從近代思想史的發展看，王國維是較早論及科學與哲學關係的思想家之一。在回顧其思想曆程時，王國維指出：“偉大之形而上學，高嚴之倫理學，與純粹之美學，此吾人所酷嗜也。然求其可信者，則寧在知識論上之實證論，倫理學上之快樂論，與美學上之經驗論。知其可信而不能愛，覺其可愛而不能信，此近二三年中最大之煩悶。”[1]此所謂實證論，固然也兼及實證主義，但同時亦指實證科學；形而上學則指思辨意義上的哲學。與之相聯係，在王國維那裏，可信與可愛的衝突既意味著形而上學與實證主義的緊張，也隱含著思辨哲學與實證科學之間的相互對峙，而徘徊於二者之間，則構成了王國維的思維走向。
實證科學與思辨哲學之間的徘徊，既體現了對科學價值的確認，也折射了形而上學的影響。前一方麵的強化與引申，便表現為以科學的立場拒斥形而上學；在胡適那裏，便不難看到這一趨向。胡適一再推崇科學的價值，強調科學實驗室的態度，並由此對形而上的“道”“理”等提出批評。在他看來，科學所研究的是具體的對象，形而上之“道”“理”則涉及超驗的存在；傳統哲學往往即以超驗的存在為對象，因而缺乏合理性。正是基於以上看法，他對杜威的哲學觀頗為讚賞：“杜威在哲學史上是一個大革命家。為什麽呢？因為他把歐洲近世哲學從休謨（Hume）和康德（Kant）以來的哲學根本問題一齊抹煞，一齊認為沒有討論的價值。”[2]這裏展示的，是一種反形而上學的立場；它既體現了實證主義的原則，又以科學實驗室的態度為其源頭。如果說，在王國維那裏，實證科學與思辨哲學呈現出某種分離的態勢，那麽，胡適則進而以科學實驗室的態度拒斥了形而上學。
對科學與哲學對峙的另一種回應方式，是從分離回歸統一，王星拱在這方麵似乎具有一定的代表性。科學在近代的凱歌行進，是王星拱強調的首要事實：“近來科學發展，一日千裏，似乎把哲學的領土侵略殆盡了，哲學尚有其本身的範圍與否，還是一個問題。”[3]在科學日益擴展的背景下，哲學的唯一選擇便是向科學靠攏：唯有如此，哲學才能立足。王星拱對此作了明確闡述：“科學是要用科學的方法，哲學也要采取科學的方法，換言之，即具有科學的精神，方能成為哲學。”[4]在此，引入科學方法，構成了哲學所以可能的條件。
科學精神向哲學的滲入，意味著讓哲學接受科學的洗禮。這種洗禮在王星拱那裏常常被理解為哲學的科學化。在比較哲學與科學的曆史發展時，王星拱指出：
依曆史沿革和近代趨勢而言，哲學的曆史甚長而進步甚緩，科學的曆史甚短而進步甚速。因為哲學中的結論，沒有切近的證明，所以易於發生辯論；科學中的結論，都是緊密依據於觀察試驗的，所以其所得的領土，雖不是“子子孫孫永寶用”，然而卻不是朝秦暮楚，旋得旋失的。而且近代哲學，都有科學化的性質。這不是因為科學勢力大了，而使哲學屈服於其下，是因為哲學在曆史上所製造的虛浮無著的辯論，實在是太多了。拘迫過久，則思解放，紊亂過多，亦思秩序，於是我們漸漸覺得要多在耳聞目見的方麵做工夫。[5]
科學注重實證（觀察試驗），故切實而進步甚速，哲學則缺乏實證，因而虛浮紊亂。這樣，哲學的科學化，即意味著以實證的精神來淨化哲學，所謂在耳聞目見方麵多做工作，也就是用實證來破思辨。
