京大屠殺。當時留在南京城裏的外國人成立了一個組織，叫作“南京安全區國際委員會”，貝德士是該會的最後一任主席。因此，該會的往來公文以及許多成員的私人信件、日記、文稿、備忘錄等，都由他保管。50年代回國之際，他將這批文獻帶回了美國，後來成為耶魯神學院圖書館的藏品。
粗粗瀏覽，我便認識到貝德士文獻是研究南京大屠殺的最寶貴的原始資料。但當時因時間不允許，我隻是對這批文獻稍作索引，來不及認真閱讀研究。
1990年8月，我終於擺脫學校行政事務，應邀到美國正式進行中國教會大學史研究。第一年在普林斯頓大學從事研究與教學工作，仍然顧不上接觸貝德士文獻。1991年7月，我得到耶魯大學邀請並獲得魯斯基金資助，專程前往耶魯神學院，與妻子一道，住在靠近圖書館的學生宿舍中，曆經8個月，將貝德士文獻係統閱讀了一遍，並複印了1000多頁與南京大屠殺有關的寶貴資料。我還將自己複印的這些文獻複製一份，送給“紀念南京大屠殺受難同胞聯合會”。
在國外訪學的那幾年，由於工作忙碌，仍然沒有時間係統整理、研究南京大屠殺文獻。直到1994年回到武漢之後，研究工作才正式展開。此後，便有了《南京大屠殺的曆史見證》、《南京：1937.11—1938.5》、《天理難容——美國傳教士眼中的南京大屠殺（1937—1938）》、《從耶魯到東京：為南京大屠殺取證》等書的出版。
《南京大屠殺的曆史見證》一書係湖北人民出版社主動約稿。時在1994年10月。他們希望能在次年夏季出書以便紀念抗戰勝利50周年。但臨到出版，卻由於“不合時宜”，差點被封殺。多虧該社有一個副總編輯是我妻子的學生，一直以來與我們家有一些交往。在他的堅持下，終於如期印出來，但紙張、印刷都比較差。
《南京：1937.11—1938.5》一書則是應導演湯美如的邀請而編譯的，由香港三聯書店於1995年出版。其時，我正作為“黃林秀蓮訪問學人”在香港中文大學訪學，香港三聯書店負責編輯此書的李素娥，在1995年5月到7月間，不斷從港島過海來沙田與我商討有關內容、編排與插圖等各種細節，有時深夜才踏上歸途。多虧她的高效，此書能在極短時間裏印製出版，趕上香港書展，並且很快就銷售了1000多本。此書出版以後，我才知道，南京大屠殺受難同胞聯合會邀請湯美如和崔明慧兩位導演共同製作紀錄片《奉天皇之命》，她們乃為此大量搜集資料，在拍攝電影之餘，邀請我編譯此書。我與湯、崔兩位長期無緣謀麵，直到1998年在紐約參加AJPAP[1]舉辦的“日本證人訪美代表團”報告會，才有機會見麵。兩位女士雖然都已在影視圈中事業有成，但穿著、語言、舉止都很樸素純真，與國內某些影視界人士大異其趣。
《天理難容》一書出版於1999年。1998年春，南京大學出版社總編輯任天石與曆史係茅家琦兩位，鑒於金陵大學是南京大學的前身之一，南大本部校園就是原金大校園，而1937年冬奉命留守的金大教職員為救援南京難民做了大量卓有成效的工作，因此，敦促我為該社編譯一本更為完整並更具權威性的揭露日軍南京大屠殺罪行的英文原始文獻。於是，我與妻子在同年5月再次前往耶魯大學神學院圖書館，進一步擴大資料搜集範圍，並與該館特藏室負責人瑪莎·斯瑪麗（Martha Lund Smalley）女士協商，決定以她主編的《目睹南京大屠殺的美國傳教士，1937—1938》（American Missionary Eyewitnesses to the Nanking Massacre）為底本，進一步擴充編譯。由於《天理難容》與斯瑪麗所主編的那本書在體例上有變化，尤其是內容上多所擴充，後又出了英文版。
《貝德士文獻》及南京安全區檔案收藏處-耶魯神學院檔案館，攝於1998年
《從耶魯到東京：為南京大屠殺取證》由廣東人民出版社於2003年出版。此書可以說是對我從1988年參加索賠會、開始接觸“貝德士文獻”以來，到2000年止，研究南京大屠殺並參加有關社會活動的一次盤點。全書由三卷組成，卷一為“耶魯情緣”，卷二為“東京往事”，卷三為“屠城血證”。卷三係收錄貝德士等傳教士的證言，卷一和卷二則分別記載我在美、日為南京大屠殺取證的經曆。
[1] 全稱Allies for Justice and Peace in Asia and the Pacific，可譯為“亞太和平與公正聯合會”，在《從耶魯到東京》一書中，有《AJPAP的偶然聚合》一文。