段玉裁是音韻學家，他對聲音與意義的關係更為敏感，其認識也更為係統、深入。在前人研究的基礎上，他深化了聲音與意義相關聯的語言學思想，提出了“治經莫重乎得義，得義莫切於得音”的語言哲學思想和治經的語音學原則。這可以看作他對乾嘉語言哲學思想的一種獨特的貢獻。在《王懷祖〈廣雅注〉序》中，段玉裁這樣說道：
小學有形、有音、有義，三者互相求，舉一可得其二。有古形，有今形；有古音，有今音；有古義，有今義。六者互相求，舉一可得其五。古今者，不定之名也。三代為古，則漢為今；漢魏晉為古，則唐宋以下為今。聖人製字有義而後有音，有音而後有形。學者之考字，因形以得其音，因音以得其義。……治經莫重乎得義，得義莫切於得音。[8]
從上述一段話可以看出，段玉裁已經將戴震“由字以通其詞，由詞以通其道”語言哲學思想轉化為一種經學的語義、語音學，在學術上推進了戴震的語言學研究，然在哲學上則更加遠離了戴震的思想。
（一）因音求義的語言學方法
在如何辨析字義的問題上，他從語音為主的原則出發，指出：“文字起於聲音，六書不外謠俗。六書以象形、指事、會意為形，以諧聲、轉注、假借為聲；又以象形、指事、會意、諧聲為形，以轉注、假借為聲……六書猶五音，十七部猶六律。不以六律不能正五音，不以十七部不能分別象形、指事、會意、諧聲四者文字之聲韻鴻殺，而得其轉注假借。”[9]又說：“古六書、假借以音為主，同音相代也，轉注以義為主，同義互訓也。作字之始，有音而後有字，義不外乎音，故轉注亦主音。”[10]“字義不隨字音為分別。音轉入於他部，其義同也。音變析為他韻，其義同也。平轉為仄聲、上入轉為去聲，其義同也。”[11]
上述三則材料所討論的核心問題均是如何辨認經典中“字義”問題。從經典訓釋的角度看當然與“求道”相關。然而段氏所論的主要意思畢竟在於“求道”的工具與方法上麵，隻能算是為“求道”提供正確的字義訓釋基礎罷了，並不是“求道”本身。
這一語音學原則在校書過程中亦有自己的價值，他認為，校書的準則可以效法孔子，而以鄭玄為漢以後之榜樣。鄭玄在校書過程中形成的一整套原則與方法可以取法。他說：“鄭君之學不主於墨守而主於兼綜，不主於兼綜而主於獨斷，其於經字之當定者，必相其文義之離合，審其音韻之遠近，以定眾說之是非，而以己說為之補正。凡擬其音者，例曰讀如、讀若，音同而義略可知也。凡易字者例曰讀為、讀曰，謂易之以音相近之字而義乃憭然也。凡審知為聲相近若形相似，二者之誤則曰當為，謂非六書假借而轉寫紕繆者也。漢人作注皆不離此三者，惟鄭君獨探其本原。”[12]
上述文獻中的“獨斷”一詞，其實是指有根據的學術創見，非今日“武斷”之意。在這則文獻中，段氏將東漢注經大師鄭玄“因音求義”原則總結為三條：第一，擬音者曰讀如、讀若；第二，易字者曰讀為、讀曰；第三，通過審音而為聲相近形相似者曰當為。這三條原則既是對漢儒注經過程中因音求義原則的歸納總結，也可以看作乾嘉學者在“因音求義”方麵提煉出的語言學原則。從鍛造解經新工具的角度看，乾嘉學術也在哲學方法論方麵有所突破與創獲。
段玉裁認為：“不知虞夏商周之古音，何以得其假借、訓詁？不知古賢聖之用心，又何以得其文義而定所從，整百家之不齊與？”[13]這就將解經的新工具、新方法提高到了一個新的高度，體現了乾嘉時期重視哲學思考方法論的傾向。