類似的看法亦見於王星拱同時代的其他論者。楊伯愷在談到科學與哲學的關係時便指出：“科學的哲學是以科學之發達為其構成底條件，以科學為其建立底基礎，並不能外於科學、超越科學，它隻能以其充分的科學性而愈加科學化。”[6]肯定哲學的發展不能完全脫離科學，這當然不失為一種合理的見解。然而，以科學化為哲學的理想模式，並將科學化理解為與耳聞目見等相聯係的實證化過程，則不免模糊了科學與哲學的界線。哲學自古希臘及先秦開始，便以智慧的探求為其內容，它既要求把握世界的統一原理和發展原理，又不斷地指向人生的存在境界。相形之下，科學則以經驗領域的知識為內容。它所指向的，是對象世界中的某一方麵或某一層麵；知識與智慧固然不能截然分離，但同樣也不能因此將智慧還原為知識。王星拱輩的哲學科學化之論，似乎忽視了這一點。
經過科學化之後，哲學將呈現為何種形態？王星拱以“科學的科學”對此作了概述：“‘哲學為科學之科學’之一個命辭，實在包含著深切的意義。”[7]以哲學為科學的科學，這當然並不是一個新的提法，在哲學發展的早期，哲學常常即被視為科學的科學；此所謂科學的科學，主要與哲學的早期存在形式相聯係：在各門科學尚未分化並取得獨立存在形態之時，哲學往往呈現為涵蓋各門學科的母體。隨著科學的分化與獨立，哲學作為科學的科學這一意義已漸漸不複存在。王星拱當然也不能無視曆史的以上變遷：所謂科學的科學，在王星拱那裏並不是指早期形態的哲學。對王星拱來說，哲學作為科學的科學，主要表現為“各種科學的和一”：
哲學之和一各種科學，與各種科學之和一其範圍以內的真理（即各種科學中之假定理論定律等等）一般。各種科學之和一，可謂低級的和一，哲學的和一，可謂高級的和一。後者之自然性，及其合法與重要，與前者相同，不過提高一層罷了。[8]
這裏的“和一”有綜合、統一之義。每一門科學都有不同的理論、定律、定理等，唯有將這些理論、定律等統一起來，科學才呈現為具有邏輯關聯的係統。同樣，各門科學也需要通過綜合而達到一個相互聯係的係統。值得注意的是，王星拱將每門科學內部的和一，與哲學對各門科學的和一，理解為一種低級與高級的關係。與之相應，哲學也就成為“高級”形態的科學，而哲學之為科學的科學，也意味著哲學統一於科學。
王星拱的如上看法與後來密塞斯（Von Mises）的論點似乎有某些相通之處。按密塞斯之見，像形而上學這種與科學看起來相異的學科，與科學同樣存在某些共同之點，科學與形而上學具有相同的目標，這些目標包括“提供關於世界的精神表象，描述實在，揭示能指導人類實踐的內在關係”，等等。這裏也表現出將哲學（形而上學）納入科學的趨向。不同的是，較之王星拱將哲學視為科學的高級形態，密塞斯將作為哲學分支的形而上學理解為初級形態的科學，後者更多地強調了科學對哲學的優先性。[9]
作為科學的科學，哲學的和一工作具體表現在對各門科學的定位：“若是有哲學來盡這個會同的職務，則各種科學本身之重要或附屬之地位，及其間之秩序與諧和之關係，都可以有適宜的處置。”[10]各門科學之間需要相互溝通，哲學的職能便在於對不同的學科加以溝通，並由此建立普遍的秩序。這裏似乎包含兩個相互聯係的環節：首先通過哲學的科學化（實證化）而使哲學取得科學的形態，爾後轉而以科學意義上的哲學賦予科學以秩序，而哲學則在這種“和一”、溝通工作中，進一步獲得了科學的品格。
