作為經學演化的一種形態，與理學形而上學相對的經學實證化趨向更內在地體現於治經方法；事實上，從理學到經學的變更，具體便是通過治經方法的轉換而實現的。盡管清代考據學的研究對象沒有離開傳統的經典，但在研究方法上，又確乎與近代實證科學的方法呈現相近的走向。概括起來，清代考據學的治經方法包括以下幾個方麵。
麵向本文與遍搜博討 理學好談性理而輕視名物訓詁，為了論證一己之見，他們往往不惜曲解乃至擅改古代文獻。對這種崇尚虛論的學風，清代學者深為不滿。江聲指出：“蓋性理之學，純是蹈空，無從捉摸。弟所厭聞也。”[20]這實際上代表了清代乾嘉學派的普遍看法。與蹈空的宋學相對，清儒以“通經博物”相尚，強調無證不信，論必有據。在經學考據中，所謂證和據，主要便與古代文獻相聯係。從字、詞等考釋的角度看，作為古字古詞載體的古代文獻屬於具體的事實材料，以群經古本為研究的起點，也就是從經驗領域的對象出發。
由注重文獻材料，清代學者又進而反對以孤證立論。在清代學者看來，片麵地執著某一方麵的例證，必然會導致迷誤：“偏舉一隅，惑茲生焉。”[21]在訓詁上，清儒每釋一字，往往廣搜群籍，博考百家。如王引之對虛詞的詮詁，即以遍為搜討為基礎：“自九經三傳及周秦西漢之書，凡助語之文，遍為搜討。”[22]這裏所說的遍為搜討，即對所研究領域的相關對象逐一加以考察，不放過任何可能的反例。由此形成較為係統的、能反映事物全貌的材料，然後將這些材料綜合起來加以參伍比較，得出結論。這種治學原則與任意挑選孤證的主觀方法相對，體現了觀察的全麵性等要求。
與注重遍為搜討相聯係，清代學者注重考察的客觀性。戴震指出：“凡學未至貫本末、徹精粗，徒以意衡量，就令載籍極博，猶所謂‘思而不學則殆’也。”[23]“貫本末、徹精粗”即全麵的考察，“以意衡量”則是主觀的臆測；清代學者肯定前者而拒斥後者，這就使遍為搜討同時成為客觀性的原則。從方法論上看，全麵性原則與客觀性原則具有內在的相通性：離開了對事物各個方麵的係統研究，便很難提供一幅有關事物全貌的客觀圖景；全麵考察所獲得的材料如不能真實地反映對象的本來麵目，則同樣無法為把握事物提供可靠的基礎。對經驗事實的真實性、可靠性的如上注重，確實不同於性理之學的思辨趨向。
經驗歸納與條理分析 通過遍搜博討而廣泛地占有材料之後，清代學者進而要求揭示其中的義例：“稽古之學，必確得古人之義例。執其正，窮其變，而後其說之也不誣。”[24]所謂義例，包括語言文字領域的條理通則以及古書的著述體例等。在清代學者看來，隻有對豐富的事實材料反複推究，嚴加剖析，概括出一般的條例規則，才能把握紛繁複雜的具體現象。王引之在《經義述聞》末卷（三十二卷）中，即以前三十一卷中所搜集的資料為基礎，通過縝密的比較分析而總結出若幹條例，如“旁記之文誤入正文則成衍文”“形近易誤”等。清代學者正是通過這種概括而初步了解了古籍傳抄過程中各種訛誤產生的規律，從而使校勘工作有理可循。這裏體現了一條重要的方法論原則，即經驗材料隻是認識的起點，實證研究不能停留於現象的觀察，而必須從材料上升到義例，以揭示對象內在的規律性的聯係。
與會通義例相輔相成的，是“一以貫之”：“不會通其例，一以貫之，隻厭其膠葛重複而已耳，烏睹所謂經緯塗（途）徑者哉。”[25]所謂一以貫之，即在一般義例通則的指導下，考察千差萬別的特殊現象。如果說，會通其例主要是從個別到一般的歸納過程，那麽，一以貫之則表現為從一般到個別的演繹過程，二者統一，構成了清代學者經學研究的重要特點。戴震對《水經注》的校勘，在這方麵提供了較為典型的一例。
自唐代以來，《水經注》的經與注一直混雜相錯，因而校勘此書的任務首先在於分別經與注。戴震通過參伍推敲，歸納出三條通則，然後又“以是推之”，即運用這三條通則逐句審訂，從而對經與注作了明確區分。這種會通義例與一以貫之相統一的考訂方法，無疑體現了較為嚴密的實證態度。
從一以貫之的角度看，條理的分析便成為一個重要的環節。清代學者很注重條理分析，戴震便指出：“務要得其條理，由合而分，由分而合。”[26]在考據領域，所謂條理，主要是指實證性的科學知識和理論，如音學原理等。在清代學者看來，隻有把握了各個實證領域的知識原理，才能真正地把握經典之義：
