比台省合一更具影響的政治舉措是奏折製度的全麵施行。
奏折是後發展起來的官文書，在此之前，地方官有事稟報皇帝，凡係地方公事，用題本，若係個人私事，則用奏本，前者蓋官印，後者不用印。兩種文體都交由通政司進呈，在皇帝觀覽之前，已先由有關官員看過，因此這兩種文體的奏章，是公開的，不是隻有皇帝拆閱的秘密奏疏。這樣的文體，有些事情官員不便奏聞，皇帝想知道的從中得不到，不利於下情上達。
這本是明朝製度，清朝沿襲以來，皇帝感到不便，據記載，在順治年間產生了補救的文書——秘密奏折，但今天見不到實物，不能證實。而在康熙三十二年(1693),它已確實存在了。今存蘇州織造李煦在那年七月奏報蘇州得雨、糧價和民情的折子，康熙見奏後，朱筆批示“五月間聞得淮徐以南時暘舛候，夏澤愆期，民心慌慌，兩浙尤甚。朕夙夜焦思，寢食不安，但有南來者，必問詳細，聞爾所奏，少解宵旰之勞。秋收之後，還寫奏帖奏來。凡有奏帖，萬不可與人知道”。由此可知，不得讓第三者知道的奏章，是秘密的，不是題本、奏本；這種文字，當時叫作“奏帖”;它的要點，是在一個“密”字。康熙在江寧織造曹寅於康熙四十三年(1704)七月二十九日的奏折上朱批：“倘有疑難之事，可以密折請旨。凡奏折不可令人寫，但有風聲，關係匪淺。小心，小心，小心，小心!”康熙於再立允仍後，聽到有不同的輿論，苦於不知其詳，因在李煦的奏折上寫道：“近日聞得南方有許多閑言，無中作有，議論大小事。朕無可以托人打聽，爾等受恩深重，但有所聞，可以親手書折奏聞才好。此話斷不可叫人知道，若有人知，爾即招禍矣。”奏折人李煦、曹寅，都是康熙皇帝的家奴，而且是親信。康熙四十年(1701),江蘇巡撫宋犖的奏折，由李煦代呈，這表明當時具有寫、呈奏折權力的人，不在官階，而在同皇帝的關係。康熙五十一年(1712),康熙諭領侍衛內大臣、大學士、都統、尚書、副都統、侍郎、學士、副都禦史等，說他有聽不到的話，常令總督、巡撫、提督、總兵官、將軍在請安折內，“附陳密奏，故各省之事不能欺隱”。因令這些官員也於請安折上， “將應奏之事，各罄所見，開列陳奏”。並表示代為保密，原折朱批後發還。這說明在康熙晚年能上奏折的官員增多了。所以說，康熙朝密折已經產生，大多數的情況是官員利用請安折子，密陳地方官民動態，內容尚不甚廣，能夠書寫奏折的官員也不太多，因而還沒有形成嚴格的奏折製度。
雍正統治時期，奏折人的範圍明顯地擴大了。雍正元年(1723),雍正下令各省督撫密上奏折，於是封疆大吏都有了這個權力，隻是在實行中有的犯了錯誤，遭到處分，停止其使用權。後來雍正又給提督、總兵官、布政使、按察使和學政全體官員書寫密折的權力，隻是在上交的渠道上與督撫有所不同。督撫提鎮藩臬學政均是地方大員，此外，一些微末之員，由於雍正的特許，也可徑上密章，如湖南衡永郴道王柔、廣西右江道喬於瀛、福建鹽驛道伊拉齊、杭嘉湖道徐鼎、浙江糧道蔡仕舢、江安糧道葛森、陝西平慶道李元英、糧鹽道杜濱、直隸通永道高礦、寧夏道鄂昌，雲南驛鹽道李衛、浙江杭州知府孫國璽、山東兗州知府吳關傑、湖廣鄖陽府同知廖坤、山東沂州營副將楊鵬，等等。這些道府同知副將是中級官員，而用雍正的話說“道府等員，乃係小臣，品級卑微，無奏對之分”。他們能上奏折，是雍正特給的恩寵。這些人或者與雍正有特殊關係，或者為親重大臣的子侄，或在引見時獲得青睞，因得榮膺書寫奏折之寵。由中央派到地方的常設官員，如江寧，蘇州，杭州三織造、各處巡監禦史、稅關監督、各種臨時性的巡察禦史、給事中，或因掛有科道銜名，或因為雍正皇帝家臣，自然賦予密折言事之責。還有的臨時派到地方辦事，也可密上折子，如清理江蘇積欠，負責大員戶部侍郎王璣有此權力自不必說，連分查鬆江府錢糧的王溯維也得奏折言事。在中央，京堂以上和翰詹科道官員都能書寫奏折。雍正擴大奏折人員的範圍，使它達到了一定的數量，僅《朱批諭旨》一書所收的奏折的撰寫人，即達二百二十三人，實際奏折人多達一千人以上。
