在推重西方科學的邏輯方法、實證原則的同時，明清之際的思想家對西方科學往往也有所批評。王錫闡在比較中西曆法時，曾指出：“夫曆理一也，而曆數則有中與西之異。西人能言數中之理，不能言理之所以同。”[26]這裏，值得注意的並不是明清之際學人對西方曆法的具體評價，而是其中所流露的對“同”的關注。“同”所表征的，主要是普遍性的品格，理之所以同，似乎已超越了具體的經驗之域。不難看出，相對於科學對特殊對象的把握，對理之所以同的追問，多少蘊含著一種形而上的指向。
對“理之所以同”的關注，當然並不限於個別思想家。與王錫闡相近，方以智在肯定西方的質測之學的同時，也曾對西學提出責難：“彼詳於質測，而不善言通幾，往往意以語閡。”[27]通幾所涉及的，就是最普遍層麵的理之同，亦即形而上之域。在方以智看來，西學固然長於具體經驗領域的研究，但對形而上問題的探討（通幾）並不足道，而這種以普遍之理為對象的通幾之學對方以智來說又是極為重要的方麵。事實上，在方以智那裏，通幾誠然不能脫離質測，但它本身往往有時而滲入質測之中。以聲、光等自然現象的研究而言，方以智雖然讀過介紹西方光學的《遠鏡說》，但在具體解釋時，卻訴諸“氣”這一傳統哲學的範疇：“氣凝為形，蘊發為光，竅激為聲，皆氣也。”[28]聲、光本屬具體經驗領域的物理現象，氣作為本體論或宇宙論的範疇，具有某種形而上的性質：它無所不在而又構成了萬物的本源；以氣解釋光與其說是一種質測（科學）層麵的規定，不如說是通幾（哲學）的界說，這裏似乎多少可以看到質測之學形而上化的趨向。
就更廣的視域而言，在西學東漸之初，東西學人便開始從不同角度對中國傳統的形上學與西學作種種的溝通。徐光啟在介紹利瑪竇所傳入的西學時，曾指出：
顧惟先生之學，略有三種：大者修身事天，小者格物窮理，物理之一端別為象數，一一皆精實典要，洞無可疑。[29]
這裏的格物窮理主要指質測之學（科學），利瑪竇本人亦以格物窮理指稱西方科學：“夫儒者之學，亟致其知，致其知，當由明達物理耳。物理渺隱，人才頑昏，不因既明，累推其未明，吾知奚至哉！吾西陬國雖偏小，而其庠校所業格物窮理之法，視諸列邦為獨備焉。”[30]以格致稱科學，已啟近代之先緒。但同時，格物窮理又常常被用來表示“費祿蘇菲亞”，費祿蘇菲亞即Philosphia的音譯，意為哲學，如徐光啟與畢方濟合譯的《靈言蠡勺》，即以“格物窮理”譯“費祿蘇菲亞”。這樣，在明清之際，格物窮理既是一個實證科學的概念，又被規定為一個形而上的範疇；概念的這種交融固然與“格物窮理”本身的多義性相聯係，但它同時亦折射了某種溝通形而下與形而上的理論意向。
實證科學與形而上學的如上溝通，亦體現於對邏輯與數學的理解之中。明清之際西方的邏輯學已通過《名理探》等著作而傳入中國，這種邏輯固然首先被視為質測之學的新工具，但也往往同時被引向心性之學。李天經在闡釋《名理探》的意義時，便指出：
三論明而名理出，即吾儒窮理盡性之學，端必由此，其裨益心靈之妙豈淺鮮哉。[31]
此所謂三論，即《名理探》中直（概念）、斷（判斷）、推（推理）三論；窮理盡性之學，亦即傳統儒學的心性形而上學。在李天經看來，名理探（邏輯）之所以重要，緣由之一即在於它是研究心性的必由之路。在這裏，裨益心靈已不僅僅是一般意義上的邏輯思維訓練，而是同時與形而上的思辨糾纏在一起。類似的看法亦見於明清之際的另一些思想家，如徐光啟在論幾何學的意義時，便將其與德性的涵養聯係起來，認為“學此者不止增才，亦德基也。”[32]在此，作為窮理之學的幾何方法，便同時具有了一種形而上的意義。
對邏輯、數學的如上理解，已涉及質測與通幾的關係。方以智在反對“掃質測而冒舉通幾”的同時，又從一個較為普遍的層麵，對二者的關係作了概述：“不可以質測廢通幾，不可以通幾廢質測；或質測，或通幾，不相壞也。”[33]質言之，通幾與質測相容而不相害。不過，通幾與質測雖不可偏廢，但又往往有所側重。在更具體的討論二者關係時，方以智進而指出：“質測即藏通幾者也”，“通幾護質測之窮”[34]。在此，通幾似乎從雙重意義上表現出其主導性：一方麵，一切實證研究（質測）都包含著通幾，換言之，通幾作為內在的因素製約著質測；另一方麵，具有普遍涵蓋性的通幾又可以克服質測的局限（護質測之窮）。在質測與通幾的統一中，後者已呈現出某種優先性。
