價值重心的轉換體現於儒家價值體係的內在結構，便進一步涉及儒家的理性主義原則。
崇尚理性，是儒家基本的價值趨向。自先秦開始，儒家便逐漸形成了理性主義的價值傳統。孔子在突出仁道原則的同時，又強調仁知統一，從而奠定了理性原則在儒家價值體係中的地位。儒家之拒斥超驗的彼岸世界，抑製意誌的盲目衝動，強調自覺地由仁義行，突出人格的理智規定，等等，無不體現了理性主義的價值原則。即使附會天人的董仲舒，同樣在天人感應的神秘形式下注入了理性的內涵。正是這種理性主義的傳統，使儒家與宗教的迷狂始終保持了相當的距離，並超越了意誌主義的原則，在這方麵，儒家無疑展示了較為健全的價值取向。
然而，在儒家那裏，理性原則雖然得到了確認，但仁知統一的基本格局，卻使理性一開始便表現出倫理化的趨向。孔子把“知”界定為知人，意味著以人際的倫常關係為知的內涵，而在人格結構中，知則進一步被涵蓋於仁義之中。根據這種理解，理論理性顯然優先於實踐理性，理性的價值意義則相應地壓倒了其工具意義。在宋明理學那裏，儒家如上傳統不僅得到了延續，而且進一步趨於極端。如前所述，理學家對德性之知與見聞之知做了嚴格區分，並強調德性之知的主導地位。所謂德性之知，涉及的首先是主體存在的意義，而不是對象世界的自在規定，它在本質上屬於廣義的價值理性。確認德性之知的優先性固然有助於避免工具理性的僭越，但由此抑製見聞之知（對事實的認知），則顯然使理性變得片麵化了。對仁與知以及德性之知和見聞之知的如上定位，往往容易形成輕視乃至貶抑科學的價值定勢，後者與內聖的路向在邏輯上相互關聯。
作為儒學的後繼者，明清之際的諸儒幾乎都上承了儒家的理性主義傳統，注重理性，追求格物致知大致構成了當時的普遍風尚。然而，這一時期的諸儒對理性之知的理解，卻出現了與先儒有所不同的趨向；盡管他們並不否定德性之知，但其視野卻已在很大程度上超越了倫理之域。從顧炎武、方以智到戴震、阮元[34]，注意的重心已首先指向了實學。顧炎武指出：
士當求實學，凡天文、地理、兵農、水土及一代典章之故，不可不熟究。[35]
方以智則把經濟、技藝等都列入道的學說之中[36]，並主張研究質測之學：“物有其故，實考究之，大而元會，小而草木螽蠕，類其性情，征其好惡，推其常變，是曰質測。”[37]所謂質測之學，主要即表現為事實的認知。在此，理性的領域已由德性之知擴及廣義的科學知識。
明末清初諸儒對知與學的如上理解，使傳統的知識範疇發生了引人注目的變化，這種變化不僅在於其外延的擴大，而且更在於其內涵的深化。在傳統的儒家價值體係中，天文、地理等質測之學隻是技，唯有涉及存在意義的德性之知，才進入了道的領域；相對於道，技隻具有從屬的性質，其地位完全無足輕重。相形之下，明清之際諸儒則對質測之學做了不同的定位：它已在某種程度上由技提升為道。顧炎武將天文地理等視為實學，已表現了這一趨向。阮元則更明確地把數學等規定為：“儒流實事求是之學”[38]，亦即把科學由一般的“學”進而引入儒學之中，從而使之不再僅僅表現為德性之知的附庸。在質測之學由技到道的演化背後，是工具理性價值地位的提升。較之理學家之指斥科學研究為玩物喪誌，這裏體現的價值取向顯然有所不同。
宋明新儒學（理學）好談格物窮理。然而，與強調德性之知的至上性相應，宋明新儒學往往將窮理過程與涵養過程融合而為一，從而使之失去了認知的意義而完全從屬於倫理的體認。與理學的這一思路相對，明清之際諸儒開始致力於格物與質測的溝通。王夫之曾對格物做了如下的界說：
蓋格物者，即物以窮理，唯質測為得之。[39]