奏折，幾乎全有雍正皇帝的朱筆批語，叫作“朱批諭旨”,批過的奏折稱作“朱批奏折”,奏折和朱批諭旨構成奏折製度的必備成分。
雍正朝的奏折內容，比康熙朝大大豐富了。君臣籌商全國的或地方的政務，是最重要的內涵。雍正二年(1724)十一月，雍正向大學士等發出上諭“凡督撫大吏任封疆之寄，其所陳奏皆有關國計民生，故於本章之外準用奏折，以本所不能盡者，亦可於奏折中詳悉批示，以定行止”。督撫所要陳奏的政事，限於題本程式和保密要求，很難詳盡，皇帝就不能徹底了解臣下隱衷和下情，而皇帝的指示也因同樣的原因不能盡述，使臣下對皇帝的意圖了解也受到限製。這樣，上邊難以決策，下麵不能全力奉行。雍正就是要用奏折這種公文，使臣工和皇帝雙方亮明觀點，經過討論，定策施行。雍正朝的重大改革，許多是先經君臣密商，而後決策付諸實行，如攤丁入畝製度，就是雍正同黃炳、李維鈞及九卿通過奏折，反複商酌決定下來的。改土歸流的政策，也是在多人的奏折中，君臣密籌，議而後定。雍正元年(1723),禮部掌印給事中繆沅就處理苗民事務，疏請令土司諸子分襲以殺其勢，雍正把它交湖廣總督楊宗仁議奏，其不同意，認為那樣做會出現強弱兼並的後遺症，雍正朱批不以為然。
可見，至於改土歸流，雍正起始並不讚成，他於雍正二年(1724)在廣西巡撫李級的奏折上批示：
士官相襲已久，若一旦無故奪其職守，改土為流，誰不驚疑?李級聽從主子之見，上奏折表態，雍正又批道：斟酌處頗為合宜，諸凡總在爾等封疆大吏審擇中道而行也。
雍正三年(1725),貴州提督馬會伯奏請對苗民用兵，以推行改土歸流，雍正讓他同雲南巡撫管雲貴總督事鄂爾泰商討。
這時署理貴州巡撫石禮哈亦欲用兵，雍正內心讚同他們的意見，但怕他們年少魯莽，把事情辦壞，故而壓住了。不久，何世堪出任黔撫，奏折主張招撫，雍正內心不以為然，但亦允許他實行，然而不見其效。雍正四年(1726)四月，鄂爾泰折請貴州用兵，雍正大加讚賞。
至此決定強力推行改土歸流。這是幾年間持有不同意見的君臣往複磋商的結果，就中，雍正從對苗民事務的不熟悉，拿不定主意到把握實情，做出裁斷，是他吸收臣下意見的過程，所以這種奏折，便於君臣商討事務，決定政策措施。
河工的問題，雍正也是先通過河臣的奏折進行探討，決定行止。李級曾向雍正當麵提出疏浚淮揚運河的建議，雍正覺得有些道理。命他與河道總督齊蘇勒商酌，其以工程浩大，不敢輕定，擬於實地考察之後，再提出具體意見。
李級的建議是否可行，雍正說的全是活話兒，他並非為推卸己責，事成則居乾斷之功，事敗則推諉臣下，而是要大家商量，他則從中吸收意見，考慮決策。即如治黃專家靳輔的兒子靳治豫奏稱滾水壩無益，減水壩有利，雍正說他“實未洞徹”其利弊，而“河務關係甚大，不便自立主意”。因將靳治豫打發到齊蘇勒處，命他們“悉心通盤打算，酌量為之”。有一官員奏河工備料的弊端，雍正匿去撰折人姓名，將折轉發齊蘇勒，命其“盡心籌劃”,齊蘇勒遵旨陳奏事情原委，雍正覽後朱批， “所奏是當之至，朕原甚不然其說，但既有此論，其中或不無些少裨益，所以詢汝者，此意耳。今覽爾奏，朕洞徹矣”。河工事務複雜，學問甚大，雍正早年雖曾隨侍康熙南巡視察河工，參與過永定河工程，但畢竟不是身任其事，了解有限，即位後要拿主意，又不能魯莽蠻幹，自認為知識有限，多方考察，臣工奏折就成為他考慮決策的一種材料。上述與齊蘇勒商議的幾件事，都被否定了，也是處決了政事。雍正君臣利用奏折籌商政務，雖巨細非一，行否不定，但卻是奏折的重要內容。
