次年正月，在短暫的回浙省親之後，即奔赴贛州上任。在赴贛途中，曾經遇到流賊數百，王守仁當即表現了他果敢的一麵，由此也可看出他在對待流民為盜問題上的態度。
乃連商船，結為陣勢，揚旗鳴鼓，如趨戰敗。賊拜於岸，呼曰：“饑荒流民，乞求賑濟。”陽明泊岸，令人諭之曰：“至贛後，即差官撫差。各安生理，勿作非為，自取戮滅。”賊俱散歸。
王守仁抵達贛州後，馬上一改前任招撫太濫的做法，招撫並用，自正德十二年初至十三年月間，平定了南贛地區的所有叛亂。
正德十二年正月，剿平福建漳州附近的亂事，斬賊首詹師富，福建沿海之寇悉平。之後經過半年的休整，王守仁又於正德十二年十月開始對橫水、左溪、桶崗的盜賊用兵。這三地地處南安府的南康、大庾與上猶三縣之間，西接湖廣的貴陽，南領廣東南雄府，形勢險峻，賊勢頗為強盛，而王守仁利用地方勢力，調動三省兵力，先後平定了這三地的盜賊，擒斬首領謝誌山、藍天富等。之後，正德十三年正月又遠征南部的三浰，三月“襲大帽山、浰頭諸寇，擒斬寇首五十三人，從寇兩千餘人。後於九連山，以奇計襲敵，寇接擒之，撫其降酋二百餘人。”通過以上軍事行動，王守仁在一年多的時間之內，一舉把騷擾南贛地區數十年之久的盜匪活動全部剿除，對朝廷來說功勞甚大，而王守仁任在南贛巡撫時所配合武力剿除盜賊，還施行了一係列的措施，對贛南地區曆史發展的影響更加深遠。
一、設立新縣。正德十三年，在剿滅了橫水、左溪、桶崗等地的盜賊後，王守仁便奏請在南安府西南設立新縣。
但恐大兵撤後，未免複聚為患。合無三縣適中去處，建立縣治，實為久安長治之策’等因，到道。隨取各縣鄉導，於軍營研深。查得前項賊巢，係上猶、大庾、南康三縣所屬。上猶縣崇義、上保、雁湖三裏，先年多被賊殺戮，田地被其占據；大庾縣義安三裏，人戶間被殺傷，田地賊占一半；南康縣至坪一裏，人戶皆居縣城，田地被賊阻荒。總計賊占田地六裏有半。隨蒙本院委領兵知府邢珣、知縣王天與、黃文鸑親曆賊巢踏勘，三縣之中適均去處，無如橫水。原係上猶縣崇義裏地方，山水合抱，土地平坦，堪以設縣。隨會同分守左參議黃宏，議得合無於此建立縣治，盡將三縣賊人占據阻荒田地，通行割出。緣裏分人戶數少，查得南康縣上龍一裏、崇德一裏，亦與至坪相接，緣至坪三都雖非全裏，然而地方廣闊，錢糧數多，堪以拆作一裏，合割並屬新縣。其間人戶數少者，田糧尚存，招人佃買，可以複全。縣治既設，東去南康尚有一百二十裏，要害去處則有長龍；西去湖廣桂陽縣界二百餘裏，要害去處則有上保；南去大庾縣一百二十餘裏，要害去處則有鉛廠；俱該設立巡檢司。查得上猶縣過步巡檢司，路僻無用，宜改移上保，備由呈詳。奉批：‘看得橫水開建縣治，實亦事不容已。但未經奏請，須候命下，方可決議。兼之工程浩大，一時恐未易就。今賊勢雖平，漏殄尚有，且宜遵照本院欽奉敕諭隨宜處置事理，先於橫水建立隘所，以備目前不測之虞。除委典史梁儀等一麵豎立木柵，修築土城，修建營房外，查得橫水附近隘所，如至坪、雁湖、賴塘等處，盜賊既平，已為虛設。其附近村寨，如白麵、長潭、傑壩、石玉、過步、果木、鳥溪、水眼等處居民，訪得多係通賊窩主；及各縣城郭村寨，亦多有通賊之人。