在此，格物已被視為一種帶有實證性質的研究過程。正是根據這種理解，明末清初的諸儒對傳統的儒學提出了種種批評。針對儒者忽視具體科學的偏向，方以智提出：“曆數律度，是所首重，儒者多半弗問，故秩序變化之原，不能灼然。”[40]科學知識的貧乏，必然導致妄立虛理，王錫闡已注意到了這一點：“儒者不知曆數，而援虛理以立說。”[41]王錫闡是清初著名思想家[42]，與顧炎武等人關係甚深，學術見解也大致相近。他的觀點，實際上代表了當時諸儒的普遍看法。
與返觀心性的內聖之學不同，質測之學本質上旨在明自然之理，後者決定了它首先將指向外部對象。黃宗羲曾批評明儒喻國人（春山）以《周易》之卦象附會晝夜之長短，而完全無視具體的天象：“舍明明可據之天象，附會漢儒所不敢附會者，亦心勞而術拙矣。”[43]這裏的內在要求即以外部存在（天象）為據，以自然為考察對象，它已隱約透露出麵向自然的致思趨向。探索自然需要一種尊重事實的態度，黃宗羲對主觀附會的否定，已從一個方麵表明了這一點。清初的另一些儒家學者對此做了更具體的闡釋，如王錫闡便一再主張“驗於天”和“實測”：“驗於天而法猶未善、數猶未真、理猶未闡者，吾見之矣；無驗於天而謂法之已善、數之已真、理之已闡者，吾未之見也。”[44]這種看法對乾嘉時期清儒同樣產生了重要的影響，焦循[45]即認為，自然對象隻能以實測而知：“天不可知，以實測而知……非可以虛理盡，非可以外心衡也。”[46]這裏體現的，是一種實證的精神，而實證精神正是工具理性的基本要求之一。就此而言，引入實證精神，意味著更具體地確認工具理性的意義。
把握對象之理，不僅需要實證的態度，而且涉及一係列的思維方法，而為明末清初諸儒所特別關注的，則是數學的方法。早在明末，徐光啟、李之藻等便對數學的方法予以了高度的重視。如李之藻即提出了“緣數尋理”[47]的主張。清初的黃宗羲進一步將這種方法論原則概括為“借數以明理”[48]。所謂“緣數尋理”或“借數明理”，也就是以數學的方法揭示對象的本質及規律。清儒對這種以數明理的方法，普遍抱有信賴的態度。王錫闡在要求實測的同時，又指出：“欲求精密，則必以數推之，數非理也，而因理生數，即因數可以悟理。”[49]後來，阮元更以是否把握數學方法為判斷通儒的準則之一：“數為六藝之一，而廣其用則天地之綱紀，群倫之統係也。天與星辰之高遠，非數無以效其靈；地域之廣輪，非數無以步其極；世事之糾紛繁頤，非數無以提其要。通天地人之道曰儒，孰謂儒者而可以不知數乎？”[50]在此，以數明理被賦予了普遍的方法論意義，並成為儒學的題中應有之義。就其內涵而言，以數明理基本上表現為一種邏輯的運演（推導）。它所趨向的，是一種形式的理性化；而工具理性所追求的，也正是這樣一種形式的理性化，它與價值意義上的合理性意味頗有不同。如果說，實證精神主要從總體上展示了工具理性的一般原則，那麽，數學方法所體現的嚴密性和形式化趨向則構成了工具理性更內在的特征。這樣，確認以數明理的普遍意義，實質上也就從另一側麵高揚了工具理性。
實證性與邏輯的嚴密性作為一種普遍的方法論原則，同樣製約著經學。自兩漢以來，經學已逐漸成為儒學的正統形態。明末清初（以及清中期）的諸儒雖然已開始注意到明自然之理，但並未由此走出經學之域。顧炎武要求從理學回歸經學，王夫之以“六經責我開生麵”自勉，等等，均未擺脫以經學為儒學之正統這一傳統觀念。不過，與宋明新儒學將經學理學化不同，明清之際的諸儒更多地致力於經學與質測之學的溝通。前文曾提及顧炎武強調“士當求實學”，而明實學也同時被視為通經的必要條件。戴震後來對此做了更明確的表述：“至若經之難明，尚有若幹事：誦《堯典》數行至‘乃命羲和’，不知恒星七政所以運行，則掩卷不能卒業。誦《周南》《召南》，自《關雎》而往，不知古音，徒強以協韻，則齟齬失讀。誦《古禮經》，先《士冠禮》，不知古者宮室、衣服等製，則迷於其方，莫辨其用。不知古今地名沿革，則《禹貢》職方失其處所。不知‘少廣’‘旁要’則《考工》之器不能因文而推其製。不知鳥、獸、蟲、魚、草、木之狀類名號，則比、興之意乖。”[51]概而言之，治經總是涉及天文、地理、數學、語言、生物、機械等具體科學。在此，質測之學已被理解為經學的工具。