至於奏折的其他內容，雍正要了解的情況較多，有地方政事的好壞，地方官的勤惰優劣，大吏待屬員是否公正或徇私，軍隊的訓練和紀律，水旱和農業生產，百姓的生活和風俗以及本省和外地的重大事情。概括起來，無外乎不外兩條，即地方吏治和民情，可以說它們分別是奏折的第二項、第三項內容。
雍正用奏折考察地方吏治，從他的實踐看，著重點是在對地方官吏的察核。當李衛任雲南鹽驛道時，雍正在雲南永北鎮總兵馬會伯奏折上批示：“近聞李衛行事狂縱，操守亦不如前，果然否?一毫不可贍顧情麵及存酬恩報怨之心，據實奏聞”。這是指示馬會伯調查李衛。待其任浙江巡撫時，雍正在他的奏折上批示：對新任黃岩鎮總兵董一隆的優劣所知不多， “於伊蒞任後，其細加察訪，密奏以聞”。雍正派大理寺卿性桂赴浙江清查倉儲錢糧，要他到浙後， “凡有風聞之事，即行密奏”。性桂到任後奏報杭州將軍鄂彌達與李衛的隔閡。田文鏡也折奏，說李衛是“當世之賢員，所謂難能而可貴者也”,但“馭吏繩尺未免稍疏，振肅規模未免少檢，則於大僚之體有未全，於皇上任使之意亦有所未付”。由此可見，就“模範督撫”李衛來講，他密奏別人，別人也密查他。當雍正派李級為廣西巡撫時，李級正得雍正寵信，然而在他赴任之際，命原廣西署撫、提督韓良輔“細訪其吏治，密奏朕知”。雍正要重慶總兵任國榮留心文武官聲名，他於雍正七年(1729)六月折奏：四川學政宋在詩“公而且明，聲名甚好”。川東道陸賜書“辦事細心，人去得”。永寧道劉嵩齡“人明白，身子甚弱”。永寧協副將張英“聲名平常”,漳臘營遊擊張朝良“操守廉潔，諳練營伍，但不識字”。雍正對這些人分別給了批語： “謹椹自守，小才器”; “為人老成，才情未能倜儻”; “觀其人甚有長進，於引見時不似有病，為何如此”“原係甚平常人，且有猛浪多事之疵”; “其人優劣，前此未知”。湖南布政使朱綱深受雍正信任，亦同樣受人考察。雍正在湘撫王朝恩奏折上批示： “朱綱行止，輿論不一，依朕觀之，似欲速成看，然否?據實奏來。密之!”而在此以前是讓朱綱訪查他的頂頭上司王朝恩——在朱綱的雍正二年九月初五日的奏折上批語講其引見王朝恩的印象“觀其為人於地方吏治頗為諳練，但才具微覺狹小”“汝其事事留意，看其居心行事，倘少有不妥處，密奏以聞”。又怕他有顧慮，指示說“如稍隱匿，不以實告，欺蔽之咎，汝難辭也”。由此可見，雍正對親信和非親信，了解的或不甚了解的，都令臣下互相監察，文員武弁，上下級之間，中央差遣人員和地方官員都在互相進行。文武不同途，互察出了正常範圍。上級監督下級，本是應有職責，但又要密訪密奏，就不全是正常的考核了。中央特差人員隻解決專門問題，報告地方吏治，則是額外的事情。屬員向皇帝匯報主官的事，是不正常的，而雍正很重視這類報告，他要鄂昌奏述“上司孰公孰私”即指此。
對於地方紳民的情況，雍正甚為關切，希望從奏折中獲得確實消息。
