盡管馬克思主義未能達到成為自然科學的標準，但同自然科學一樣，馬克思主義在一定範圍內也是一種科學。這種範圍包括從研究現象的表麵到揭示現象背後的潛在現實並對此做出解釋。馬克思本人的如下表述就可以用來論證這種觀點：
如果事物的表現形式和事物的本質會直接合而為一，一切科學就都成為多餘的了。①
把看得見的、隻是表麵的運動歸結為內部的現實的運動是一種科學工作。②
事物在其現象上往往顛倒地表現出來，這是幾乎所有的科學都承認的，隻有政治經濟學例外。③
在表麵上呈現出來的經濟關係的完成形態，在這種關係的現實存在中，從而在這種關係的承擔者和代理人試圖借以說明這種關係的觀念中，是和這種關係的內在的、本質的、但是隱蔽著的核心形態以及與之相適應的概念大不相同的，並且事實上是顛倒的和相反的。④
正是在利潤的這種完全異化的形式上以及在利潤的形式愈來愈掩蓋自己的內核的情況下，資本愈來愈具有物的形態，愈來愈由一種關係轉化為一種物，不過這種物是包含和吸收了社會關係的物……在資本和利潤的這種形式上，資本表麵上是作為現成的前提出現的。這就是資本的現實性的形式，或者更確切地說，是資本的現實存在的形式。資本也正是以這種形式存在於其承擔者即資本家的意識中，反映在他們的觀念中。①
從馬克思的上述表述中不難發現“現象”“本質”“表現”及“假象”這些關鍵術語。這些關鍵術語是馬克思從黑格爾(Hegel)那裏繼承過來的，馬克思在寫作《資本論》之前曾閱讀過黑格爾的《邏輯學》。而黑格爾在他的《邏輯學》中闡述這些術語之間的關係時又受到他所處時代自然科學的影響。例如，在《邏輯學》處理本質論的部分，黑格爾把物質的分子結構——分子形式本身和它們在數學形式中表達出的行為規則——當作一種現象的基本形式。這個現象就是事物本身，黑格爾僅將其視為在未掌握這些形式的表象範圍內的“假象”,但在物質作為這些形式的“必要表象”的範圍內它們則是“實際的”。為了進一步闡釋清楚黑格爾在此處的意思，科琴以“愛丁頓‘兩張桌子’”的例子加以說明：“愛丁頓把物理學中將桌子表述為一個穩定的分子結構當作‘真實的’桌子，而把常識中的桌子視為假象。但是，在把科學意義上的桌子如何‘投射’到普通對象的意義上，常識中的桌子並不是假象。常識中的桌子完全可以被確定為科學意義上桌子的‘表象’。因而，為了把常識中的桌子理解為處於這種或那種關係中的科學意義上的桌子，則需要將其置於現實範疇下去思考。”②
總之，上述內容告訴我們，自然科學從一開始就已經密切融入馬克思主義的科學概念中。馬克思不僅在自己討論現象和本質或假象與現實時明確地用到某些自然科學的例子，而且馬克思從黑格爾那裏習得並發展了該詞，並通過自己對19世紀早期自然科學的理解而從哲學上和認識論上將其概括出來。
而且對黑格爾和馬克思主義者而言，自然科學從19世紀發展到今天，其最驚人的領域就是通過有機化學、無機化學以及物理學所揭示出的廣義的“分子和亞分子領域”(包括原子和亞原子領域)。該領域是對通常世界中可感現象做出科學解釋的一個範例。如果人們想了解不能明顯感知的存在，那麽他們隻能通過具體方法或自然科學技術來對其加以感知並了解。因而，自馬克思開始，馬克思主義者就已經將自然科學的特質確定為其可以解釋不可見物，或者更確切地說，自然科學可以采用科學方法去感知並解釋那些肉眼不可見的存在。因此，在《資本論》德文第一版的序言中，馬克思這樣說道：
以貨幣形式為完成形態的價值形式，是極無內容和極其簡單的。然而，兩千多年來人類智慧對這種形式進行探討的努力，並未得到什麽結果，而對更有內容和更複雜的形式的分析，卻至少已接近於成功。為什麽會這樣呢?因為已經發育的身體比身體的細胞容易研究些。並且，分析經濟形式，既不能用顯微鏡，也不能用化學試劑。二者都必須用抽象力來代替。①
