但是，到了20世紀60年代末期這一“《經濟學筆記》先行說”遭到了挑戰。最先對此提出質疑的是日本的馬克思主義經濟學家們。他們在下麵將要提到的拉賓論文發表以前，從學理上對《手稿》和《經濟學筆記》的寫作順序以及理論層次的高低問題進行了討論。這一討論是由《第一手稿》的異化勞動理論與《穆勒評注》的視角差異問題所引起的。

一般認為，《第一手稿》的[異化勞動和私人所有]片斷中所討論的是資本和雇傭勞動之間的關係，即資本主義條件下的異化勞動；而在《穆勒評注》中，馬克思所討論的是貨幣、交換、分工等範疇，即社會交往在商品經濟條件下的異化形式。雖然兩個片斷的主題都是私人所有（Privateigentum）和異化，但它們的內涵是不同的：[異化勞動和私人所有]片斷中的私人所有主要是指資本主義的私人所有；而《穆勒評注》中的私人所有主要是指一般商品生產者的私人所有或者說“市民的私人所有”。[異化勞動和私人所有]片斷的異化是指資本主義直接生產過程中的勞動異化；而《穆勒評注》中的異化則是指商品交換中的交往異化。兩者無論在方法視角上還是在理論層次上都存在著明顯的差別。那麽，《第一手稿》與《穆勒評注》究竟孰高孰低，或者誰先誰後？這成了當時困擾日本學者的核心問題。

重田晃一很早就發現了這一問題的存在。他提出，馬克思在《穆勒評注》中已經用“私人所有—價值—貨幣”等經濟學範疇來分析“類”生活的異化形式，這一論述方式與《資本論》中馬克思以“商品—貨幣—價值”的形式分析生產關係的物象化結構基本上是一致的，而與《第一手稿》中的異化勞動理論有差別。[17]但是，他卻沒能正視這兩者之間的視角差別，而是籠統地提出兩者既是統一的，又是互補的，即《手稿》中所缺少的那些經濟學概念，譬如交換、價值、貨幣等在《穆勒評注》中得到了彌補。這是傳統教科書體係慣常的做法，即當發現馬克思本人存在著矛盾時，為了維護馬克思的真理性，往往將明顯的矛盾歸結為馬克思從兩個不同角度對某個論題所作的統一論證。

細見英則正視了兩者的差別和矛盾，認為這一差別反映了青年馬克思的視角變化。馬克思一開始是從商品交換關係（《穆勒評注》）出發來推導階級對立關係（《第一手稿》）的，但是沒有成功，於是再回到《第一手稿》的三大階級對立關係，通過分析得出了階級對立的原因在於異化勞動的結論。他寫道：“在這裏（《穆勒評注》——引用者），馬克思從表象上是以三大階級的分化為前提的，但是從邏輯上又是以基於自我勞動的私人所有出發的。……但是，由於馬克思已經把市民社會表象為‘階級社會’，那麽經濟學各種範疇的批判性展開當然就必須前進到對階級關係必然性的說明。事實上，馬克思在《穆勒評注》中，緊接著對‘貨幣’本質的研究，表明了要展開階級分裂和階級關係邏輯的取向。但是，以基於自我勞動的所有為出發點，從以交換和分工為中介的產品向價值和貨幣的發展、勞動向營利勞動的轉變邏輯出發，一句話從商品交換=商品生產的邏輯出發，從這一邏輯中去展開階級分裂和階級關係邏輯無論如何是不可能的。於是，馬克思又回到了其出發點，重塑市民社會批判=經濟學批判的邏輯，——《經濟學哲學手稿》。”[18]也就是說，馬克思的思想呈現出了一個從《穆勒評注》到《第一手稿》的進程。因此，細見英提出，馬克思《巴黎手稿》的寫作順序應該是從《穆勒評注》到《第一手稿》。

與細見英的主張相反，大島清在1968年出版的《走向資本論的道路》一書中提出，馬克思在《第一手稿》中由於無視商品交換關係，結果把勞動過程都還原為資本對工人的強製性剝奪過程；而在《穆勒評注》中，由於研究了貨幣、價值和商品交換概念，從而在對社會關係以及自我異化的理解上比《第一手稿》更為具體和充實[19]，因此《穆勒評注》高於《第一手稿》。幾乎與此同時，中川弘在《〈經濟學哲學手稿〉與〈穆勒評注〉》”一文中也指出，馬克思在《德法年鑒》的兩篇論文中就已經出現了兩個視角：即《論猶太人問題》是“商品=貨幣關係基準”；《〈黑格爾法哲學批判〉導言》是“資本關係基準”。到了巴黎時期，這兩個本來應該統一的視角仍然采取了分離的形式：即《穆勒評注》是“商品=貨幣關係基準”，而《手稿》則是“資本關係基準”，其中《穆勒評注》中的“商品=貨幣關係基準”是對《手稿》中“資本關係基準”的補充。

在作了上述區分以後，中川弘對細見英等人的觀點進行了批判，明確地提出了《巴黎手稿》的寫作順序應該是從[異化勞動和私人所有]片斷到《穆勒評注》的推斷。值得注意的是，他在論證自己的這一推斷時，采取了頗似下麵將要提到的拉賓的文獻學考證的手法，即他發現《政治經濟學批判大綱》的卷末文獻索引中，有關於《穆勒評注》寫於1844年夏的記述，而在舊MEGA的Ⅰ-3卷中卻說《第一手稿》寫於1844年4月到5月，兩者明顯是矛盾的，如果《政治經濟學批判大綱》卷末文獻索引是正確的話，那麽《穆勒評注》應該寫於《第一手稿》之後；而且從文本上看，在《第一手稿》中沒有出現穆勒的名字，也沒有對穆勒著作的引文，但在《第二手稿》之後卻出現了穆勒的名字，且在《第三手稿》中還出現了對穆勒的引文。因此，“我覺得，寫作順序可能與細見先生的相反，可以推定為第一手稿——《穆勒評注》——第二、三手稿，如果這一推定正確的話，細見先生立論的前提之一就崩潰了”[20]。這可能是世界上最早的“《第一手稿》先行說”。

就這樣，在60年代日本學界基本上已經形成了“《穆勒評注》先行說”與“《第一手稿》先行說”之間的對立。雙方各執己見，爭持不下。直到拉賓論文的發表，這場論爭才最終見了分曉。