濫觴於明中葉的儒學流變，首先當然是相對於理學而言。作為儒學的一種形態，理學注重心性的辨析和義理的探求，但其末流往往導向了空疏玄虛。有鑒於此，明中葉至晚明的一些思想家已開始由形而上的義理之學，轉向形而下的考據之學。這裏首先值得一提的是楊慎（1488—1559）。楊慎對理學追求所謂“高遠”的思辨路向甚為不滿，並曾作了如下批評：“故高遠之蔽，其究也，以六經為注腳，以空索為一貫，謂形器法度皆芻狗之餘，視聽言動非性命之理，所謂其高過於大，學而無實。”[1]理學以高遠為進路，以性命之理為追求的對象，其結果則往往流而為空索無實。與理學相對，楊慎要求從訓詁入手，以把握經義，而訓詁又必須知古人之法：“予謂解聖賢之經，當先知古人文法。”[2]這裏已表現出以實證的研究拒斥理學思辨的趨向，事實上，楊慎也確實一再要求研究朱熹以前的經學，所謂“必求朱子以前之六經”[3]便表明了這一點。

楊慎之後，陳第（1541—1617）進一步提出了“讀經不讀傳注”[4]的主張。不讀傳注，意味著超越對經典的隨意詮釋，回到原始的經典本身。而在經典的研究方麵，陳第首先將具體的音韻考證提到了重要的地位，要求通過了解文字的古音，以把握其古義。就研究方法而言，陳第已總結出“本證”與“旁證”相結合的原則。本證，即以本書同類之韻為證，如以詩之韻證詩經之音義；旁證，即以其他文獻來印證。陳第運用本證、旁證以考證古音，並由此揭示經典中字、義的原始含義，這種方法，後來被廣泛地運用於考證之中。

與陳第幾乎同時，焦竑（1540—1620）也將注重之點轉向了實證性的研究方式。焦竑對小學尤為重視，認為聖學應當以小學工夫為根基。焦竑關於小學的界說，不同於宋儒。宋儒雖亦注意到小學與文字訓詁的聯係，但往往較多地將其理解為“灑掃、應對、進退之節，禮樂、射禦、書數之文”[5]，後一意義上的小學，常常與倫理行為、道德實踐交錯在一起。與之相對，焦竑更多地側重於小學層麵的文字之學義：“小學，謂文字之學也。”[6]這一意義上的小學，其具體內容主要包括訓詁、音韻、文字，它在相當意義上已屬於具體科學（語言學）的範疇。焦竑主張以小學為把握經典的根基，已開始把經學研究與具體科學的研究聯係起來。

明清之際，隨著社會曆史的劇烈變遷、西學的東漸、實學思潮的湧動、理學末流空談心性之蔽的日漸呈露，思想家也開始對儒學本身進行反省。這種反省首先取得了理學批判的形式。如前所述，在楊慎、陳第、焦竑那裏，已可以看到對宋儒“束書不觀，遊談無根”的批評，明清之際的思想家則進一步對理學存在的合法性提出了質疑。在顧炎武關於理學與經學關係的論述中，便不難看到這一點：

理學之名，自宋人始有之。古之所謂理學，經學也，非數十年不能通也。……今之所謂理學，禪學也。[7]

質言之，儒學的本來形態是經學，而不是理學；儒學隻有回到經學的形態，才能獲得合法性，這裏已內含從理學返歸經學的要求。這一主張當然並不是明清之際首次提出，在楊慎、陳第等人那裏已可以看到如上的趨向，歸有光於明嘉靖隆慶年間，亦提出了類似的看法：“天下學者，欲明道德性命之精微，亦未有舍六藝而可以空言講論者也。”[8]不過，明中葉以來的這些觀點雖然為爾後的經學複興提供了曆史的前導，但在當時並沒有產生重要的反響。唯有到了明清之際，以深入的曆史反省為前提，從理學返歸經學的呼聲才得到了普遍的思想認同。

從理學到經學，其間雖然隻有一字之差，但卻蘊含著重要的視域轉換。理學以心性的形上辨析為主題，表現出明顯的思辨趨向。與之相對，明清之際思想家所理解的經學，則以文獻的考訂、字義的訓釋等為入手工夫，它所推重的，首先是實證性的研究。顧炎武指出：“讀九經自考文始，考文自知音始。”[9]考文主要涉及文字訓詁，知音則指古音韻的研究，二者都屬於所謂小學。聯係前文理學即經學的命題，我們可以看到如下的邏輯思路：由形而上的理學，返歸原始的經學，並進而將經學建立於具有實證性質的小學之上。

對經學的如上倡導當然並不限於顧炎武。黃宗羲、方以智、毛奇齡等，從不同的角度提出相近的要求。江藩在《國朝漢學師承記》中便將黃宗羲與顧炎武相提並論，認為清代的經學，“二君實啟之”：

有明一代，囿於性理，汩於製義，無一人知讀古經注疏者。自梨洲起而振其頹波，亭林繼之。於是承學之士，知習古經義矣。……讀書論道，重在大端，疏於末節，豈若抱殘守缺之俗儒、尋章摘句之世士也哉！然黃氏辟《圖》、《書》之謬，知尚書古文之偽；顧氏審古韻之微，補左傳杜注之遺。能為舉世不為之時，謂非豪傑之士耶？國朝諸儒，究六經奧旨與兩漢同風，二君實啟之。[10]