雍正六年(1728)三月，蘇州織造李秉忠奏報蘇州春雨調和，油菜、小麥長勢良好，物價平穩，小民樂業，雍正批示“覽雨水調和情形深慰朕懷，凡如此等之奏，務須一一據實入告，毋得絲毫隱飾”“蘇州地當孔道，為四方輻揍之所，其來往官員暨經過商賈，或遇有關係之事，亦應留心體訪明白，密奏以聞”。同年，雍正在廣西學政衛昌績的奏折上批示“地方上所聞所見，何不乘便奏聞耶”。衛昌績隨即應詔折奏“粵西風俗之惡薄有宜整齊者，紳士之強橫有宜約束者”。使雍正獲知該省百姓畏“鄉紳如虎，畏士子如狼，故俗有‘舉人閣老，秀才尚書’之語，其畏官長也不如畏紳士，故俗有‘官如河水流，紳衿石頭在’之語”。雍正七年(1729),署理直隸總督劉於義折奏“趙州隆平縣民李思義等妄稱跪拜太陽可以攘災避難，接受信徒，騙取錢財，然並無黨羽，請將李思義發遣邊疆，餘眾枷責”。雍正同意，但指出折中未言及李到發遣地後的管束問題，命做題本時添敘明白。兩廣總督孔毓珣等奏報廣東龍門營千總劉貴於巡查中捕人，遭遇搶犯，被殺身死，業已將攔截者抓獲，題請正法，並請治疏忽之罪。雍正朱批， “地方上凡遇此等事件，但要據實奏聞，何罪之有?若隱諱支飾，則反獲罪於朕矣”。就是這些奏折，使雍正及時地掌握了各地方的民風習俗、生產生活和吏治情況。
討論用人問題和宣布對官員的任使，也是奏折的一項內容，即第四個內容了。雍正四年(1726)八月，鄂爾泰折奏滇黔兩省大小文武各官的情況，雍正作了長篇批語。他很明確用人是為政的根本大事，而觀察人，是看其實踐，看他的變化。他自己要掌握這個方法，還要通過朱批讓大臣運用這個法則。
雍正利用朱批啟示官員如何做人和任職。田文鏡剛被提拔為河南巡撫，感恩圖報心切，雍正擔心他急躁辦壞事，正是顧慮及此，在其奏折中朱批“豫撫之任，汝優為之。但天下事過猶不及，適中為貴，朕不慮不及，反恐報效心切，或失之少過耳”。在另一個折子上，就田文鏡處理一事不妥善，批示說“大凡臨事，最忌猶豫，尤不宜迎合，設一味揣摩遷就，反致乖忤本意……今後勿更如是遊移無定，隨時變轉，始於身任封疆重寄，臨大節而不可奪之義相符也，切記勿忘”。讓他不要迎合，正確理解皇上的意圖，方是大臣立足的根基。這是針對具體人、事而發，此類事例很多，如在李秉忠的一個折子上批道“今將爾調任蘇州織造矣。勉力供職，唯當以顧惜顏麵為務”。另一折上批雲“竭力保全顏麵，莫負朕任用之恩，但爾等包衣下賤習氣，率多以欺隱為務，每見小利而不顧品行，辜恩者不一其人，即爾奏中矢公矢椹之語，朕亦未能遭信，試勉力行與朕看”。
官員之間，特別是平級的，隻有和衷共濟，才能理好政事，雍正常以此考查和啟示臣下。在李衛的敘及鄂彌達赴京陛見、希望令其早日回任的奏折上，雍正批示“盡心奉職之人，同城共事，焉有不彼此相惜之理，鄂彌達於駐防武臣中論，實一好將軍，汝今奏伊約束駐兵之長，伊在朕前極口讚服汝之勤敏，亦出公誠。朕覽之甚為欣悅，如是方好”。禪濟布與丁士一同為巡視台灣禦史，在他們的奏折上，雍正指示“和衷二字最為官箴之要，倘有意見不同處，秉公據實密奏，不可匿怨而友，尤不可徇友誤公”。在雍正看來，不怕有不同的政見，問題在於秉公辦理。
