章學誠在文史問題上有很多高明的學術見解，然而，在倫理學與政治立場上卻顯得相當保守。這種保守的政治與倫理學立場使得他無法理解戴震、袁枚等人的新思想。章學誠思想中有這種矛盾不足為奇，思想史上許多思想家都有這一矛盾。
從章氏的學術品格來看，他批評戴震、袁枚不應當是他人品方麵的問題，也不隻是他紓解學術心理壓力的緣故。這多是由思想家個人的人生價值取向導致的。
他認同戴震的學術成就，但對戴震批評朱子學術與曆史地位的做法大為不滿，尤其不滿意戴震口頭上要取代朱子的“狂傲”態度。章學誠在《朱陸》中，含蓄地批評戴震“飲水忘源”，在《書〈朱陸〉篇後》中，則直接地批評戴震“心術未醇”。特別令章學誠不能容忍的是，戴震在口談間稱：“自戴氏出，而朱子僥幸為世所宗已五百年，其運亦當漸替。”章氏認為，戴震的說法“謬妄甚矣！”並認為這些說法“害義傷教，豈淺鮮哉！”[59]特別是因為戴震的這些口頭說法，致使“徽歙之間，自命通經服古之流，不薄朱子，則不得為通人。而誹聖排賢，毫無顧忌，流風大可懼也”。
從表麵上看，章氏在《朱陸》和《書〈朱陸〉篇後》兩文裏，是在替朱子說話。若聯係章氏的其他文章來看，章氏更看重的是朱子所代表的儒家“道統”。而這一“道統”的精神則在於朱子及往古聖賢所代表的一種人倫秩序、人格典範與權威。[60]而這種人倫秩序、人格典範與權威不因為他們在具體知識方麵的缺陷而有損他們的形象。因為知識發展的規律是後出轉精，不足以此而詬病前人。以戴震為代表的考據學家雖然在訓詁學、名物學知識方麵高出前人，但並不足以憑此而菲薄前人，尤其是自己的學術前輩。如果憑此來菲薄自己的學術前輩，就是一種“忘本”的行為，在道德上是非常糟糕的。
章氏的意思非常明確，在知識的層麵校正前賢的過錯是可以的，如果在道德方麵挑戰前賢，則是不可以的。他在《又與朱少白書》中說：“戴君之誤，誤在詆宋儒之躬行實踐，而置己身於功過之外。至於校正宋儒之訛誤可也。並一切抹殺，橫肆詆訶，至今休、翕之間，少年英俊，不罵程、朱，不得謂之通人，則真罪過。戴氏實為作俑。……然戴實有得力處，故《原善》諸篇，文不容沒。若淵如則本無所得，全恃聰明，立意以掀翻古人為主，而力實未能。故其文集疵病百出。”[61]
據今人的研究看，章學誠應該讀過戴震晚年的最後一本著作《孟子字義疏證》。[62]如眾所知，在乾隆時代，文字獄是一件非常可怕的事情。所以，章氏在多處稱讚戴震著作的文字中，隻能含混地說《原善》諸篇，是可以理解的。如果章氏讀過《孟子字義疏證》一書，那麽他就會了解戴震公開地從倫理學的角度批判程朱理學“以理殺人”的激進思想。戴震正是借助於對程朱理學中倫理學謬誤的批判，達到對傳統等級製度下以維護權威主義為主要功能的倫理學的批判。戴震的批判方式正是借助“求真”“求是”的知識論路徑來批判傳統倫理學隻講尊貴，不講是非的權威主義傾向。而章學誠要維護的正是這種具有權威主義傾向的倫理秩序。因此，章學誠與戴震思想的深層次矛盾正在於倫理學方麵。章氏要維護朱子理學，進而維護“名教”。戴震未必徹底地反對儒家的“五倫”，然在批評程朱理學有“以理殺人”的傾向時，的確是在闡發一種具有近代人道主義意義的新倫理思想。