以哲學的科學化作為一種理想的追求，當然並不僅僅體現於王星拱等中國近代思想家之中。事實上，在現象學的奠基者胡塞爾那裏，已經可以看到類似的提法。胡塞爾在1911年所作的《哲學作為嚴格的科學》一文中，已提出了使哲學成為嚴格科學的主張。然而，應當指出的是，胡塞爾所謂嚴格科學，並不是通常意義上的自然科學或實證科學，相反，他在上述論文中對自然主義的科學觀提出了種種批評。所謂自然主義的科學觀，首先是指實證主義的科學觀，其特點在於將科學主要理解為經驗領域的實證科學。[11]胡塞爾所謂嚴格科學，在某種意義上恰好試圖超越那種自然主義的實證科學觀念，包括執著於心物的二分、停留於經驗的層麵等。他所提出的本質還原與先驗還原，即旨在突破經驗科學與常識的觀念，以指向純粹意識或絕對的所與，這是一種懸置了外部對象、經驗之後所達到的最本源的存在，也是一種最直接、自明的規定，以此為本，便可以使哲學獲得可靠的基礎，並進而走向嚴格科學。在《哲學作為嚴格的科學》一文的結尾，胡塞爾對此作了明確的表述：“因為現代最引人矚目的科學之中，即數學—物理科學之中，表麵上占據它們大部分工作的東西都出自種種間接的方法，所以我們都特別傾向於過高估計間接方法，並且錯誤理解直接的把握。然而，哲學必須追溯到終極的起源，在這個程度上說，哲學恰恰屬於它自己的本質，這種本質是它的科學工作在直接的直觀領域中所推動起來的。因而，我們的時代必須邁出的最偉大的一步就是認識到，隨著正確意義上的哲學直觀——對本質的現象學把握，一個無限的工作領域展開了，而且還有一種科學——盡管它沒有任何間接的符號的與數學的方法，沒有前提與結論的設置，卻仍然達到最嚴格的而且對於進一步的哲學又是決定性的認識的極大豐富。”[12]
可以看到，對胡塞爾來說，哲學成為嚴格科學，其含義在於通過本質還原和先驗還原以達到直接的純粹意識或絕對所與，並以此揚棄數學、物理學等尚停留在間接性的實證科學觀念（自然主義觀念）。隻有在本質的直觀中，哲學才能真正達到屬於自己的本質。與之相對，王星拱等所謂哲學的科學化，則首先意味著哲學向實證科學靠攏。如果說，胡塞爾試圖以現象學克服自然主義（包括實證主義）執著心物之分、外在的經驗等趨向，並由此為哲學提供可靠的基礎，那麽，王星拱則以肯定科學的普遍價值為溝通哲學與科學的前提。在這方麵，王星拱的立場無疑更接近實證主義。
在王星拱那裏，哲學的科學化不僅體現於作為整體的哲學，而且展開於哲學的各個分支。以美學而言，美的探索與科學的實證研究本屬不同的領域，但在王星拱那裏，美學卻被歸屬於科學：“美學就是研究美術的科學，換一句話說：就是用科學的方法，去研究美術之普通原理、審美的根據和美術創造者的動機。”[13]科學總是追求對事物的理性解釋，作為科學的一種形態，美學也同樣被視為以理解為指向：“它（美學）要把美感從本能感覺的範圍之中，升到理解的水平線之上。”[14]此所謂理解，就是以科學的方法對美感作理性的分析。在這裏，哲學的科學化邏輯地引向了美學的科學化。
理論形態的美學與科學既不可分，則作為藝術創造的美術同樣難以與科學脫鉤。王星拱往往將美術家比作工程師，“美術家必須了解美學，就同工程師必須了解物理學一般”[15]。在美的創造這一層麵，科學的作用體現於各個方麵；它可以給藝術創造提供種種的材料，並成為美感（優美及壯美）的源泉：“從物理學裏，我們看見各種能力之改換。從化學裏，我們看見各種物質之變化。從進化論裏，我們看見各種生物滋生繁殖，推陳出新，形態蛻幻，種族遞嬗。於是我們更覺得宇宙全體，如川流之不息，如日月之互移，又何曾妨害美術家的玩賞呢？”同樣，雄健、闊大、悠久、秩序等美感，也可以由天文學、地質學、細胞學等科學來提供。[16]科學滲入了美學及美的創造的各個方麵，而後者則似乎成為科學的一種存在形態。
