8月25日的會議已然沒有結果，孫文與陳炯明的矛盾陡然激化。
隨後就在8月28日深夜，陳炯明的得力幹將鄧鏗被謀殺了。那天深夜，鄧鏗從香港返回廣州，在廣九車站下車，即將登上汽車前，兩名跟蹤的槍手在其身後連開兩槍，一彈擦過腹部，另一顆子彈則貫胃部而出。槍擊發生後，鄧鏗被迅速送往省長公署，隨後又送進中發韜美醫院救治。由於他患有肺癆舊疾，槍傷引發了嚴重的並發症。第二天一早，即宣告不治身亡。
鄧鏗之死在廣州引發了軒然大波。到底是誰殺了鄧鏗有說是鄧鏗大規模查禁鴉片，斷了廣州的鴉片煙商忌恨，從而派人暗殺他。原來的廣東都督龍濟光已經被陳炯明架空。陳炯明掌握了廣東之後，以嚴禁煙賭、主張地方自治而著稱。自晚清以來，地方政府就把賭稅當作財政收入的一個重要來源，所以才會屢禁不止。禁賭無疑要砸掉成千上萬大小賭商的飯碗，要截斷官府一條每年幾百萬兩的滾滾財源，所以，從一開始陳炯明就麵臨著不小的壓力。不過，陳炯明做得非常決絕，主張以雷霆手段，定期一律禁絕，不留任何餘地，才能收效。禁賭章程生效後，廣州市麵幾乎沒有一家賭博。為此，廣州學界發起為陳炯明鑄銅像，以紀念禁賭的成功。當然，陳炯明能在禁煙禁賭方麵取得成功，離不開他的戰友鄧鏗。鄧鏗經常直接指揮憲兵，緝拿偷運煙土之徒，其中以在廣州晏公街緝獲鴉片200多擔為最大一宗，經查是陳炯明部屬第二師師長洪兆麟和陳炯明的族人陳覺民等合謀所為。緝獲後，鄧鏗即召集各界代表及各國駐穗領事，共同監視燒毀，時人稱頌為林則徐後第二次焚毀鴉片，因此也有人懷疑是洪兆麟等人下的黑手。
不過，隨後發生的又一件大事則把公眾的視線一下子攪亂了。孫文以聯邦大總統的命令，撤銷了陳炯明廣東省長、第一軍司令、粵軍總司令、內務總長等職位。這算什麽？先砍掉了陳炯明的左膀右臂，殺雞警猴，然後直接再對陳炯明下手？
第一個坐不住，做出反應的到不是陳炯明，而是殺害鄧鏗嫌疑很大的粵軍第二師師長洪兆麟。洪兆麟，字湘臣，湖南寧鄉縣西衝山人。洪兆麟出身貧窮，生性勇武好勝。20歲時，投廣東防軍永字營當兵，漸升至哨長、管帶。辛亥革命時受陳炯明、鄧鏗策動，在惠州反正。二次革命失敗後東渡日本。1914年回惠州策動倒龍濟光的運動，後任粵軍第二師師長。
陳炯明看著怒不可遏的洪兆麟，一言不發。洪兆麟怒道：“不錯，鄧鏗是燒了我的鴉片，我是很生氣。可是，我和鄧鏗一起出生入死那麽多年，不是幾箱鴉片就能抵消的。況且這鴉片也不是別人給我的，就是孫文的狗奴才陳英士從上海弄來的。現在出了事，就讓老子背黑鍋？老子不幹~！”
陳炯明說道：“孫文偏執且固執，迷信武力，卻既沒有文韜又沒有武略。袁世凱說的好啊，孫文就是一個會亂放炮的孫大炮，咱們不能跟著他一條道走到黑。”
孫中山進廣州之前，先對陳炯明承諾，“粵事由陳君主持，中山回粵不過回複前日被逐之顏麵。”結果，到廣州不久，孫中山就宣布在廣州召開非常國會，選舉非常大總統。醉心於地方自治的陳炯明，遇上了最頑強也最偏執的職業革命家，崇尚改良的士紳，遇上了暴力革命的鼻祖，安於一方的廣東百姓又開始被折騰。孫陳決裂的根本原因，在於孫主張集權，要武力北伐，統一中國，而陳炯明主張聯省自治，以南北和平的手段來謀求統一。
洪兆麟忙說道：“反正他的北伐軍已經去了江西，廣東都是咱們的兵，不如我們也來個兵諫？”
陳炯明沉聲道：“諫當然要諫，但是真要把孫文弄出了三長兩短，我們也不好交代。不如這樣，咱們也學袁世凱當年在北京的辦法，弄一出兵變，把孫文轟走就是了。”
洪兆麟笑道：“老子調炮團，對著總統府轟幾炮再說。”
陳炯明笑道：“放P，你的炮兵有那麽大本事？用空包彈，嚇唬一下孫大炮就可以了。”
洪兆麟點頭道：“我知道了~！”
8月26日，洪兆麟以4000兵馬圍攻總統府，並炮轟孫文觀音山住所粵秀樓。孫孫在叛軍向粵秀樓開進時在警衛團掩護下，匆匆逃到停泊在長堤天寧碼頭附近的寶壁軍艦上避難。稍後，他移駐永翔號軍艦，召集艦隊官兵，號召討伐叛逆，決定由艦隊先發炮，攻擊在省叛軍，以示正義之不屈，政府威信之猶在。他率領海軍各艦向大沙頭、沙河、觀音山等處射擊，結果使得許多廣州百姓莫名其妙地葬身火海。隨後，海容號等三艘巡洋艦歸附了陳炯明，孫文不得不坐船逃往香港。隨後，再輾轉前往日本。
趕走孫文之後，陳炯明立刻電告北京，要求和徐天寶談判，用和平的方式解決國內爭端。