1939年1月17日，錢玄同病逝於敵偽統治下的北平。從1887年到1939年，錢玄同一生經曆了辛亥革命、五四新文化運動、抗日戰爭等中國近代史上政治、思想、文化變化最為急劇的重要曆史時期。在這一時期，古老的中國文化與現代的西方文明激烈碰撞，而與這碰撞交織在一起的是列強的侵略和中華民族反對侵略的血與火的鬥爭，這一碰撞與鬥爭為中國人提出了新的曆史課題：如何迎接西方文化的挑戰，使古老的中國文化再獲新生？如何使中國擺脫列強的侵略，以獨立的姿態走進世界民族之林？為此，幾代思想家和學人對這一曆史課題進行了艱苦的思考和探索，如錢玄同在《劉申叔遺書》序中所描述的那樣，“好學深思之碩彥，慷慨倜儻之奇才，疾政治之腐敗，痛學術之將淪，皆思出其邃密之舊學與夫深沉之新知，以啟牖顓蒙，拯救危亡”。可以說，錢玄同就是這些思想家和學者中的一員。
振興中國文化的努力，貫穿了錢玄同的一生。在辛亥革命的大潮中，為反滿革命，愛國保種，為應對西方文化的挑戰，錢玄同把振興中國文化的努力方向放在了回歸古昔。他以保存國粹為職誌，提出了師古、存古、複古的主張。這些主張對於推動民族革命有著積極的意義，體現了錢玄同在西方文化的挑戰麵前為振興中國文化的探索。但一定時期的文化畢竟是一定時期政治經濟的反映，錢玄同注重文化的民族性，卻忽視了文化的發展進步和世界文化的共同性、普遍性。因此，複古思想的極端發展，其後果勢必是助長舊質，抵排新知，窒息進步，並可能與頑固勢力流為同調。錢玄同的複古主張，顯然不能達到振興中國文化的目的。經過袁世凱、張勳複辟的刺激，錢玄同徹底放棄保存國粹的思想，主張全麵學習西方，對中國文化進行徹底的改造。這一轉變，既反映了錢玄同不斷追求真理，不惜否定自己的極大勇氣，也反映了近代中國思想文化進步，不可逆轉的發展方向。
在五四新文化運動時期，錢玄同與陳獨秀、胡適、李大釗、魯迅等共同編輯《新青年》，並是《新青年》的主要撰稿人。在新文化運動初期，錢玄同激烈地批判傳統，在文學革命、思想革命、漢字革命等方麵都提出了獨具特色的主張。這些主張，給予興起中的新文化運動以極大的助力，也豐富了新文化運動的內容，是五四新文化運動思想解放和文化革新的重要組成部分。在五四**後，錢玄同與胡適、顧頡剛等發起古史辨偽運動，在學術的層麵上展開對傳統的深層批判；與黎錦熙等開展國語運動，倡導國語統一、漢字拚音化和簡化，把新文化運動倡導的文化革新不斷深化和具體化。錢玄同在文學革命、疑古辨偽和漢字改革等方麵的許多主張深深影響了新文化運動的發展與走向。
五四新文化運動時期也是中國學術從傳統向現代轉型的重要時期。錢玄同是一個受過傳統學術訓練的學者，在五四時期，他積極接受西方現代學術觀念，在經學和音韻學從傳統向現代的轉型過程中，起了承前啟後的作用。他在經學研究方麵提出的許多觀點，如六經與孔子無涉等，標誌著中國經學思想的重大轉變，再如他的《文字學音篇》既繼承了傳統音韻學研究的成果，又在研究觀念、方法，內容上進行了新的探索，開了音韻學革新的先聲，具有承前啟後、繼往開來的意義。
在五四新文化運動時期，因時勢因素及思想原因，錢玄同對中國文化的批判有著激進甚至是偏激的傾向。錢玄同雖激烈地反傳統，但他對孔子在曆史上的價值，對中國文化中的儒家思想的一些學術流派，如今文經學、永嘉學派、顏李學派以至於王學中的積極成分，一直積極肯定。錢玄同思想的一個重要特點是注重實踐，這一思想品格就是受顏李學派的影響形成的，錢玄同思想中的不斷進步和懷疑精神，更有近代今文經學思想的影響於其中，這也是錢玄同思想的一大特色。除儒家思想之外，錢玄同受墨家思想影響極大，如黎錦熙所論，錢玄同的安身立命之處是“最大多數的最大幸福”的墨家人生觀。值得指出的是，錢玄同雖然在文化改造問題上態度激進，但他又是較早地反思新文化運動不足的思想家。他在五四**後就不斷地反思自己以及新文化運動存在的問題，尤其是他對中國傳統思維方式的反思，更具深刻性，這些反思是五四科學精神的體現，是重要的五四遺產。關於錢玄同思想中的這一部分內容，多保存在日記和私人信劄中，雖然沒有向他高聲呐喊改革那樣在當時產生重大影響，但卻是值得認真總結的，對於認識五四，認識錢玄同都具有重要的意義。錢玄同晚年，在不斷總結、反思的基礎上，文化關懷重點有所變化，由注重對中國文化弊端的批判轉變為對中國文化積極因素的挖掘，提出自明代王陽明“龍場一悟”到《新青年》創刊是中國的文藝複興的思想，肯定了中國文化的自身價值和發展進步。
如何擺脫帝國主義的侵略，推翻專製統治，使中國走上獨立、民主、富強之路？錢玄同雖不是一個政治家，但他對於改造中國的道路和政治方案，也進行了自己的思考。在早年，在民族主義大潮的影響下，錢玄同實現了由尊清到反滿的轉變，從一個舊式的知識分子轉變為一個反滿革命者。辛亥革命時期，錢玄同積極探索，既接受民主革命思想，加入了同盟會，也參加東京社會主義講習會的活動，接受無政府主義思想，並在反滿民族革命的基礎上，力圖調和二者，反映了處於探索階段的思想特色。但從後來的曆史發展看，對錢玄同影響更大的是自由主義和民主主義。正是對民主共和的真誠信仰和追求，促使錢玄同跳出國粹派，走向新文化的運動。應該指出的是，錢玄同在政治上雖放棄了無政府主義，但《新世紀》一派對傳統文化的批判精神，卻是他五四時期批判傳統的重要思想資源。
作為一個自由主義者，錢玄同注重個性解放，強調思想啟蒙。他與胡適、陳獨秀、李大釗等共同編輯《新青年》，掀起五四啟蒙運動大潮。在五四**之後，他與魯迅、周作人等編輯《語絲》，繼續啟蒙工作，宣傳思想自由，批判專製主義和北洋軍閥的反動統治。在20世紀20年代中期高漲的民族主義思潮中，錢玄同強調啟蒙與反帝並重。作為一個自由主義者，錢玄同對五四後的馬克思主義傳播，持不反對的包容態度。錢玄同在晚年，政治上仍然秉持自由主義，反對國民黨的思想專製政策，隻不過在專製的環境下，由一個五四時期的慷慨激昂、不斷呐喊的啟蒙思想家變為書齋中寧靜的學者。錢玄同的這一境遇也從一個側麵反映了自由主義在近代中國的命運。
總之，錢玄同思想內容豐富，在近代思想史上留下了深深的印記，產生過重大的影響，值得深入研究和總結。