雍正用奏折表彰或訓飭一些官員。雍正元年四月，江南提督高其位的請安折，雍正批道“覽高其位此奏，字句之外，實有一片愛君之心，發乎至誠，非泛泛虛文可比，朕觀之不覺淚落，該部傳諭嘉獎之，以表其誠”。雍正在朱批中要領旨人向“模範官吏”效法，他指出“魯論雲擇善而從，何不努力效法李衛、鄂爾泰、田文鏡三人耶?內外臣工不肯似其居心行事之故，朕殊不解。若不能如三人之行為，而冀朕如三人之信任，不可得也。亟宜殫心竭力黽勉盡職”。雍正在朱批中訓斥臣下，非常嚴厲。楊名時奏折論因循幹譽，雍正在字裏行間指出“人為流俗所漸染，每苦不自知，然所謂漸染者，不過沽名矯廉之習，其病本輕而可治，無如身既為流俗所染，而反泥古自信，認古之非者為是，則病入膏盲，難以救藥也。一切姑聽朕之訓示”,“反躬內省，有則改之，無則加勉，不必簧鼓唇吻，掉弄機鋒也”“朕因欲汝洞悉朕之居心，故走筆而諭，不覺言之矮迤而繁也”。由此可見，他是在指責楊名時犯了沽名釣譽的毛病。
雍正借用奏折評論人物，並決定或宣布官員的任用取舍。李衛奏折稱仁和知縣紀逐宜“過於拘禁”,不能勝繁劇之任。候補官朱永齡如上諭所說，人去得，確係誠實謹慎，但因係北方人，不熟習南方情況，恐怕難以承擔仁和縣重任。此外，還論到浙江知縣張坦熊、雲南知州張坦驄、知州張坦讓的居官情形。雍正則向他評論新發往浙江的袁嗥與申成章二人。
雍正時或命人轉傳諭旨，又謂傳錯了，用朱批諭旨改過來。福建按察使劉藩長向布政使潘體豐傳達諭旨，謂“潘體豐人草率，亦鹵莽，因他在那裏搖搖不定，朕也拿不住他”。潘體豐聽後慌懼上折，轉述劉藩之言，雍正閱後，說是被劉藩弄錯混傳了，將之改正為“潘體豐係朕物色之人，但涉於草率，辦事亦魯莽，因他主見尚在搖搖未定，朕亦未之確許，命他堅定誌向，以精詳和平自勉”。
雍正在朱批中對官員的除陟降調先打招呼，預告其本人，或他的主官。如在江蘇崇明總兵官李燦雍正九年(1731)十月初一日奏折上朱批宣布“今命爾署理浙江總督印務，須當竭力黽勉”。雍正七年(1729)八月，廣東瓊州總兵官施廷專奏報香山澳洋船遭風事，雍正批示“今已調爾離瓊，該鎮地方一切總與爾無涉矣”。
雍正對奏折的批諭，具有很強的針對性，往往因人而異，有的事相近，而批語卻大不一樣。有些事有特別的機密性，雍正通過朱批諭旨下達命令，這可以說是奏折的又一項內容。查嗣庭案發，雍正在李衛奏折上批示，要杭州將軍鄂彌達委派副都統傅森、李衛選派可信屬官一同星速馳去抄查嗣庭的家。這是亟待執行的絕密命令，其不走頒布正式公文的渠道，為的是避免被查抄人獲知消息，先行準備，破壞抄檢，這樣，通過奏折途徑保證秘密不致泄露。
奏折內容，包羅廣泛，既然涉及政策的製定和執行，涉及官員的取舍，不要說那些絕密事件的貫徹，就是這些政治事務，也決定了它的保密性。雍正一再以此要求具折人，在命鄂昌書寫奏折的朱批上說“密之一字，最為緊要，不可令一人知之，即汝叔鄂爾泰亦不必令知。假若借此擅作威福，挾製上司，淩人舞弊，少存私意於其間，豈但非榮事，反為取禍之捷徑也”。對禪濟布的奏折，雍正在保密問題說的更為透徹， “至於密折奏聞之事，在朕斟酌，偶一宣露則可，在爾既非露章，惟以審密不泄為要，否則大不利於爾，而亦無益於國事也。其凜遵毋忽”。又向李秉忠說， “地方上事件，從未見爾陳奏一次，此後亦當留心訪詢；但須慎密，毋借此作威福於人，若不能密，不如不奏也”。不能保密，就不要上奏折，看來，保密是具奏的前提條件。這就是要求具折人不要聲揚文件內容，同時要求領受朱批諭旨的人保守朱批的機密，不得轉告他人，更不能交他人觀看，隻有雍正特別指令告訴某有關人員時，才令其閱讀，或轉傳諭旨精神，若私相傳述，即使是保密性較小的內容，也是不允許的。如原甘肅提督路振聲將朱批中對其弟固原提督路振揚的褒語抄告其弟，路振揚又因此上折謝恩，雍正就此指出， “朕有旨，一切密諭，非奉旨通知，不許傳告一人，今路振聲公然將朕批諭抄錄，宣示於爾，甚屬不合，朕已另諭申飭。可見爾等武夫粗率，不達事體也”。雍正嚴格要求大小臣工保守奏折內容和朱批的機密，特別是對小臣，教導不厭其煩，並以泄密對他們不利相威脅。他考慮到小臣得此榮寵，容易擅作威福，挾製上司和同僚，造成官僚間互相猜忌，政治混亂，對專製統治不利。