通幾之學的優先性，使實證科學的研究有時也不免被注入形而上的內容。阮元在概述戴震的科學研究時曾指出：“庶常（戴震）以天文、輿地、聲音、訓詁數大端，為治經之本，故所為步算諸書，類皆以經義潤色，縝密簡要，準古作者。”[35]此所謂經義，也就是形而上的經學義理。天文、輿地、步算（推步、曆算）本來屬實證科學之域，但在戴震那裏，這些領域的研究卻同時滲入了形而上的義理。這固然與戴震兼治哲學的背景有關，但其中亦可以看到實證科學與思辨走向的糾纏；後者從另一個側麵表現了明清之際對科學某種形而上的理解。
與科學的形而上理解相輔相成的，是對科學普遍作用的確信。梅文鼎在談到曆法時，曾指出：
心之神明，無有窮盡，雖以天之高、星辰之遠，……而人輒知之；輒有新法以追其變，故世愈降，曆愈之密。[36]
“心之神明”表征著理性的認識能力，“新法則”可以看作是科學發展的新形態。在梅文鼎看來，曆算對天文現象的把握是一個無止境的過程，天象不管如何變化，都可以在曆算理論的發展中得到解釋。廣而言之，科學的作用範圍是無限的：所謂“心之神明，無有窮盡”，已從理性認識能力的角度確認了這一點。
對科學作用的確信，不僅體現於質測之學與對象的關係中，而且也展開於質測之學與其他知識領域的關係。作為明清之際科學思潮的延續，實測之學常常被用於經學研究。焦循在這方麵提供了頗為典型的一例。焦循對中西數學都作過相當深入的研究，並撰有數學專著多部。在他那裏，數學方法既被用於天文等現象的探索，也被用於經學，特別是易學的研究。在自述其治易過程時，焦循寫道：“夫《易》，猶天也。天不可知，以實測而知。……十數年來，以測天之法測《易》，而此三者，乃從全《易》中自然契合。”[37]《易》作為六經之一，更多地表現為人文的經典，“測天之法”則屬於實證科學的研究方法。焦循“以測天之法測《易》”，其意在於以實證科學的法來研究作為人文經典的《易》。在傳統的易學研究中，常可以看到所謂象數之學，其中往往充滿了神秘的比附，焦循要求以實證的態度治《易》，無疑包含著拒斥這類象數比附之意。但從更廣的思維趨向看，以測天之法治《易》，顯然亦意味著實證科學方法的某種泛化：在測天與測《易》的溝通中，實測的方法超越了實證研究之域，而擴展到了一般的知識領域。科學的這種泛化，在一定意義上已開近代之先聲。
與焦循相近，戴震也表現出將實證科學方法普遍化的傾向；在其哲學研究中，我們便不難看到這一點。戴震在哲學上的代表作是《孟子字義疏證》，相對於中國哲學史上某些其他論著，該書更多地展示了邏輯的嚴密性，而所以能如此，很大程度上便在於戴震嚐試將幾何學的方法引入此書。戴震對幾何學有深入的研究，在為《四庫全書》所撰的《幾何原本提要》中，戴震對《幾何原本》作了很高的評價，而在《孟子字義疏證》中，戴震也多方麵地運用了幾何學的方法。全書每一章都先立界說（下一定義），以《性》章而言，開宗明義即：“性者，分於陰陽五行以為血氣、心知、品物，區以別焉。舉凡既生以後所有之事，所具之能，所全之德，鹹以是為其本，故易曰：‘成之者性也’。”[38]總的界說之後，又自設問答，逐漸展開其多方麵的含義；整個推論過程，基本上合乎利瑪竇在《譯幾何原本·引》中所說的“論題之首，先標界說；次設公論，題論所據，次乃具題。題有本題，有作法、有推論，先之所征，必後之所待。”“一先不可後，一後不可先，累累交承，至終不絕也。初言實理，至易至明，漸次積累，終競乃發奧微之義。”這種研究和論述方法在推進哲學思維的嚴密化方麵，無疑有其不可忽視的意義，但將作為具體科學的幾何學方法引入哲學領域，則又表現為科學向形上學的趨近。西方近代哲學史上，斯賓諾莎亦曾以幾何學的公理化方法來展開其《倫理學》，在這方麵，戴震似乎已表現出某種近代的思維趨向。