正是以科學的觀念為工具，有清一代的經學取得了不同以往的麵目。宋儒治經，一般偏重義理的闡發，而其末流則往往流於附會臆斷。清儒立說，首先以本文為據，從音、義、形等方麵入手考釋字義，並輔之以版本的辨偽、校勘，具體科學知識的參證，等等。至乾嘉時期，音韻學、校勘學等具體科學逐漸趨於成熟，形成了附庸蔚為大國的格局。具體科學在經學內部的成長，從一個側麵展示了工具理性或科學理性地位的提升。尤為值得注意的是，隨著經學之趨向於樸學，治經方法本身也發生了重要的折變。與宋儒重性理，輕實證不同，清儒揭櫫實事求是的原則：“通儒之學，必自實事求是始。”[52]以此為出發點，他們主張“會通義例”與“一以貫之”的統一，“會通義例”即從具體的經驗材料中概括出一般的條理，“一以貫之”則是以一般的義例通則為指導進而考察特殊的現象，二者展開為歸納與演繹的交互作用。與會通義例和一以貫之相聯係的，是溯源達流的曆史主義方法[53]而通過博考精思，條理分析以及尋源溯流之後所做出的斷論，最後又必須訴諸嚴密的驗證，唯有如此，方為十分之見：“所謂十分之見，必征之古而靡不條貫，合諸道而不留餘議，钜細畢究，本末兼察。”[54]清儒的這種治經方法，本質上接近於實證科學的原則，正是這一事實，使清代經學常常被稱為樸學。如果說，宋明理學賦予經學以形而上的特性，那麽，清代諸儒則使經學趨於實證化。
按其本義，經學首先代表了一種正統的意識形態。作為意識形態，它主要體現了一定時期人們的願望、理想、評價準則、文化模式、行為目標等，而後者無疑屬於廣義的價值理性，相對於經學的意識形態內容，天文、曆數、音韻等具體科學及博考精思、嚴於求是的方法論思想，則更多地展示了理性的工具功能。清儒將具體科學及實證方法引入經學，以此作為治經的必要手段，明顯地表現出融合二者的趨向。事實上，在經學實證化的背後，我們看到的正是工具理性向價值理性的滲入。這種滲入本身蘊含著多重的價值意義。
意義之一，是工具理性價值地位更深刻的轉換。如前所述，在傳統儒學中，科學始終隻處於技或藝的領域，當明清之際諸儒將質測由技提升到學時，科學已開始獲得自身的價值，在經學實證化的形式下，它則進一步由一般的“學”步入了經學，從而，其價值地位也相應地得到了更高層麵的確認。對工具理性的如上注意，或多或少為接受近代的實證科學提供了某種價值依據及心理準備。事實上，明清之際諸儒對西方科學的認同，與工具理性地位的提升，便存在著相輔相成的關係。直到近代，胡適在引入西方近代實證科學方法之時，仍然一再地將其與清儒的治經方法加以溝通，以獲得傳統的根據。[55]
然而，清儒以具體科學及實證方法為明經的工具，同時又使其功能及意義受到了限製。作為治經的手段，科學方法的作用多少被囿於經學一隅。盡管隨著經學的實證化，經學內部的某些科學分支（如音韻學）逐漸蔚為大國，但服務於治經這一基本點，使之始終未能完全擺脫從屬的地位。總之，就經學而言，其實證化意味著揚棄蹈空的心性之學，但就整個時代的運思傾向而言，經學的實證化則意味著工具理性開始轉向文獻考證。這樣，雖然明清之際一度出現了麵向自然的呼喚，但麵對以實證方法治經的樸學思潮，這種呼喚終於未能成為時代的強音。對工具理性的如上限製，既以明清之際從理學回到經學的曆史要求為背景，又體現了儒家傳統價值觀念的製約。
