曆史的變遷引發了價值重心的轉換，價值體係的某些方麵由此而被提到了突出的地位。然而，儒家價值體係在其演進過程中畢竟形成了相對穩定的問題域，天人關係便是其基本的價值問題。作為儒學的認同者，明末至清代的諸儒對此同樣予以了自覺的關注。
就人與天地萬物的關係而言，諸儒首先確認了人的價值：
唯人則全具健順五常之理。善者，人之獨也。[66]
是故人也者，天地至盛之征也。[67]
天地之中人獨貴，這是儒家的基本信念。它所體現的是一種人本主義的價值原則。明清諸儒的如上看法，大致承繼了儒家的這一人本主義傳統。當然，諸儒並未停留於這一簡單的結論，他們力圖進而對人所以為貴做出理論上的解釋：“唯此好學、力行、知恥之心，則物之所絕無，而人之所獨也；抑天之所未有，而二氣五行之精者凝合為人而始有也。天地之生，人為貴，貴此而已。”[68]好學體現了理性的能力，力行是一種實踐品格，知恥則展示了內在的道德意識。清儒從這些方麵去尋找人之為貴的根據，基本上仍沿循了儒家的思路。
人初到世間，本來隻是一種自然意義上的存在。作為一種自然的存在，它並不具有好學、力行、知恥等品格。要使人真正獲得內在的價值，便必須經過一個從“天之天”（自然的存在）到“人之天”（人化的存在）的過程：“昔之為天之天者，今之為人之天也……入乎人者出乎天，天謂之往者人謂之來。”[69]這一過程，本質上表現為自然的人化。戴震對個體的人化過程做了較為具體的考察：“由血氣之自然，而審察之以知其必然，是之謂理義。”[70]血氣之自然即自然的本能，理義則表現為人文的規範。人之所以獨為天下之貴，即在於能夠通過理性的認識（知其必然）而超越血氣之自然，達到人文的境界。
廣義的自然兼指對象，就對象而言，從天之天到人之天的轉化過程（自然的人化過程），主要表現為化自在之物為為我之物。先秦儒家的代表人物之一荀子，已注意到了自然人化的這一內涵，並對此做了具體的考察。然而，在宋明新儒學（理學）那裏，自然的人化雖然被空前的突出，但這一過程同時又常常被狹隘地理解為人的自然本性的轉化。對象由自在之物到為我之物的曆史過程，基本上處於他們的視野之外。與宋儒不同，明清之際諸儒在這方麵更多地上承了荀子的儒學傳統，強調通過人的作用而變革對象，從而使之為我所用：“天之所無，猶將有之；天之所亂，猶將治之。”[71]在此，人之天顯然獲得了更廣的意義。
當然，對象的人化（化自在之物為為我之物），並不意味著走向狹隘的人類中心。換言之，從天之天走向人之天，並不是天人關係的唯一原則：“人定而勝天，亦一理也，而不可立以為宗。”[72]從對象看，自然的人化總是以合乎自然之理為條件，而並非僅僅以人的意誌強加於自然。就主體而言，從血氣之自然到人文層麵的理義，也並非單純地表現為對人的天性之戕賊。在清儒看來，人固然不能停留在自然狀態，但如果對人的自然屬性完全采取虛無主義的態度，則將走向另一極端：“舍氣稟氣質，將以何者謂之人哉？”[73]因此，清儒在肯定自然（天）應當人化的同時，又一再反對無條件地蔑視、貶抑自然。王夫之指出：“人之生理在生氣之中，原自盎然充滿，條達榮茂。伐而絕之，使不得以暢茂，而又不施以琢磨之功，任其頑質，則天然之美既喪，而人事又廢。”[74]人事誠然不可廢，但人的天性之中本身又蘊含著向善的根據。如果將人的生理伐而絕之，則人化的過程便失去了出發點。戴震對此做了更深入的理論分析：
善，其必然也；性，其自然也；歸於必然，適完其自然，此之謂自然之極致，天地人物之道於是乎盡。[75]
這裏的必然即人文意義上的當然（善的德性）。自然的本性無疑應當提升到當然，但從自然（天）到當然（人）並不是以當然去消融或拒斥自然，而是在當然之中實現作為天然之美的自然潛能（完其自然）。正因如此，故歸於必然同時即意味著達到一種安然無憾的境界：“就其自然，明之盡而無幾微之失焉，是其必然也。如是而後無憾，如是而後安，是乃自然之極則。”[76]所謂如是而無憾，如是而安，便是指自然的人化並沒有以扭曲人的天性為代價。
清儒的如上看法蘊含著一種基本的價值趨向，即肯定天與人的統一。曆史地看，天人合一本是儒家的信念。不過，如前文一再提到的，在天人關係上，傳統儒學更側重於自然（天）的人化。魏晉時期，以援道入儒為形式，自然的原則一度受到普遍的注重，但隨著儒學的理學化，人文的規範很快便壓倒了自然的原則，而主體的“天然之美”則相應地受到了抑製。在這方麵，清儒顯然不同於宋明理學而更接近於魏晉時期的儒學，他們反對“以機巧喪其本心”[77]，並反複強調“自然之與必然，非二事也”[78]。而他們對自然與當然（必然）的論述，確實較好地體現了人文原則與自然原則的統一。就此而言，清儒在承繼儒家天人合一之思路的同時，無疑又使之獲得了新的內涵。