至若經之難明，尚有若幹事：誦堯典數行至“乃命羲和”，不知恒星七政所以運行，則掩卷不能卒業。誦周南召南，自關雎而往，不知古音，徒強以協韻，則齟齬失讀。誦古禮經，先士冠禮，不知古者宮室、衣服等製，則迷於其方，莫辨其用。不知古今地名沿革，則禹貢職方失其處所。不知‘少廣’‘旁要’，則考工之器不能因文而推其製。不知鳥、獸、蟲、魚、草、木之狀類名號，則比興之意乖。[27]
這裏所涉及的，便是天文、地理、數學、語言、生物、機械等具體領域的知識理論，而這些領域的知識同時又構成了指導經學研究的理論；換言之，實證的理論成為治經的工具。在訓詁方麵，清代學者運用古音通假的原理及古韻分部等知識，對古代文字的本意做了成功的考釋。一以貫之與條理分析的相互聯係，使清代學者的考據超越了單純的經驗歸納。
虛會與實證相結合 在博考的基礎上，通過比較歸納、條理分析而做出的識斷，必須經過嚴格的審察和驗證。清代學者所謂的驗證，大致包括兩個環節，即虛會與實證：“事有實證，有虛會。”[28]所謂虛會，即從邏輯關係上加以推論，“如東坡謂蔡琰二詩，東京無此格，此虛會也。”[29]蔡琰有兩首詩，其中所運用的格律在東漢時代尚未出現，從邏輯上說，東漢時代的人，不可能運用當時還未出現的格律來作詩，蘇東坡正是根據這一點，推斷這兩首詩非蔡琰所作。這種表現為虛會的推論，顯然具有邏輯論證的性質。
清代學者所說的虛會，表現為如下形式。其一，根據前後是否貫通，推斷某種記載或觀點的真偽：“事之真者，無往而不得其貫通，事之贗者，無往而不多其抵牾。”[30]這裏所說的“抵牾”，即形式邏輯意義上的矛盾，在清代學者看來，正確的思維首先應當在邏輯上始終一貫，具有內在的自洽性；凡是前後相悖，上下衝突，則很難斷定其為真。這實際上是用形式邏輯的矛盾律，來確定某一結論能否成立。其二，通過對文獻的內容或結構的分析，以論證某一假設。如《史記·陳丞相世家》有“平為人長美色”一句，王念孫經過考證，認為此句當作“長大美色”。然後又分析上下文義作了論證：“下文‘人謂陳平何食而肥’，肥與大同義，若無大字，則與下文義不相屬。”[31]曆史記載作為客觀的文獻材料，其前後各個部分有著內在的關聯，通過考察不同部分的聯係，即可從一個方麵判斷某一記載是否真實。這裏所體現的，是根據本文各個部分之間的邏輯聯係，來論證某一論點。
虛會主要著重於從邏輯關係上對言說觀點加以論證，這種驗證並沒有終結檢驗言論的過程。邏輯上的推斷之後，最終還要訴諸事實的驗證。顧炎武在《日知錄》中已強調以曆史事實驗證某種考訂的結論，潘耒對此作了如下介紹：“有一疑義，反複參考，必歸於至當；有一獨見，援古證今，必暢其說而後止。”[32]反複參考而歸於當，屬邏輯的推斷；援古證今，則是以曆史事實為證。
虛會與實證的如上結合，在方法論上即表現為邏輯論證與事實驗證的統一。在清代學者看來，隻有在兩者的這種聯係中，才能達到十分之見：“所謂十分之見，必征之古而靡不條貫，合諸道而不留餘議，巨細畢究，本末兼察。”[33]“十分之見”可以看作是已得到確證的真理，與認識的出發點上強調廣泛考察相一致，認識的檢驗也被理解為一個博證（巨細畢究）的過程。在具體的研究中，繼虛會之後，清代學者總是進而訴諸客觀的實證。如《史記·秦始皇本紀》引李斯語：“若欲有學法令”，王念孫經過比較推敲，認為“欲有”當作“有欲”，接著即從行文結構的邏輯關係上加以論證：“置欲字於有字之上，則文不成義。”最後又引其他文獻為實證：“《通鑒·秦紀二》正作‘若有欲學法令者’”。[34]在此，邏輯上的推論與事實的驗證便構成了相互聯係的兩個環節。對認識的這種檢驗方法既不同於僅僅停留於抽象的推繹，也有別於簡單地列舉實例，它從一個方麵為達到“十分之見”提供了較為可靠的基礎。
闕疑與推求的統一 遍為搜討、會通義例、一以貫之、虛會實證的經學考據，有其貫穿前後的基本原則，這就是實事求是。清代學者強調：“通儒之學，必自實事求是始。”[35]要真正求其是，便不能盲目尊信，而應有闕疑的精神。所謂闕疑，也就是以存疑的態度對待一切曆史記載及傳聞之說。在校勘中，闕疑的具體形式往往表現為反對盲從舊本：“謂舊本必是，今本必非，專己守殘，不複別白，則亦信古而失之固者也。”[36]與迷信舊本相反，清代學者主張以事實證舊本之失，凡舊本中出現了誤字，便應參照各本以糾正之，而不能曲意解說。這種以事實為據而反對盲從的存疑原則，體現了一種科學的理性精神。