而章學誠則指出了著書之大戒：“是非謬於聖人，忌諱或幹君父，此天理所不容也。”[63]在《答甄秀才論修誌第一書》裏又說，“史誌之書，有裨風教者，原因傳述忠孝節義，凜凜烈烈，有聲有色，使百世而下，怯者勇生，貪者廉立。”[64]在《史德》篇，他通過對《離騷》《史記》的辨析，得出了這樣的結論：“夫以一身坎坷，怨誹及於君父，且欲以是邀千古之名，此乃愚不安分，名教中之罪人，天理所誅，又何著述之可傳乎？夫《騷》與《史》，千古之至文也。其文之所以至者，皆抗懷於三代之英，而經緯乎天人之際者也。所遇皆窮，固不能無感慨。而不學無識者流，且謂誹君謗主，不妨尊為文辭之宗焉，大義何由得明，心術何由得正乎？……《騷》與《史》皆深於《詩》者也。言婉多風，皆不背於名教，而梏於文者不辨也。”[65]
通過以上的分析可知，章學誠在倫理價值取向方麵與戴震的矛盾是深層次的，這種深層次的價值取向上的矛盾使得他對戴震的諸多批評流於情緒化，甚至有“打棍子”的嫌疑，因而也影響了他對戴震思想批判的深度與力度，有時甚至是一種錯位的批評。
章學誠在倫理學方麵具有維護名教的思想傾向，還可以從《原學》《婦學》和《〈婦學〉篇書後》等文章中可以看出。《原學》篇說：“蓋天之生人，莫不賦之以仁義禮智之性，天德也；莫不納之於君臣、父子、夫婦、兄弟、朋友、之倫，天位也。以天德而修天位，雖事物未交隱微之地，已有適當其可，而無過與不及之準焉……此聖人之希天也，此聖人之下學上達也。”[66]
《婦學》和《〈婦學〉篇書後》這兩篇文章，在很大程度是針對當時著名詩人袁枚教授女弟子的主張和行為而作的。在《婦學》篇裏，他基本是從維護傳統倫理名教秩序的角度出發，提倡女性學習文化，而不是認為女子如同男人一樣有發展自己的權利，不是從如何發揮女子才情、個性角度來提倡婦女學習文化的。《婦學》篇說：“蓋文章雖曰公器，而男女實千古大防，凜然名義綱常，何可誣耶！……以纖佻輕薄為風雅，以造飾標謗為聲名，炫耀後生，猖披士女，人心風俗，流弊不可勝言矣。”[67]在《〈婦學〉篇書後》，他直接說：“《婦學》之篇，所以救頹風，維世教，飭倫紀，別人禽，蓋有不得已而為之，非好辨也。……彼不學之徒，無端標為風趣之目，盡抹邪正、貞**、是非、得失，而使人但求風趣；甚至言采蘭贈芍之詩有何關係，而夫子錄之，以證風趣之說。無知士女，頓忘廉檢，從風波靡。是以六經為導欲**之具，則非聖無法矣。”[68]他認為正因為婦學荒廢，家政不修，致使“千載而後，乃有不學之徒，創為風趣之說，遂使閨閣不安義分，慕賤士之趨名，其禍烈於洪水猛獸，名義君子，能無世道憂哉？”[69]
新文化運動的旗手之一陳獨秀在《吾人最後之覺悟》一文中說過：“自西洋文明輸入吾國，最初促吾人之覺悟者為學術，相形見絀，舉國所知矣。其次為政治，年來政象所證明，已有不克守抱殘之勢。繼今以往，國人所懷疑莫決者，當為倫理問題。此而不能覺悟，則前之所謂覺悟者非徹底之覺悟，蓋猶在惝恍迷離之境。”[71]由陳獨秀的論述我們可以引申出三點看法。第一，處在乾隆時代的章學誠在倫理思想方麵具有保守傾向，是非常正常的。這一保守思想傾向使得章學誠無法理解戴震、袁枚等人在倫理學領域裏艱難地展開的新思想，但不影響他作為該時代一個偉大學者與思想家的形象。第二，我們可以更進一步地認識戴震、袁枚等人所闡發的新倫理思想的價值，自覺地繼承、並發揚這一新思想，讓現代價值觀念與本民族固有的早期現代思想結合起來。第三，要從戴、章二人的倫理價值取向的高度看待二人的學術分歧，從而將章學誠對戴震的一些表麵化、情緒化的批評與其人生價值取向的不同聯係起來。不要將他們二人間的分歧做簡單化的理解。