（一）“由字以通其詞”方法的進一步細化——尋求本字
在具體的訓詁方法方麵，段玉裁進一步提出了“尋求本字”說。如他說：“凡治經，經典多用假借字，其本字多見於《說文》，學者必於《爾雅》、傳、注得經義，必於《說文》得字義，既讀經注，複求之《說文》，則可知若為假借字，若為本字。此治經之法也。”[19]
這一“尋求本字”的方法可以從他對《大學》文本中“明明德”一詞的訓詁中窺測一斑。他說：
段氏對“明明德”的辨析的確體現了哲學思想之不同。其意為彰顯君王的最高德惠，由近及遠，由室家而至於天下，而不是把先驗具有的內在光明峻德彰顯出來。唐宋諸儒的解釋是從修養論的理論背景出發來解“明明德”的，而段氏是從社會政治學的角度解釋“明明德”的。段氏的解釋有文本與訓詁的根據，而唐宋諸儒的解釋在語言的句法上也說得通。然不管如何，由此例可以看出，段氏的文字訓詁學中包含著隱晦的哲學思考，這一點是毫無疑問的。
段玉裁還進一步考察了這種訓詁謬誤的根源。他認為，自孔穎達之後，“釋《大學》明明德曰：謂身有明德而更章顯之，析為明其明德，與鄭注絕不合，為後儒讀經錯繆之始。古經言‘明明’，皆‘煌煌’‘赫赫’之類”[21]。段氏所論既有學術意義，也有思想史意義。
如果說“一字之義，當貫群經”，是戴震語言解釋學的基本綱領，那麽，這一綱領在段玉裁訓釋《大學》“在明明德”一句中，則得到非常典型的運用。他引《詩經》《尚書》《爾雅》《禮記》《左傳》等經典，以證明“明明”為“察”之意，非如唐人、宋人將“明明”二字拆開，釋為明“明德”，他說：
定本、集注本皆作但議明德也，無上明字，已為不古。至孔本但作明義、明德，妄增義字，令下引《大學》不相貫，由淺人不解“明明”之語，妄為增竄耳。……朱子雲：“明，明之也。明德者，人之所得乎天而虛靈不昧，以具眾理而應萬事者也。”虛靈不昧，語近佛氏本來麵目之雲，特以理字易心字，謂吾儒本天，釋氏本心耳。複初之雲，始見於《莊子》。《大學》言充積，非言複初也。失古經句度。故訓以私定之句度。故訓釋經，非《大學》之旨也。至於程子之讀“親民”為“新民”，則又失其音讀者也。漢儒有改讀經字者，而“大學之道在親民”不得援此例。人與人，患隔而不親。親民之事，必兼富之、教之，未有不使民菽粟如水火而責以仁者，即《大學》一篇言之曰：“小人樂其樂而利其利”，曰：“為人君止於仁，與國人交止於信。”曰：“民之所好好之，民之所惡惡之，不以利為利，以義為利。”是豈偏言教化耶？失其音讀，而為政之次第失矣，尚何至善之可求耶？近儒如王文成亦言不當讀新矣。往者東原師作《大學補注》，為予言開宗二句之義，而其書未得見，因述以詒後之人。[22]
段玉裁辨“明明德”與“親民”問題，雖是考據學的問題，但卻是關涉儒家政治哲學、心性哲學的大問題。他對宋明諸儒的批判，對戴震哲學思想的繼承，貫注於字裏行間。他以“尋求本字”的考據方式曲折地闡發了其與戴震相同的哲學思想。
（二）總結漢人的注經原則與讀注的方法
段玉裁通過總結漢人注經原則，為經典的正確閱讀提供訓詁學的技術與方法，從而為正確地把握經典原義提供人文學的方法論的支持。他說：
漢人作注於字，發疑正讀，其例有三：一曰讀如、讀若；二曰讀為、讀曰；三曰當為讀如、讀若者，擬其音也。古無反語，故為比方之詞。讀為、讀曰者，易其字也。易之以音相近之字。故為變化之詞，比方主乎同，音同而義可推也。變化主乎異，字異而義憭然。比方主乎音，變化主乎義，比方不易字，故下文仍舉經之本字。變化字已易，故下文輒舉所易之字。注經必兼茲二者。故有讀如，有讀為。字書不言變化，故有讀如，無讀為。有言讀如某，讀為某，而某仍本字者，如以別其音為以別其義。當為者，定為字之誤、聲之誤而改其字也，為救正之詞。形近而訛，謂之字之誤，聲近而訛謂之聲之誤。字誤、聲誤而正之，皆謂之“當為”。凡言讀為者，不以為誤。凡言當為者，直斥其誤。三者分而漢注可讀，而經可讀。三者皆以音為用。六書之形聲、假借、轉注於是焉在漢之音，非今之四聲二百六韻也。非通乎虞夏商周漢之音，不能窮其條理。[23]
上述有關漢人訓詁學原則的總則，雖然屬於語文學（philology）範疇，但從古代經典閱讀的角度看，仍然可以放在廣義的古典語言範圍之內，因為，理解了漢人注疏的原則有助於理解經典的意義，雖不直接涉及語言分析，但與語言分析密切相關，從而構成他的語言哲學思想的一個有機組成部分。