與提倡闕疑，反對盲信相聯係，清代學者又提出了推求的主張：“信古而愚，愈於不知而作，但宜推求，勿為株守。”[37]所謂株守，即人雲亦雲，依傍古人；推求則是通過創造性的思考以提出新的見解。顧炎武在《日知錄·自序》中把治學比作鑄錢，批評僅僅以舊錢充鑄，亦即滿足於拾人牙慧，囿於舊說，而提倡“采山之銅”，即另辟蹊徑，學有新意。在文獻考訂及音韻研究中，清代學者善於衝破前人的束縛，大膽提出新的見解。如在古韻分部上，傳統的看法把“支”“脂”“之”三韻並為一部，段玉裁通過研究《詩經》，發現三者在上古實際上各自獨立成部，於是推翻舊說，提出了新的分韻觀點，從而把古音研究推進了一步。存疑與推求的結合，體現了獨立思考與創造性研究的統一。
溯源達流與曆史的方法 在經學考據中，清代學者十分注重考察源流。盧文弨指出：“學固有自源而達流者，亦有自流以溯源者。”[38]這可以被視為對曆史方法的一種概括。
所謂“自流以溯源”，是指通過曆史的回溯，把握對象的原始狀況，然後將對象的原貌與現狀加以比較，以揭示事實的真相。在辨偽中，這種方法表現為追溯偽書之材料來源，以證其偽。閻若璩在《尚書古文疏證》第一卷中，曾對此作了分析，認為偽書作者不能憑空造作，他必然要以已往的材料為依據，一旦找出了偽書之所本，就可以暴露其偽跡；閻若璩在辨《古文尚書》之偽時，即具體運用了這一方法。在史實考訂中，溯源的方法具體化為根據原始的記載，以考證後起的敘述：“言有出於古人而未可信者，非古人之不足信，古人之前尚有古人，前之古人無此言，而後之古人言之，我從其前者而已矣。”[39]文獻的流傳總是有一個前後相繼的過程，一般說來，後起的文本總是以早出的本文為根據，因此辨別文獻記載的真偽，應追溯到最為原始的文本。崔述在《考信錄提要》中，即曾以早出的《論語》中所記載的事實，證晚出的《孔子家語》所記之誤。在文字訓詁中，清代學者主張：“識字當究其源。”[40]所謂字之源，也就是文字的本義，懂得了文字的本義，就可以進而把握其引申義。這些看法已注意到了，古代文獻及語言文字都處於曆史演變過程之中，作為這一過程起點的原始記載、文字本義等與後世的再傳之文及引申之義往往會出現某種差異，要把握史實的真相及文字的確切含義，便必須向原始的起點上溯。
“自流溯源”旨在追溯對象的原始麵目，相對於此，“自源達流”要求在把握對象的本來狀況後，進一步考察它在各個演變階段的不同特點，以辨古今之異。在典章製度的考證中，這種方法表現為疏通源流，即縱向的考察對象的變遷沿革。在音學研究中，清代的學者反對援今議古，主張“審音學之源流”，並運用曆史方法對古韻演變作了相當細致的研究，如段玉裁以“音韻之不同，必論其世”的曆史觀點為依據，通過深入的分析比較，將先秦至隋代的古韻變化區分為三個階段：“唐虞夏商周秦漢初為一時，漢武帝洎漢末為一時，魏晉宋齊梁陳隋為一時。”[41]這種自源達流的考察，已不限於對發展過程的起點與終點做曆史的比較，而且將過程劃分為若幹階段加以研究，即不僅力圖找出其前後聯係，而且注重把握各個階段的特定形態，這就把曆史考察與具體分析結合起來，從而深化了曆史方法。
清代學者認為，一定的文字、語言等都與特定的曆史背景相聯係：“唐虞有唐虞之文，三代有三代之文，春秋有春秋之文，戰國秦漢以迄魏晉，亦各有其文焉。非但其文然也，其行事亦多有不相類者。”[42]因此，在溯源達流時，他們不僅要求考察某一對象本身的演變過程，而且強調從對象與特定曆史條件的聯係中分析其特點。以辨偽為例，清代學者注意到偽書的文辭風格總是難免留有某種曆史痕跡，“雖極力洗刷出脫，終不能離其本色”[43]。據此，他們主張對偽書的辭章與特定時代的文風作曆史的比較，以揭示偽書的真實年代。這種溯源達流與分析特定時代背景相統一的曆史方法，不同於思辨的推論，而更多地表現了對具體史實的注重。
要而言之，清代學者的經學考據方法以“實事求是”為原則，體現了歸納與演繹、邏輯分析與事實驗證、無證不信（存疑原則）與大膽推求（創造性思考）的統一，並貫穿了樸素的曆史主義精神。這種方法論係統揚棄了理學的思辨性，在相當程度上將經學引向了實證性的研究。