對於不遵守奏折機密的人，雍正采取了必要的懲罰措施。雍正初年，封疆大吏多半派親屬或親信在京，拆看奏折，為的是他們了解朝中情況，看此奏折合否時宜，有無墨礙，決定上奏與否，對於皇帝的朱批，他們也先行閱視，以便早作料理和應付。雍正二年(1724),雍正發現了浙閩總督覺羅滿保、山西巡撫諾敏、江蘇布政使鄂爾泰、雲南巡撫楊名時等人的這種情況，決定停止他們上奏折的權力，以示懲罰。這樣一來，需要同皇上商酌的事不好辦了，楊名時等為此承認錯誤，請求恢複他們的密奏權，雍正也從政事出發同意了。沒有處分路振聲，乃因他是武人，不知書。
雍正知道，製裁不能成為主要手段，重要的是製定奏折保密製度。他采取了四項措施，一是收回朱批奏折。雍正即位的當月，命令內外官員上交康熙朱批、朱諭的上諭中，又規定： “嗣後朕親批密旨，亦著交進，不得抄寫存留”。此後定製，奏折人在得到朱批諭旨的一定時期後，將原折及朱批一並上交，放在宮中保存，本人不得抄存留底。奏折中的朱批，亦不得寫入題本，作為奏事的依據。楊名時有一次把朱批敘入本章，暴露了機密，雍正指責他是有意這樣辦，以證明他過去泄露朱批沒有罪。二是打造奏折專用箱鎖。雍正於內廷特製皮匣，配備鎖鑰，發給具奏官員，凡有奏折，均裝匣內，差專人送至京城。鑰匙備有兩份，一給奏折人，一執於皇帝手中，這樣隻有具折人和皇帝二人能夠開匣，別人不能也不敢私開。為具折人不斷書寫奏折的需要，奏匣每員發數個，一般為四個，它隻作傳遞奏折用，凡所上奏折隻能用它封裝，否則內廷亦不接受。廣州巡撫常賚的奏匣被賊盜去，隻得借用廣東將軍石禮哈的奏匣，不敢仿製。三是奏折直送內廷。奏折由地方送至京城大內，不同於題本投遞辦法，不送通政司轉呈，若是督撫的折子，直接送到內廷的乾清門，交內奏事處太監徑呈雍正；其他地方官的奏折不能直送宮門，交由雍正指定的王大臣轉呈。雍正說若小臣徑赴宮門送折，不成體統，其實他是為具折的小臣保密，不讓人知道除了一些大員以外還有什麽人能上折子。被指定轉傳奏折的人，有怡親王允祥、尚書隆科多、大學士張廷玉、蔣廷錫等人，如趙向奎、鄂昌的奏折送怡親王府，潘體豐、王溯維的交張廷玉，呂耀曾的交蔣廷錫，朱綱的交隆科多。邊遠地區的小臣，還有送交巡撫代呈的，如雍正命廣西右江道喬於瀛將奏折交巡撫李級或提督韓良輔轉送。轉呈的王大臣都是雍正的親信，他們隻是代轉，亦不得拆看，具折人也不向代呈人說明奏折內容，如朱綱一再在奏折中保證所奏內容絕對秘密，連隆科多“亦不敢令聞知一字”。四是雍正親自開閱，不假手於人。折子到了內廷，雍正一人開閱，寫朱批，不要任何人員參與此事。他說： “各省文武官員之奏折，一日之間，嚐至二三十件，多或至五六十件不等，皆朕親自覽閱批發，從無留滯，無一人讚襄於左右，不但宮中無檔可查，亦並無專司其事之人”。由於他要專斷，以及奏折的保密性，不會讓他人與聞，他在這裏所說的是實際情況。雍正批閱以後，一般折子轉回到具折人手中，以便他們遵循朱批諭旨辦事，有少量折子所敘問題，雍正一時拿不定主意，就將它留中，待到有了成熟意見再批發下去。
關於朱批奏折的作用，雍正歸結為兩點，一是通上下之情，以便施政；二是啟示臣工，以利其從政。