通過專門的語音學知識，段玉裁的確解決了古代經典中的某些疑難問題。如在《密州說》一文中，他通過“夷夏之語”互訓的語言學原則，揭示了《左傳》杜注將密州看作莒國國君買朱鋤之字說法的錯誤之處。他說：
襄三十一年經，莒人弑其君密州。《左氏傳》書曰：“莒人弑其君買朱鋤，言罪之在也。”杜曰：“買朱鋤，密州字。”案，此語必誤！買密雙聲，朱州疊韻。州為朱鋤，猶邾為邾婁也，斷非一名一字。未有弑君書君字者，亦未有聖經書其名，傳易之以字而冠以書曰者。昭元年，《左》“大鹵”，《公》《穀》作“大原”。《公羊》曰：“地、物從中國，邑、人名從主人。”《穀梁》曰：“號從中國，名從主人。”蓋買朱鋤者，從主人，密州者，從中國與？昭元年《左》經曰“大鹵”，《左傳》以“大原”釋之。此《左》經曰密州，《左傳》以買朱鋤釋之，豈非通夷夏之語，互訓之歟？中國曰“大原”，夷狄曰“大鹵”；吳謂“善伊”、謂“稻緩”，中國曰“善稻”；狄人謂“賁泉矢胎”，中國曰“賁泉”，皆一夷語一華語也。[14]
段玉裁認為《左傳》杜預注將密州看作莒國國君買朱鋤之字，是錯誤的。這種稱謂方法不合經、傳中稱國君的稱謂法，而錯誤可能是由“華語”與“夷語”的不同導致的。段玉裁對此段文獻的考訂沒有給出最終的確定的答案。但他的分析過程是有啟發意義的。由此段文獻資料可知，通過專門的語言知識，的確可以解經典傳注中一引起細節性的知識問題。但這與哲學思考相距甚遠。我們可以這樣說，透過語音分析來解決古代經典中的疑難意義的辨析工作，是段玉裁在乾嘉時期為語言哲學的思考提供了語言工具方麵的新方向。但在具體的哲學思考方麵，其貢獻甚微。
（二）“釋慊”與“聖之於天道也”辨
強調通過訓詁的方法來闡明經義，是乾嘉考據學學者的共識。段玉裁對此亦有論述。他說：“經之不明，由失其義理。義理所由失者，或失其句度，或失其故訓，或失其音讀。三者失而義理能得，未之有也。”[15]
段玉裁通過具體的例證，證明訓詁手段對正確理解經文的重要性。首先，他以《大學》一文中“此之謂自謙”一句中“謙”字為例，論證了訓詁對於正確理解經義的重要性。他說：
《大學》曰：“所謂誠其意者，毋自欺也。如惡惡臭，如好好色，此之謂自謙，故君子必慎其獨也。”鄭注雲：“謙讀為慊。慊之言厭也。”按凡言讀為者，易其字，與言讀如擬其音不同。《說文》心部：“慊者，疑也。”是許叔重謂慊即今“嫌疑”字。鄭意慊，即歉。徐仙民音古簟反，是也。漢人歉、嗛、慊三字義略同。凡雲之言者，皆以轉注假借達其義，謂此慊字當以厭為言。厭，《釋文》不為音，蓋讀於豔切，自厭恨也。《正義》釋厭為安靜，讀同毛詩《小戌》“湛露之厭厭”，於經義甚隔。朱子讀慊，苦葉切，雲：“快也，足也。”似於經義亦未協。古書雖多以慊為愜者，而此則非也。經雲“毋自欺。”何者為“自欺”？人各有炯然不昧處。惡惡如惡臭然，好善如好色然。自覺未能無此惡，自覺未能有此善，耿耿自恨於中而人所不知，此之謂自歉也，此所謂獨也。“自欺”雲者，自欺其所自歉。雖自恨未能有，未能無而不誠心致力於有之無之也。“毋自欺”者，慎其所獨知而誠心致力於有之無之也。“自歉”為自欺、不自欺之根，工夫全在慎獨。《孟子》言乍見孺子將入井，皆有怵惕惻隱之心，呼爾蹴爾之簞食豆羹，皆有羞惡不受之心，謹守此心，即是慎獨；不守此心，即是自欺。下文“小人閑居為不善，無所不至”，此不慎獨而自欺者也。及於厭厭然，掩其不善著其善，則其自歉之心未嚐無，而自欺者終不能欺人。