科琴指出，如果馬克思主義理論中所指涉的那種不可觀測的實體和關係與分子和亞分子領域中所指涉的不可見物之間存在明顯差別的話，如果馬克思所說的“抽象力”並不足以代替自然科學中的顯微鏡或化學試劑，那麽宣稱馬克思主義是一種自然科學將並不能成立。因此，必須找到馬克思主義中與分子和亞分子領域研究對象——原子與分子相對應的事物，分析其是否是原子和分子的等同物。科琴認為，馬克思主義在社會領域中與原子和分子的等同物就是勞動價值和生產方式。而《資本論》是馬克思經濟學的基礎，它科學地應用了馬克思的科學方法，並且，根據這個方法，它能夠脫離政治和社會的其他方麵而抽象地分析經濟。科琴認為，對馬克思而言，科學進步就是從現存的概念出發，通過形成高度抽象的簡單概念以及通過理性過程產生更加複雜、更少抽象的概念，直到在思想中再現為具體。科學意味著概念間的層級關係，這種層級關係同現實中現象確定的層級關係是密切相關的。
鑒於此，科琴將“價值”“生產價格”“剩餘價值”和“利潤”列為《資本論》中“概念層次”的實例，同時它們也是現實中的一種“確定層次”。在科琴看來，價值決定現實中的生產價格，剩餘價值決定現實中的利潤，同樣價值和生產價格以及剩餘價值和利潤在馬克思的資本主義生產模式的科學模型中是層級關聯的。在《資本論》第一卷中，馬克思呈現出資本主義生產方式的一個抽象模式。該模式的抽象性表現為其既是從特定時空中抽象出來的(使用19世紀英國資本主義的一些數據來加以闡發),也是從許多取自現實資本主義社會的社會特征和政治特征中抽象出來的。《資本論》第一卷中所列出的資本主義模式是非常抽象的經濟，它假定所有商品都根據其價值(或者直接、間接包含在其中的與之相對應的社會必要勞動)進行交換是理所當然的。在這種模式下，商品的相對貨幣價格就直接反映在這些價值上。因此，工人階級出賣給資產階級的勞動就根據其價值而交易，從這一點來看，人類勞動就成為和其他商品一樣的商品了。此外，機器、原材料以及資產階級獨占的財產也是根據它們的勞動價值而進行交換的。這樣就可以表明，由於人類勞動是唯一能夠生產大量價值遠大於自身的商品，資產階級隻能通過剝削工人階級的勞動而獲得產品中的利潤。實際而言，這種剝削是通過資產階級使用其對生產資料的占有權，迫使工人階級工作一段超出必要勞動的時間，來償還生產資料的價值並生產其自身勞動力的價值。馬克思將這種無償的或“額外的”勞動時間稱作“剩餘價值”,他指出這是資本主義體係中利潤的唯一來源。
在《資本論》第二卷和第三卷中，馬克思將他有關資本主義生產方式的模式描寫得越來越“具體”,他引入了大量外在因素，例如商品的貨幣流通，通過增加資本投入而擴張資本主義體係，在第三卷中他甚至還引入了資本之間的競爭。由競爭引起的複雜性使商品再也不能根據其價值而進行交換，隻能根據其“生產價格”進行交換，這樣價格就會出現高於或低於價值的狀況。然而，馬克思在第三卷中展示的商品價格變化的影響，隻存在於不同資本間分配大多數剩餘價值作為不同行業的利潤的情形中，這並不會改變可用來分配的利潤總額是由從工人階級那裏剝削得到的剩餘價值量而決定的事實。此外，馬克思在第三卷中還表明，隨著資本主義技術的發展，必然會出現利潤率整體下降的趨勢，這個趨勢是由於不斷增長的機械化引發的作為生產過程中剩餘價值和利潤的唯一來源——人類勞動的——逐漸減少而造成的。馬克思在第三卷也分析了，盡管通過資本主義體係中大量中和趨勢可以暫時抵消這種利潤率下降的趨勢，但這種趨勢本身是不會消失的，而且其將會出現在資本主義的周期性危機中。
