第一章從家庭及時代因素探討錢玄同早年思想形成及發展。初時，錢玄同接受係統的經學教育，傾向今文經學，並受到複古思想的影響，政治上尊崇清王朝。1903年後，在革命形勢的影響下，錢玄同開始由舊學向新學，由尊清向反滿革命的轉變。其思想轉變的內在原因是民族主義，在轉向革命的初期，錢玄同受到革命派中的國粹主義思想影響。
第二章論述辛亥革命前後錢玄同的無政府主義思想、保存國粹思想和經學思想。這一時期，錢玄同投身辛亥革命。在政治上，排滿革命思想進一步發展，接受了民主主義和無政府主義。在文化問題上，錢玄同保存國粹的思想進一步係統化，提出了“師古、存古、複古，但不泥古”的主張。在經學上，錢玄同反對古文經學而讚同今文經學，其思想經曆了從“頗宗今文”到“專宗今文”的發展過程。
第三章論述新文化運動時期錢玄同的文學革命思想和思想革命主張。新文化運動初期，錢玄同對文言文、舊文學、舊藝術和以三綱五倫為核心的儒家思想作了激烈的批判。他支持胡適倡導的白話文運動，從多方麵闡述使用白話文的必要性，對於運動的成功起了重要的獨特的作用。他還試圖以廢漢文的方式來徹底斬絕舊文化中的弊端。錢玄同這一激進思想的產生既是外部形勢刺激的結果，也是其自身思想發展所使然。錢玄同雖態度激進，但並非全麵反傳統，他對傳統中的優秀成分始終給予積極的肯定。
第四章論述新文化運動時期錢玄同的自由主義思想、疑古思想、學習西方思想、漢字革命思想。五四運動之後，新文化運動的領導核心《新青年》同人在改造社會的方案和手段上發生分歧，新文化陣營破裂。錢玄同在馬克思主義與自由主義二者之中，傾向於自由主義。他堅持啟蒙，並對自己前一時期的偏激主張進行反思。在對待傳統的問題上，錢玄同繼續已經開始的批判，並將焦點集中在經學領域，倡導疑古，成為疑古學派的中堅。在對西方文化的問題上，錢玄同主張全麵向西方學習，並在與東方文化回潮的鬥爭中，將這一主張發展到極端的“全盤承受歐化”論。這一時期錢玄同所積極倡導並付諸實踐的以創製國語羅馬字為中心的漢字革命，則是錢玄同批判傳統，學習西方思想在文字改革問題上的體現。
第五章論述錢玄同的晚年思想。錢玄同晚年在政治上始終堅持自由主義，他主張思想自由、教育價值中立。但在專製壓力下，錢玄同逐漸成為書齋中寧靜的學者。在九一八事變後日益加劇的民族危機中，錢玄同反對日本侵略，並在北平淪陷後，拒絕偽聘，保持民族氣節。在文化觀上，錢玄同晚年文化關懷的重點有所變化，由注重對傳統中消極因素的批判，轉變為注重對傳統文化中積極成分的挖掘和肯定，並在融合中西文化上作出成績。在經學研究上，錢玄同繼續堅持疑古精神，提出對今文經的懷疑和打破今古兩家學派的解經思想。
附錄部分是對一些在正文中沒有展開的內容所做的進一步研究。具體討論錢玄同與魯迅、劉師培的思想交往，近代墨學複興對錢玄同的影響和錢玄同對1922年非宗教運動的態度和認識等，並對在錢玄同研究中最常使用的資料黎錦熙先生所著之《錢玄同先生傳》做出三點考證。