君子惕於十目所見，十手所指而慎獨以充之，則意誠而馴至於心廣體胖。不自欺而人亦共見，一反一正，皆以申明如惡惡臭。以下四句，鄭既雲謙讀為慊矣，而又能雲慊之言厭也者，正恐人讀為“行有不慊於心”之慊，同愜而以此足之。漢人嗛、謙、慊通用。《子夏易傳》用嗛為謙。《大學》之篇用謙為嗛，惟歉字漢人少用。謙嗛，即歉也。嗛者，口有所銜也。人有不自得於心，正如口有所銜未下於嗌，乃不快不足之反。而心廣體胖，乃是快足之境。[16]
上述引文過長，但不引不足以完整地反映段氏的本意。段氏的意思是說，《大學》文中的“自謙”的“謙”字當為“歉”字，歉為厭之意，“自歉”為“自恨”，即段氏所雲：“人各有炯然不昧處”的所謂“獨”也，而不是如朱子等認為的為德性自足之意。段氏的解釋雖非定論，然其新的釋義是建立在語義分析基礎之上的，帶有語言學的實證特征。
其次，他通過對《孟子》文本中“聖之於天道也”一句的文本辨析，借孟子與朱子的倫理思想闡發了自己的認識論思想——“凡心所能通曰聖”，從而將傳統思想中“聖”的觀念由重德性的傾向轉換到重認知的方向。在《孟子“聖之於天道也”說》一文裏，段玉裁說道：
《孟子》各本作“聖人之於天道也”，趙注亦雲：“聖人得以天道王於天下。”《朱子集注》乃雲：“仁義禮智天道在人，則賦於命者，所稟有厚薄清濁，不以聖為仁義禮智之類，天道為父子、君臣、賓主、賢者之類。”令《孟子》一例之句，忽生顛倒，每以為疑。[17]
通過文本考察，段玉裁認為，經文中多了一個“人”字，原文當為“聖之於天道也”。他認為：
聖非聖人之謂。《尚書大傳》子曰：“心之神明謂之聖。”《洪範》曰：“恭作肅，從作乂，明作哲，聰作謀，睿作聖。”《小雅》亦雲：“或聖或否，或哲或謀，或肅或乂。”《周禮》教民六德：智、仁、聖、義、忠、和。智、仁、義、忠、和，皆所性而有，則聖亦所性而有也。《說文》曰：“聖者，通也。凡心所能通曰聖。”天道者，凡陰陽五行日星曆數吉凶禍福，以至於天人性命之理。人有通其淺者，有通其深者，有通其一隅者，有通其大全者，有絕不能通者。其間等級，如奕者之高下然。猶仁於父子，義於君臣，禮於賓主，智於賢否，各人之所知所能，固不可以道裏計矣。是皆限於天所賦者，故曰命也，但其所行雖未能詣極，而其性善無不可以擴充詣極者，故曰有性焉，君子不謂命也。於分別賢否則曰智，於明乎天道則曰聖，各就其事言之，常人所通不繆者，亦曰聖，如曲藝中皆有聖是也，如農夫有能占晴雨者，極而至於李淳風、劉文成之術數。如小儒皆言性理，以至孔孟之言性與天道，皆得雲聖之於天道。由是言之，則五句一例，而無所不倫矣。[18]
在上述文獻中，段氏通過文本分析，將聖人對於“天道”的壟斷權還之於眾人。他斷言：“常人所通不繆者，亦曰聖。”從而打破了曆史上的聖人與凡人之間的絕對界限，而代替為一種認識上的程度差別。所以他說：“有通其淺者，有通其深者，有通其一隅者，有通其大全者，有絕不能通者。其間等級，如奕者之高下然。”更有甚者，他認為，各行各業中，凡能明於天道者，都有自己的“聖人”，從而將“聖人”普泛化。
從縱向的思想史的比較角度看，段氏的這些思想是以考據學的知識形態表現出來，與李贄直接的“非聖非賢”的直白議論相比，顯得非常冷靜、理性，沒有直接訴之於人的情感的感染力，但通過訴之於人的理智的理解力，從而會間接地產生一種理性的思想啟蒙意義。