基於上述關於《資本論》內容的分析，科琴指出，馬克思在《資本論》第一卷中假定的實體就是“勞動價值”,它改變著包含在商品中的大量勞動時間。這種“勞動價值”在任何實際的資本主義經濟中都是經驗上無法被感知且不可測量的，但是“勞動價值”在量上的變化卻被認為(至少傳統的馬克思主義經濟學家這樣認為)對現實世界中經驗上可感知的現象具有經驗上可感知的影響①。
具體說來，如果包含在商品中的社會必要抽象勞動(Society Neces-sary Abstract Labor,SNAL)的量出現了一個長期的下降，那麽根據馬克思的觀點，商品的經驗上可測量的價格也將出現一個長期的下降。這種下降趨勢並不一定會反映在商品的貨幣價格上，而是會反映在平均貨幣收入的比例上。換言之，根據馬克思的觀點，如果“不變資本”的SNAL價值(例如，直接或間接包含在廠房、設備和原材料中的SNAL的量)增速快於包含在工資商品(“可變資本”)和剩餘或利潤商品(“剩餘價值”)中SNAL的量，那麽隨著時間的推移，資本主義體係中經驗上可感知的平均貨幣利潤率則會降低，而這個降低又會引發大量其他的經驗上可感知現象(諸如經濟危機)的發生。
在上述分析中，科琴為我們揭示了馬克思為什麽以及如何深受自然科學的影響：在自然科學中不可見及不可感知的實體都被認為或者具有可見、可感的影響，又或者具有可見或可感的形式。這也解釋了為什麽20世紀的馬克思主義者不僅深受分子和亞分子領域(最顯著的是亞原子物理)科學發展的影響，而且深受這種發展所引發的自然科學哲學爭論的影響。馬克思和當代馬克思主義者對自然科學這個概念的執著，使得他們不可能完全讚成經驗主義的科學哲學。因為經驗主義的科學哲學認為世界上唯一真實的現象就是那些可以被人類感知到的現象，所有其他實體僅僅是虛構假設的，盡管它們可以幫助人類對可感現象提供解釋，但它們並不是真實的。然而，從馬克思《資本論》中的觀點又可以看到，正統的馬克思主義者一定在哲學上是實在論者。他們必然堅持世界上存在那種真正的實體，它不能被人類輕易地感知，但它是真實存在且具有可感知的影響(例如，鐵屑上電磁場的力)或具有可感知的形式(正如原子結合成分子，分子結合形成世界上絕大多數可感知事物)。
關於自然科學哲學中實在論的分析，科琴支持伊恩·哈金(lanHacking)關於實在論劃分的觀點。伊恩·哈金有效區分了現代自然科學哲學中兩種類型的實在論：“實體實在論”和“理論實在論”。舉例來說，“實體實在論”的自然科學哲學家認為，物理實體是通過在分子和亞分子領域的實驗得以確定的(例如，分子、原子、電子、質子、誇克),是實在的；“理論實在論”的自然科學哲學家則認為實體是在科學理論而不是科學實驗中確定的，理論實體可能包括“能量”“力”“動力”“加速度”“電”以及諸如此類的自然科學理論中隻有通過其影響才能被感知的實體。通常來說，由於自然科學家的研究對象是理論中無法觀測的力或實體，隨著時間的推移，自然科學家通過實驗對其進行確證，這樣的實體逐漸從僅僅是假定或推測的狀態變成實在的事物，因而自然科學家往往是哲學上的實在論者。但考慮到自然科學家專業實踐中實驗和應用的核心地位，自然科學家也有可能就他們所操作的力和實體的實在性而言是認識論上的不可知論者。此外，自然科學中實驗和應用的核心地位也表明科學家不僅能描述並解釋不可感的現象，而且他們能夠幹預自然以操縱這類現象。自然科學家的這些操作幾乎都能夠具有可感知的影響或具有可感知的形式，而且隻要這些操作越成功(表現為這些不可感現象能夠被更好地理解),人們就會越來越相信不可感現象的實在性。