哲學既涉及美，又指向善，而善的追求又首先與倫理學相聯係。從美過渡到善，科學的作用同樣體現於其中。在談到科學與倫理學的關係時，王星拱指出：
科學之功效，既不隻輪船火車之應用的技能，也不隻熱漲冷縮之物理的理論。它對於這樣底大問題——利己利他的問題，倫理學中的基本問題——必得也有一種特殊的貢獻。[17]
在科學與玄學的論戰中，王星拱已論及科學與人生觀的關係，以為科學能夠影響人生觀；科學與倫理學的關係，可以看作是上述討論的延續。科學如何作用於倫理學？王星拱著重從物我觀與因果論上作了分析。在他看來，科學已證明，物和我是不可分的，“物與我既不能分，則利己與利他，自然也不能有相反的區別”[18]。物我不能分，是物即我的感覺的另一種表述，這本是具有馬赫主義色彩的看法，但王星拱則以生物學、生理學等經驗科學加以論證，賦予它以某種科學的外觀；這種科學化的論點轉過來又為倫理學的命題提供了“科學”的根據。
與科學有更切近聯係的是因果觀：“科學之構造，以因果律為脊椎。”[19]因果律強調，天下無無因之果，亦無無果之因，而倫理行為則以意誌的自由選擇為前提，二者是否存在內在的緊張？王星拱的看法是否定的。在他看來，因果律與意誌的活動並非彼此排斥，二者可以一致而不悖：“由外界的刺激而發生欲望，由欲望的聯想而呈現引導的目的，由各種目的之比較與選擇而構成意誌，由意誌之規定而又以過去的經驗為動力，而見諸實行，固然是層層都有因果的關係；然而決沒有像尋常所說的不自由那一種痛苦。因果律的了解，隻能使我們增加責任心。它並不是叫我們把責任推到外界上去，而‘我’卻悠然無事，因為物和我是分不開的。如果這樣底不負責任，那就不是科學的見解了。”[20]在這裏，道德行為的選擇，處處都受到科學因果律的製約；意誌的活動亦相應地完全可以用因果推論來分析。質言之，科學通過因果律而為道德立法。
因果關係的普遍存在表明，人的行為既受到外部條件的製約，又可以作用於環境；前者決定了意誌的自由選擇不能導向“自用自專”，後者意味著人可以通過自己的努力實現善的理想。在王星拱的如下概述中，上述思想得到了具體的闡發：“從因果律看來，物的情境，是我的行為之因，我的行為，又是物的情境之因；而且我們必定從各種專門科學之中，知道了天然界（包含人類社會而言）各種現象之具體的因果的關係，於是我們才能有方法進行，以達到人群進化之目的。”[21]在此，對因果律的把握，便被理解為善的行為及善的理想（人群進化）所以可能的根據。
可以看到，通過科學與美學、倫理學等的溝通，哲學的科學化獲得了更具體的內容。作為回應科學與哲學對峙的兩種方式，以科學拒斥玄學與哲學的科學化本身亦有相互交錯的一麵。事實上，胡適在否定傳統形而上學的同時，也要求將科學運用於人生觀，並肯定科學的因果律在人生領域同樣普遍有效；王星拱作為馬赫主義的信徒，對傳統的思辨哲學亦持否定的態度。科學與哲學關係上的以上兩種立場似相反而實相成：以科學的態度否定傳統的玄學（形而上學），旨在建立所謂“科學”的哲學，而哲學的科學化，則是其邏輯的結果。