可以看到，明清之際及其後的思想家在從思維方法等方麵引入、闡釋西方實證科學的同時，又表現出將其提升和泛化的趨向。這一思維進路的緣由是多方麵的，其中既有“技進於道”、追求普遍之理的傳統形而上學之製約，又與西學輸入的曆史特點相關。就總體而言，西學的傳入一開始便呈現實證精神與形上神學相互糾纏的格局，往往一書之中而二者並存，如利瑪竇的《天主實義》雖以介紹天主教義為主，但亦兼及有關天體的天文學說；再如《寰有詮》，它首先無疑是一部神學著作，但其中又滲入了注重邏輯推論的思維趨向，李之藻在譯序中指出：“所論天地萬物之理，探源窮委，步步推明，由有形入無形，由因性達超性。”[39]在此，神理的闡釋與嚴格的推論似乎並行不悖。另一方麵，科學的著作，也往往受到神學的糾纏，後者的典型之例，便是在引入西方的天文學時，與教義相抵觸的哥白尼學說始終沒有得到正麵的、係統的介紹。西學東漸的這一背景，無疑從一個方麵構成了明清之際實證科學與形上之學彼此趨近的曆史根源。而從更普遍的層麵看，明清之際由肯定西學之“用”到關注思維方法，再到科學的泛化，似乎又預示了近代科學思潮的曆史走向。
[1] 張維華：《明清之際中西關係簡史》，225頁，濟南，齊魯書社，1987。
[2] （明）王徵：《遠西奇器圖說錄最·序》，見《王徵遺著》，219頁，西安，陝西人民出版社，1987。
[3] （明）王徵：《遠西奇器圖說錄最·序》，見《王徵遺著》，220頁。
[4] （明）徐光啟：《幾何原本雜議》，見《徐光啟集》，77頁，上海，上海古籍出版社，1984。
[5] （明）徐光啟：《勾股義·序》，見《徐光啟集》，84頁，上海，上海古籍出版社，1984。
[6] （明）王守仁：《傳習錄中》，見《王陽明全集》（上），47頁，上海，上海古籍出版社，1992。
[7] （明）徐光啟：《徐光啟集》，358頁，上海，上海古籍出版社，1984。
[8] （明）徐光啟：《徐光啟集》，78頁。
[9] （明）徐光啟：《徐光啟集》，81頁，上海，上海古籍出版社，1984。
[10] （明）李之藻：《同文算指·序》。
[11] （明）李之藻：《同文算指·序》。
[12] 參見（清）阮元：《疇人傳·王錫闡傳》，429頁，北京，中華書局，1991。
[13] [英]牛頓：《牛頓自然哲學著作選》，10頁，上海，上海人民出版社，1974。
[14] （明）徐光啟：《幾何原本雜議》，見《徐光啟集》，77頁，上海，上海古籍出版社，1984。
[15] （明）徐光啟：《幾何原本雜議》，見《徐光啟集》，76頁。
[16] [意]利瑪竇：《譯幾何原本·引》。
[17] （明）徐光啟：《幾何原本雜議》，見《徐光啟集》，76—77頁，上海，上海古籍出版社，1984。
[18] （明）李天經：《名理探·序》。
[19] （明）李天經：《名理探·序》。
[20] （明）方以智：《通雅》卷首。
[21] （清）淩廷堪：《複孫淵如觀察書》，見《校禮堂文集》卷二十四。
[22] （清）王錫闡：《推步交朔·序》。
[23] （清）王夫之：《思問錄·外篇》。
[24] （清）王夫之：《搔首問》。
[25] （明）方以智：《物理小識·自序》。
[26] （清）王錫闡：《曆說》。
[27] （明）方以智：《物理小識》卷一。
[28] （明）方以智：《物理小識》卷一。
[29] （明）徐光啟：《刻幾何原本·序》，見《徐光啟集》，75頁，上海，上海古籍出版社，1984。
[30] [意]利瑪竇：《譯幾何原本·引》。
[31] （明）李天經：《名理探·序》。
[32] （明）徐光啟：《幾何原本雜議》，見《徐光啟集》，78頁，上海，上海古籍出版社，1984。
[33] （明）方以智：《物理小識·總論》。
[34] （明）方以智：《愚者智禪師語錄·示中履》。
[35] （清）阮元：《疇人傳·戴震傳》，542頁，北京，中華書局，1991。
[36] （清）梅文鼎：《曆學源流論》，見《曆學疑問》附錄。
[37] （清）焦循：《易圖略·自序》，見《雕菰集》卷十六。
[38] （清）戴震：《孟子字義疏證》，見《戴震集》，291頁，上海，上海古籍出版社，1980。
[39] （明）李之藻：《譯寰有詮序》。