然而有些自然科學並不是在密閉或人工實驗環境中對不可感現象進行操作的，例如地質學、氣象學或天體物理學，這些實驗僅僅是用來預測自然現象而非操縱自然現象。羅伊·巴斯卡(Roy Bhaskar)在《科學實在論》中，將這種開放係統的自然科學與社會科學加以類比，並以此為社會科學潛在的科學性做辯護。基於這種情況，科琴明確表示，他不認為這種類比是恰當的，借用這一點為馬克思主義的科學性做辯護也是不充分的。他指出，這種開放係統實驗關注的對象同分子和亞分子領域所關注的不可感實體是不相關的。開放係統實驗的對象往往是被其他科學已經確定了的，有的開放係統的實驗關注的是某種實體或力在地球上表現出的更大現象的特性(如地質學、氣象學),有的開放係統實驗關注的是某種出現於地球之外的宇宙範圍的現象(如天體物理學)。無論上述哪種情況，開放係統的科學實驗都沒有關注不可感實體的實在性。因此，簡單地將開放係統實驗的關注對象與馬克思主義的關注對象進行類比，以此證明馬克思主義是一種“硬”科學，這種論證是不充分的。
接下來，科琴闡述了他所認為的馬克思主義同分子和亞分子領域自然科學之間的區別是什麽。不同於自然科學家可以通過實驗和應用來確證其研究對象的實在性，馬克思主義者不能通過實驗和應用來驗證其理論的實在性。馬克思主義者不可能提出與“中子也許不是真實的，但我能夠產生一個射線”或“DNA分子也許不是真實的，但我可以創造出兩頭的淺綠色青蛙”同等的命題。馬克思主義者也許會提出“價值也許不是真實的，但是我們能夠預測工業利潤率會下降”,或者“價值也許不是真實的，但是我可以預測在五年內將會發生一場嚴重的經濟危機”,抑或“生產方式也許不是真實的，但我可以預測下一場馬克思主義革命將發生在X國。”但即使這些命題都變成真的，馬克思主義者也依然不可能證明他們關於這些事情的解釋是唯一且最恰當的。原因在於，馬克思主義者不能夠通過實驗操作那些他們假定用來產生某種預測事件的不可感實體，比如能夠用實驗方法降低價值的利潤率來觀察是否會實際減少貨幣的利潤率，抑或通過實驗的方式指出兩種不同比例的生產方式，哪種生產方式是最革命的。總之，馬克思主義者是不可能去論證他們對這些現象的解釋優於任何非馬克思主義理論所提供的解釋，因為他們不可能通過操縱馬克思主義理論實體去生產或再生產以證明其理論的科學性。
然而，一些馬克思主義者可能會提出上述觀點的反對意見，他們認為馬克思主義者能夠進行實驗，馬克思的《資本論》就是思想實驗的一個典型。馬克思在構建理論時采用的抽象過程和有關《資本論》的討論就是某種自然科學實驗的等價物，其中由抽象過程產生的實體就是真正的抽象物，即它們既是真實的又是具有實際影響的實體。科琴認為，思想實驗並不足以稱作科學實驗，因為思想實驗不存在非話語或超話語的元素為其做辯駁。科琴借用了維特根斯坦在《哲學研究》中對“私人語言”的可能性的討論。維特根斯坦認為，由個人構造的且隻有他理解的“私人語言”是不可能的，維特格斯坦在書中這樣說道：
讓我們想象下述情況。我想用日記記下某種感覺的重複出現。為此，我把它與記號“E”相聯係並在我具有這種感覺的日子在日曆上寫下這個記號。——首先我要說，不可能給出這個記號的定義。——但我仍然能夠給自己一個某種類型的實指定義。——怎樣給出?我能指著這個感覺嗎?在通常的意義上不能。但是我在說出或寫下這個記號的同時把我的注意力集中在這個感覺上——這樣，可以說我是在心中指著它。——但是這一套儀式的目的何在?因為看起來它隻是這樣的一個儀式而已。而定義當然是用以確立一個記號的意義的。——是呀，那正是通過集中我的注意力來完成的；因為我正是以這種方式把記號與感覺的聯係印在自己的心中。——但是“我把它印在自己的心中”隻能意味著：這一過程使我在將來能正確地記得這種聯係。但在現在的例子中我並沒有正確性的判據。人們在這裏會說：在我看來是正確的無論什麽東西都是正確的。而這隻意味著我們在這裏不能談論“正確”。①
