在討論訓詁與經典的關係時，焦循一方麵遵循乾嘉學者的共識——“訓詁明而經義明”的廣義語言學的思想路線；另一方麵，他又非常強調經學研究過程中研究者的個體“性靈”的重要性，而且對於“立言之人”的獨特價值有非常獨到的見解，如他在《說矜》中說：
夫人各有其性靈，各有其才智。我之所知，不必勝乎人；人之所知，不必同乎己。惟罄我之才智，以發我之樞機，不軌乎孔子，可也。存其言於天下後世，以俟後之人參考而論定焉。[38]
這一肯定個人“性靈”與才智的獨特性的思想，既肯定了個體的內在價值，又強調了立言之人應當具有廣闊的胸襟，一方麵承認自己所知的有限性，另一方麵又不輕視自己有限之知的價值，表現出一種溫和的認識論上的個體主義思想傾向。更為可貴的是，他的這一重視文人個體主體性的思想還包含有溫和的反權威主義的思想，認為隻要是自己個體獨特性的真實表達，哪怕不遵守孔子的思想，也是可以的。但也不自大狂妄，而是期待後人的考訂，也不怕後人批評，因為在知識方麵，我們總有可能是出錯的。因此，在真理觀方麵，焦循表現出開放而又靈活的特征。
不過，最能體現焦循經學研究的獨特性，從而也展示了他的哲學思想的新穎之處的，乃是在於他將研究者的“性靈”引入經學研究活動之中。他認為：“經學者，以經文為主，以百家子史、天文、術算、陰陽、五行、六書、七音等為之輔，匯而通之，析而辨之，求其訓故，核其製度，明其道義，得聖賢立言之指，以正立身經世之法，以己之性靈，合諸古聖賢之性靈，並貫通於千百家著書立言者之性靈。以精汲精，非天下之至精，孰克以與此？”[39]
上述一段文字，焦循其實從三個大的方麵闡述了如何從事經學研究的問題。第一個方麵，從研究的對象看，要以經文為主要對象，旁及諸子百家及相關的知識。第二個方麵，在研究的方法上，既要運用綜合的方法，又要運用分析的方法，而且還要運用訓詁的方法、製度史的知識等。上述兩個方麵偏重於客觀性的一麵，力求闡明經學中的道義。第三個方麵要調動研究者的主體“性靈”，這可以看作一種獨具匠心的研究。其成果可能並不完全符合經文的原意，但又契合經學的精神。這一點非常重要，體現了“後戴震時代”的乾嘉學者在追求經學原初的、客觀性意義的目標下，重視一種保證客觀性、原義的訓詁學與製度史的考證方法的同時，還在追求另一種新的精神，即強調研究者主體性的方法。這種方法，在戴震那裏就是通過“大其心”的方法以契合古聖賢之偉大的心靈。而在焦循這裏，則是通過張揚研究者“性靈”的方法，以求得對經學真精神的理解。在戴震的語言哲學那裏，為了解決古今懸隔，徒用語言方法不足以理解古聖賢之精神的時候，引進了“大其心”的方法。然其主要手段與方法是“由詞以通其道”的客觀性方法。在焦循這裏，則首先強調經學研究者要有“性靈”，並且通過自己的性靈來契合古聖賢之性靈，從而“貫通於千百家著書立言者之性靈”，在貫通的過程中實現經學的研究創新。而實現經學研究者的“性靈”與古聖賢“性靈”契合的主要方法與工具，是他所著重強調的“假借”方法，以及“述意”類的文章。
在焦循看來，經學絕對不是死記硬背的學問，而是一種充滿著“性靈”的學問。他甚至認為：“蓋惟經學，可言性靈。無性靈不可以言經學。故以經學為詞章者，董賈崔蔡之流，其詞章有根柢無枝葉。而相如作《凡將》，終軍言《爾雅》，劉珍著《釋名》，即專以詞章顯者，亦非不考究於訓故、名物之際。晉宋以來，駢四儷六，間有不本於經者。於是，蕭統所選，專取詞采之悅目。曆至於唐，皆從而仿之，習為類書，不求根柢、性情之正，或為之汩。是又詞章之有性靈者，必由於經學，而徒取詞章者，不足語此也。趙宋以下，經學一出臆斷，古學幾亡。於是為詞章者，亦徒以空衍為事，並經之皮毛，亦漸至於盡，殊可閔也。”[40]
焦循在此處所說的“性靈”，用今天的話來說，即研究者個人的獨立思考精神與切實的人生體驗，憑借這一“性靈”，然後再從經典中尋找出與時俱進的、普遍的人文精神或曰人文價值。從這一點看，其“無性靈不可以言經學”的說法與同時代的大詩人袁枚在詩歌創作方麵提出的“性靈說”，曆史學家章學誠重視曆史學研究中的“性靈”問題，具有時代精神的共鳴之處，即都從不同的領域出發提出了重視知識精英的個體主體性的問題。