合將各隘隘夫悉行撥守橫水，其通賊人戶，盡數查出，編充隘夫，永遠把守；其不係通賊者，量丁多寡，抽選編全，輪班更替，務足一千餘名之數。責委屬官一員統領，常川守把。遇有殘黨嘯聚出沒，即便相機剿捕。候縣治既立，人煙輳集，地方果已寧靖，再行議處裁損。其開建縣治，本院親行踏勘，再四籌度，固知事不可已。但舉大事，須順民情，兵革之後，尤宜存恤。仰該道會同分守等官，再行拘集地方父老子弟，多方詢訪，必須各縣人民踴躍鼓舞，爭先趨事，然後興工，庶幾事舉而人有子來之美，工成而民享偕樂之休。仍呈撫按等衙門公同計議施行’等因。依奉會同參議黃宏遵照批呈事理，先於橫水設立隘所，防範不虞。及行該府再行拘集詢訪外，隨據府縣各申，拘集父老到官，各交口歡欣，鼓舞趨事，別無民情不便等因，備呈到道。”覆審無異，轉呈到臣。會同巡撫江西等處地方都察院右副都禦史孫燧、巡按江西監察禦史屠僑，議照前項地方，大賊既已平蕩，後患所當預防。今議立縣治並巡司等衙門，懲前慮後，杜漸防微，實皆地方至計，及查得橫水議建縣治處所，原係上猶縣崇義裏，因地名縣，亦為相應。如蒙皇上憫念地方屢遭荼毒，乞敕該部俯順民情，從長議處，早賜施行，並儒學巡司等衙門一體銓選官員，鑄給印信。如此，則三省殘孽，有控製之所而不敢聚；三省奸民，無潛匿之所而不敢逃。變盜賊強梁之區為禮義冠裳之地，久安長治，無出於此。
王守仁之所以奏請設立崇義新縣是因為怕兵力撤後，已經投降的流民盜賊群體複聚為患，欲“變盜賊強梁之區為禮義冠裳之地”。王守仁認為，設立縣治後，地方政府便能夠加緊對流民的控製，使“三省殘孽，有控製之所而不敢聚；三省奸民，無潛匿之所而不敢逃“。也就是說，通過新縣的建立來控製之前地方政府影響力所不及的地方。之後，朝廷準許了王守仁的奏疏，於是割南康、上猶、大庾三縣之地建立崇義縣，屬南安府管轄，沿襲至今。至此，贛南的行政建製基本穩定。
二、行十家牌法。正德十二年，王守仁赴贛州上任伊始，便行十家牌法。王守仁行抵贛州，開府郡中，選民兵，行十家牌法，其法仿保甲行之。可見其是仿效前朝保甲法而將地方社會組織起來的一種製度。所謂的“十家牌”就是把以十家為一個單位，實行連保連坐，這對於防止盜賊與民之間的互通很有功效。
王守仁起初施行十家牌法的原因是因為南贛周圍的盜賊耳目眾多，多與之互通情報，因而以此法防止人民窩藏和隱匿盜賊。它的最基本內容是要求官府嚴格掌握人民的基本戶籍情況，包括人口的流動、職業、田產等，試圖應用此法重新掌握“民”、“盜”不分的地方社會。此法頒行之後，王守仁嚴格監督其執行。
看得新開崇義縣治，雖經本院委官緝理經畫，大略規模已具，終是草創之初，經製未習。該縣官員若不假以威權，聽其從宜整理，則招徠安習之功，亦未可責效。除行守巡兵備等衙門外。牌仰知縣陳瓚上緊前去該縣，首照十家牌諭，查審編排，連屬其形勢，輯睦其鄰裏，務要治官如家，愛民如子，一應詞訟、差徭、錢糧、學校等項，俱聽因時就事，從宜區處；應申請者申請，應興革者興革，一務畜眾安民，不必牽製文法。大抵風土習尚雖或有異，而天理民彝則無不同，若使為縣官者果能殫其心力，悉其聰明，致其惻怛愛民之誠，盡其撫輯教養之道，雖在蠻貊，無不可化，況此中土郡縣之區，向附新民，本多善類，我能愛之如子，後亦焉有不愛我如父者乎？夫仁慈以惠良善，刑罰以鋤凶暴，固亦為政之大端。若此新民之中，及各縣分割都圖人戶，果有頑梗強橫不服政化者，即仰遵照本院欽奉敕諭事理，具由申請，即行擒拿，治以軍法；毋容縱恣，益長刁頑。