科琴認為，馬克思缺少的不是對已抽象創造的實體的合理解釋，他缺少的是利用某種非話語的元素來處理這些實體以便讓它們具有非話語的影響，而這一點正是自然科學家所能夠做到的。科琴指出，他不認同範·弗拉森(Van Fraasen)的經驗主義觀點，即隻有通過感覺得到的現象才是真實的，任何對術語的其他使用都是一種濫用，也不認同越來越樸素的科學實在論，這些科學實在論將分子、原子、中子、電子都看成同夾克、襯衫等一樣“真實”。他認為，“‘真實’這個詞可能具有太多經驗主義的內涵，以至於它成為除了在談及自然科學以外令人困惑的任何東西”①。因此，是否將那些自然科學通過實驗確證的不可見物稱作真實並不重要，重要的是應該弄清楚科學家能夠非話語地使用它們做什麽。因此，科琴指出，“我的觀點並不是同經驗主義一樣，認為‘不能被感覺所感知的都不是真實的’,而是認為‘樸素不可觀測的以及不能被非話語地操作的，無論其是什麽,都是不科學的’”,“將這樣的事物稱作真實並不會令其更科學一些”。②
綜上所述，科琴通過對自然科學及科學哲學家關於自然科學判定標準的分析，得出結論：非話語實驗和應用在自然科學中居於核心地位。由於對知識進行抽象和簡化的思想實驗不足以替代非話語實驗，實驗和應用並不適合馬克思主義，因而將馬克思主義等同於自然科學的實在主義論證並不能證明馬克思主義具有同自然科學等價的科學性。然而，科琴隻是否定了馬克思主義作為同自然科學一樣的“硬”科學的判斷，他並沒有否定馬克思主義具有科學性，因為自然科學隻是真理的一種形式。
自然科學作為科學的一種形式，其優勢在於自然科學中非話語實踐的重要性使其成為一個免於認識論批判的實踐。無論實在論還是非實在論，幾乎所有的哲學認識論都預設了約翰·杜威的“旁觀者知識論”,即它們都預設不確定的知識關係存在於一個給定的消極主體和一個給定的消極客體之間，認識論的關鍵問題在於主體如何能夠具有或獲得關於客體的真知識。在這裏，知識是被認知的，而且知識也常常被認為是對已知事物的一種映射或複製。事實上，幾乎所有的認識論都是維特根斯坦所謂的“圖像”理論，知識被認為是關於已知的“圖像”。
然而，卡爾·馬克思意識到關於知識的“圖像”理論存在某種根本性錯誤。在他的早期著述裏，馬克思提出應該將知識定義為一種實踐，這樣知識就是時間維度的一個進程而非一種限於一時的(或一次性的)圖像。他也強調人類作為一個物種其本質上是活動著的生物，人類使用思想作為大量非話語實踐的一部分。從笛卡爾(Descartes)開始的整個認識論傳統就是要解決知識的問題，隻有這樣人類才能依據真正的知識而在世界上活動。對馬克思而言，這種傳統沒有看到知識的本質——作為非話語實踐的一部分而形成並接受檢驗。
科琴指出，盡管年輕的馬克思意識到應該通過將知識定義為實踐來避免傳統“圖像”理論的陷阱，但他仍在之後的生涯中提出了不能逃離認識論質疑的“馬克思主義是科學”的概念。科琴否定“馬克思主義是科學”,實際上是在論證“馬克思主義不是自然科學”。科琴的觀點是，基於自然科學家可以使用而馬克思主義者不可以使用那種類型的非話語實踐(實驗和應用),意味著自然科學家無論在實際還是在思想中都可以利用它們的不可見物，而馬克思主義者則不行，實際上不可見物在自然科學家那裏發揮的作用是完全不同於其在馬克思主義實在論那裏發揮的作用的。這種差異表現為，在馬克思主義實在論中，馬克思主義的不可見物是純話語實體，然而在以分子和亞分子領域為代表的自然科學中，它們的不可見物既發揮話語的作用，也發揮非話語的作用。這種差異也決定了馬克思主義不是“硬”科學。