這裏的“與兩漢同風”，指出了清代經學上承兩漢經學的特點。黃宗羲的治學背景和學術路向與顧炎武當然存在種種差異，但二者在注重實證的研究上，卻又有一致之處。與顧炎武一樣，黃宗羲認為經學之中仍有很多問題“至今尚無定說”，從而肯定了經學研究的必要性；同時，又強調經學研究應當剔除各種附會，還經義之本來麵目。[11]盡管黃宗羲並沒有放棄形而上的思考，但在注重實證性的研究上，卻不同於宋儒的心性之學。

與顧炎武、黃宗羲同時代的方以智重質測之學，亦兼及經學考據，其《通雅》一書，便以訓詁考證等為內容。《四庫全書總目》對方以智在清代經學中的地位予以了相當高的評價：“明方以智博極群書，撰《通雅》五十二卷。是書皆考證名物、象數、訓詁、音聲……風氣既開，國初顧炎武、閻若璩、朱彝尊等沿波而起，始一掃懸揣之空談，……而窮源溯委，詞必有證，在明代考證家中，可謂卓然獨立矣。”[12]這種窮源溯委、詞必有征的名物考據，在研究對象與方法上，與晚明和清代的經學研究無疑有一致之處。此外，在經學考據的倡導與確立方麵，毛奇齡也是一位值得注意的人物。與明清之際其他思想家相近，毛奇齡對理學，特別是程朱也持批評的態度，而其治經則重實證。阮元曾對毛奇齡作了如下評價：“國朝經學盛興，檢討（毛奇齡——引者）首出於東林蕺山空文講學之餘，以經學自任，大聲疾呼，而一時之實學頓起。當是時，充宗起於浙東，胐明起於浙西，寧人、百詩起於江淮之間。檢討以博辨之才，睥睨一切。論不相下，而道實相成。迄今學者日益昌明，大江南北著書授徒之家數十。視檢討而精核者固多，謂非檢討開始之功則不可。”[13]“實學”與“空文講學”的對立，體現了兩種治學方式的分野，毛奇齡在實現學術走向的轉換上，顯然扮演了與顧炎武等相近的角色。可以說，顧炎武、黃宗羲、方以智、毛奇齡等繼陳第、焦竑之後，從不同的方麵奠定了經學考據的基礎。

由明清之際的思想家所奠基的經學考據，在乾嘉時期得到了進一步的發展，所謂乾嘉學派，便是對這一時期具有相近學術傾向的學術群體之概稱。盡管清代考據學本身亦有學術旨趣上的差異，所謂吳派、皖派之分，便表明了這一點；但在注重實證上，卻又彼此相近。戴震曾對清代的經學考據治學特點做了概述：

數百年以降，說經之弊，善鑿空而已矣。……後之論漢儒者，則曰：故訓之學雲爾，未與於理精而義明。則試詰以求理義於古經之外乎？若猶存古經中也，則鑿空者得之乎？嗚呼！經之至者，道也；所以明道者，其詞也；所以成詞者，未有能外小學文字者也。由文字以通乎語言，由語言以通乎古聖賢之心誌。譬之適堂壇之必循其階，而不可以躐等。[14]

以理精義明相標榜而卻不免導向鑿空，這是理學的特點，戴震在另一處更明確地指出了這一點：“宋以來儒者，以己之見，硬坐為古聖賢立言之意，而語言文字實未之知”[15]；所謂理即在古經之中，實際上也就是要求由鑿空的理學，回歸本然的經學，而治經學的入手處，則是具有實證科學意義的小學。類似的看法亦見於阮元：“聖賢之道存於經，經非詁不明。”[16]以上的邏輯思路可以概括為：理學—經學—小學，它使明清之際已開其端的視域轉換，取得了更明確的形式。

乾嘉學派可以看作是清代學術的主流，與之並存的還有浙東史學等。浙東史學的代表人物之一為章學誠。章學誠對當時的主流學術有所批評，認為乾嘉考據學派囿於名物訓詁，以致“無所為而競言考索”[17]。不過，他並不因此而否定考據的意義。事實上，浙東史學的奠基人黃宗羲同時亦為乾嘉學派的理論源頭之一，這種曆史聯係也決定了章學誠與乾嘉學派在治學方法上往往有趨近的一麵。在章學誠看來，通經明理，亦不能離開名物訓詁：“治經而不究於名物度數，則義理騰空而經術因以鹵莽，所係非淺鮮也。”[18]更為值得注意的是，章學誠還著重將經與史聯係起來，以史規定經：“六經皆史也。古人不著書，古人未嚐離事而言理，六經皆先王之政典也。”[19]六經皆史之說，當然並不是章學誠首次提出的，在章學誠之前，王陽明等已有類似提法，然而，正是在章學誠那裏，六經被明確地理解為曆史文獻的載體，所謂六經皆先王之政典，也就是把六經視為古代先王治國政績的記錄。從邏輯上看，六經的以上曆史內涵，決定了治經也總是與史實的研究相聯係。六經向史實的這種還原，同時也意味著消解六經的形而上內容。這樣，盡管章學誠批評乾嘉學派停留於訓詁考訂，並表現出對明道與經世致用的關注，但“六經皆史”的命題在揚棄經學的形而上性質這一點上，與乾嘉學派“經非訓詁不明”的看法，無疑又有相通之處，二者似乎從不同的側麵展示了經學實證化的走向。