此次所行牌法對於贛南地區來說意義重大。
三、舉南贛鄉約。行十家牌法，主要在於整頓戶口，以防止民盜勾結，隻是一種單存的防護措施，卻並沒有起到引善除奸的效果。而王守仁在地方上的治理極為重視教化的功能，所以他在南贛巡撫任上為贛南百姓製定了一套相約，要求鄉民參與結社，彼此約束。鄉約頒行於正德十三年，與十家牌法相仿，隻是在具體運作上更勝一籌。它以約為單位，以定期聚會（每月望日）管理地方事務為主要形式。設約長、約副、約正、約史、知約和約讚，擇定寺觀為固定的會所與十家牌法的簡約實用不同的是，南贛鄉約散發出相當濃厚的教化色彩。王守仁相信“人之善惡，由於一念之間”，所以要修身自省，互相監督和勸勉，消除內心惡念。同約聚會主要就是通過一係列較複雜的禮製程序彰善糾過，培養仁厚之俗；兼及調解經濟和民事糾紛，嚴防暗通賊人。王守仁反複強調勸誡無效後，要呈報官府究治。鄉約的目的，不僅在於除奸，更在於教化，以激發鄉民的道的意識，使的長幼有序，善惡得所，他不僅在於人們的自覺，更加依靠相互的約束，另外又靠著一套莊嚴的儀式，使道德風教在一種和諧的環境下進行。
四、立社學、修書院，帶動了贛南文化的發展。王守仁在贛南推行的另一套與教化有關的措施就是立社學以訓蒙童。正德十四年三月，王守仁在征討三浰結束後，即立社學。王守仁立社學的最重要目的就是要以其作為教化百姓的手段，匡正風俗：
吾民居喪不得用鼓樂，為佛事，竭貨分帛，費財於無用之地，而儉於其親之身，投之水火，亦獨何心！病者宜求醫藥，不得聽信邪術，專事巫禱。嫁娶之甲，豐儉稱貨，不得計論聘財妝奩，不得大會賓客，酒食連期。親戚隨時相問，惟貴誠信實禮，不得徒飾虛文，為送節等名目，奢靡相尚。皆是村坊，不得迎神賽會，百千成群。凡此皆糜費無益。有不率教者，十家牌鄰互相糾察，容隱不舉正者，十家均罪。
除此之外，王守仁還在贛州開設講壇，興修書院，宣揚“心學”。正德十三年九月，重修了在宋代便曾經存在過的濂溪書院，此外，王守仁還親自為贛州府學講課，一時間贛州雲集眾多其心學門徒，培養了一批著名的贛南籍江右王門學者，對贛南文化的發展產生了重大的影響。此後，王守仁在贛南的學術活動一直被以後的士大夫解釋為贛南地方文化傳統的最重要內容。明末黃宗羲曾說“姚江之學，惟江右為得其傳……陽明一生精神俱在江右”。而贛南作為其在江右活動的重要場所，可以說為其發展和完善心學思想作出了貢獻。由於王守仁在贛南立社學、修書院等一係列措施，使贛南開始產生了一大批以科舉仕進位目標的士大夫群體，文風開始鼎盛，至清中葉，贛州已由昔日的盜區轉變為文物衣冠之邦。
可以說，王守仁巡撫南贛短短的兩年時間，對贛南的曆史發展產生了重大的積極影響。贛南各地都興起了修建陽明祠的熱潮。