不過，從另一個視角看，經學的實證化還有其更深層的價值意蘊。一般而論，實證的趨向總是與形而上的超驗趨向相對，肯定實證研究的價值，往往邏輯地導向否定形而上學。與宋明理學家時時流露出濃厚的形而上學興趣不同，清儒更傾向於從事拆解形而上學的工作。戴震曾對宋儒將天理形而上化提出了批評：“宋儒合仁、義、禮而統謂之理，視之如有物焉，得於天而具於心，因以此為‘形而上’，為‘衝漠無朕’；以人倫日用為‘形而下’，為‘萬象紛羅’。蓋由老、莊、釋氏之舍人倫日用而別有所貴，道遂轉之以言夫理。在天地，則以陰陽不得謂之道，在人物，則以氣稟不得謂之性，以人倫日用之事不得謂之道。《六經》孔、孟之言，無與之合者也。”[56]理學家將仁、義等當然之則加以超驗化，使之成為至上的天理，這既是對價值理性的強化，又表現出蔑視具體存在而崇尚形而上之本體的價值取向。在戴震看來，這種形而上的本體不外是思辨的虛構。他對形而上與形而下做了如下的界說：
形謂已成形質，形而上猶曰形以前，形而下猶曰形以後，陰陽之未成形質，是謂形而上者也，非形而下明矣。[57]
這裏體現的，是一種拒斥形而上學的趨向，它不僅展示了一種本體論的立場，而且有其價值觀意義。就後者而言，對形而上學的拒斥，即意味著價值重心由超驗之域轉向具體存在，這種思路與突出技術理性的近代實證主義頗有相近之處。
在傳統儒學，特別是宋明儒學中，理（道）作為存在的最高根據，總是給人提供一種終極意義上的滿足，而儒學（特別是理學）所追求的，首先也正是這樣一種形而上的價值意義。從拒斥形而上學的前提出發，清儒對理的功能做了不同的理解：
舉理，以見心能區分；舉義，以見心能裁斷。分之，各有其不易之則，名曰理；如斯而宜，名曰義。是故明理者，明其區分也；精義者，精其裁斷也。[58]
就對象而言，理標示一事物區別於他物的特殊規定；就主體認識能力而言，理性（心）的作用主要在於分析。這種分析所提供的，主要是關於對象特殊規定的精確知識，而不是終極意義上的關切。不難看出，與形而上的本體轉換為具體的分理相應，理性的實證精神與工具意義多少衝淡了其價值意義。
總之，儒家的理性主義價值原則在明清之際及清代出現了引人注目的變化。隨著質測之知由技到學的提升及經學的實證化，以追求價值的合理性（實質的合理性）為特征的人本主義理性傳統，在某些方麵開始向崇尚工具合理性（形式合理性）的工具主義理性原則擴展。這種轉換既以明末清初經世致用的社會思潮為背景，又明顯地受到東漸之西學的影響。從晚明開始，近代西方的科學思想及科學方法即開始逐漸傳入中國。盡管這一時期所輸入的西學常常糾纏著天主教神學，並且遠遠談不上係統和深入，但西方近代科學中所蘊含的實證精神及工具理性等，卻對占主導地位的儒家價值體係形成了內在的衝擊，並相應地影響著初步接觸西學的儒家思想家。早在明末，徐光啟便深有感觸地說：“餘嚐謂其教必可以補儒易佛，而其緒餘更有一種格物窮理之學，凡世間世外，萬事萬物之理，叩之無不河懸響答，絲分理解；退而思之，窮年累月，愈見其說之必然而不可易也。”[59]這裏雖夾帶著某種宗教的認同，但更多地表現了對西方近代科學思想及科學方法的推崇，後者在明清之際成為一種普遍的趨向。方以智曾指出“泰西質測頗精”[60]，王夫之亦認為“西夷以巧密誇長”[61]，並對西洋曆家的“遠鏡質測之法”[62]頗為讚賞。稍後的李恭由此要求“參以近日西洋諸法”[63]，戴震同樣對“西洋之學”做了多方麵的肯定，並以為“其製器之巧，實為甲於古今”[64]。直到阮元，仍稱讚“西人熟於幾何，故所製儀象極為精審”[65]。從科學方法到工藝技術，近代的西學在明末至清代的諸儒中留下了不可忽視的印記。如果說，價值重心向外王的傾斜更多地以天崩地裂的社會震**為曆史根據，那麽，儒家理性主義傳統的某種轉換，則從一個側麵折射了西學東漸的時代特征。