五四時期，隨著科學思潮的湧動，科學方法也受到了越來越多的關注。科學的信奉者幾乎都將科學方法視為科學的核心，而科學的萬能則常常被歸結為科學方法的萬能。在眾多的科學方法布道者中，胡適尤為引人注目。與胡適的名字聯係在一起的“大膽假設，小心求證”，曾被視為科學方法的金科玉律，並整整影響了數代人。如前所述，古史辨的主將顧頡剛便承認：他之從事古史辨偽，在很大程度上即由於“親從適之先生受學，了解他的研究的方法”[33]。在科學方法的旗幟下，胡適既引進了西方近代的實證科學方法，又注入了實證主義（包括實用主義）的原則，而二者又往往與傳統的方法論，特別是清代樸學的治學方法相互交錯。
繼王國維之後，胡適對近代科學方法與傳統治學方法作了進一步的溝通，而這種溝通又以總結和整理傳統方法（主要是清代樸學的治學方法）為前提。胡適一再強調，“中國舊有的學術，隻有清代的‘樸學’確有‘科學’的精神”[34]，並認為近代西方科學的方法，與清代學者的方法本質上完全一致：
顧炎武、閻若璩的方法，同葛利略（Galileo）、牛敦（Newton）的方法，是一樣的，他們都把他們的學說建築在證據之上。戴震、錢大昕的方法，同達爾文（Darwin）、柏司德（Pasteur）的方法，也是一樣的：他們都能大膽地假設，小心地求證。[35]
這種溝通，一方麵通過肯定科學方法的傳統根據，為近代科學方法的合法性做了確證；另一方麵則從曆史的角度，強調了科學方法的普遍涵蓋性：一切有效的治學手段，都盡在科學方法的囊中，無論近代，抑或過去，都不能越出科學方法的恢恢天網。在胡適關於科學方法的種種論述中，都潛含著以上二重意蘊。
在方法論上，胡適首先提出了存疑的原則，主張“以懷疑的態度研究一切；實事求是，莫作調人”[36]。作為一種方法論的原則，懷疑態度的基本要求便是對一切既成的原理、觀念、信仰等重新加以批判的審視和考察，以確定其真偽：“懷疑的態度，便是不肯糊塗信仰，凡事須要經我自己的心意詮訂一遍。”“經過一番詮訂批評，信仰方才是真正可靠的信仰。”[37]這種看法在拒斥獨斷論的同時，把經驗事實與獨立思考提到了突出的地位：所謂實事求是，首先便是指以經驗事實為確定真偽的依據。
胡適的如上方法論思想與近代的實證論思潮有著明顯的理論聯係。實證論以拒斥形而上學為基本的原則，這一原則在方法論上的引申，便表現為以存疑的態度對待傳統的獨斷教條。孔德對絕對知識的質疑，杜威以疑問為探索的起點，等等，都從不同方麵展示了這一趨向，而在赫胥黎那裏，存疑的方法則被提到了更為突出的地位。赫胥黎既是生物學家又是哲學家，其思想傾向與西方的實證論思潮大體一致。在哲學史上，赫胥黎第一次使用了“不可知論”（Agnosticism）這一概念；赫氏所謂不可知，首先與神學相對。宗教神學認為借助神的啟示，人們可以達到宇宙的終極真理，赫胥黎則以不可知論否定了這種神學信念。[38]不可知論的另一鋒芒所向，則是超驗的本體，在赫氏看來，關於無法認識的東西及其他本體，其是否存在我都不知道，哲學上的“物質”“精神”便是這樣一種不可知的存在。[39]毋庸諱言，這裏深深地浸染了現象主義觀念，其中所體現的基本上是一種實證主義的立場。但值得注意的是，赫胥黎並不僅僅將不可知論規定為一種與超驗哲學相對的理論教條，而是特別賦予它以方法論的意義：
事實上，不可知不是一種教條，而是一種方法。[40]
作為一種方法，不可知論側重之點在於普遍的懷疑趨向。事實上，赫胥黎對神學的終極真理及不可知的哲學本體的批評，都首先表現了一種懷疑的態度，正是這種方法論上的懷疑趨向，對胡適產生了深刻的影響。胡適曾說：“我的思想受兩個人的影響最大：一個是赫胥黎，一個是杜威先生。赫胥黎教我怎樣懷疑，教我不信任一切沒有充分證據的東西。”[41]胡適在方法論上倡導以懷疑的態度研究一切，確實也在某種意義上導源於赫胥黎的存疑原則。
不過，作為現象主義的展開，實證主義的存疑原則一開始便帶有感覺論的印記，其基本的根據即人的認識無法超越感覺之域。所謂存疑，主要是指向現象—經驗界之外的對象，當赫胥黎以不可知論為存疑態度的形式，並以此拒斥超驗真理與超驗本體時，便十分典型地表現了這一特點。相形之下，胡適的思路則有所不同，在這方麵，他似乎較多地受到近代科學方法中求真意識的影響，並以此進而反觀清代樸學的治學方法。如前文所論及的，清儒在方法論上強調無證不信，其基本精神即闕疑。從內容上看，它大致包括兩個方麵：其一，“不以人蔽己”，即反對盲目接受外部意見以妨礙對事物的正確認識，其具體要求表現為以存疑的態度對待一切已有的成說。這種方法普遍地運用於辨偽、校勘、訓詁等領域。梁啟超稱清儒“善懷疑，善尋間，不肯妄徇古人之成說”[42]，這一評價確實反映了清儒的治學特點。其二，“不以己自蔽”，即反對專己獨斷，唯我為是。乾嘉學者顧廣圻曾對憑主觀意見擅改古書提出批評：“凡遇其所未通，必更張以從我，時時有失，遂成瘡疻。”[43]在清儒看來，懷疑舊說，提出新意，必須以事實的考證為據。對強物從我的否定，內在地包含著超越一己之域的要求。
從求真的觀念出發，胡適對清代樸學的如上方法論思想頗為讚賞，他曾一再肯定清儒的存疑態度是“道地的科學精神，也正是道地的科學方法”[44]。就某些方麵言，樸學的存疑態度與赫胥黎的懷疑方法無疑有相通之處。然而，二者在內涵上又存在明顯差異：如果說，樸學的不以人蔽己與赫胥黎反對盲目信仰的趨向大體一致，那麽，其不以己自蔽的要求則意味著超越一己之感覺，由自我的經驗麵向外在的事實。胡適多少已注意到了這一點，在引入實證論（赫胥黎）的懷疑方法之時，胡適也肯定了清代樸學反對專己自蔽、強物從我的觀念，把注重證據視為懷疑方法的核心，並以這種理解對赫胥黎的存疑主義作了新的詮釋：“嚴格的不信任一切沒有充分證據的東西——就是赫胥黎叫做“存疑主義”的。”[45]不難看出，在對懷疑方法的如上界定中，側重之點已由現象主義的原則（認識無法超越經驗—現象之域）轉向了無證不信（以事實為立論依據）；存疑的方法與樸學治學原則的如上融合，其意味與赫胥黎的實證論主張已頗有不同。
當然，清代樸學作為傳統學術思潮具有雙重性質，一方麵，其研究範圍包括語言文字、天文、曆算、金石等，這些學科本身具有科學的屬性，正是在對這些具體學科的研究中，清代樸學提出了無證不信的原則；另一方麵，樸學又具有經學的性質，其考證以群經為中心，天文、曆算等隻是經學的附庸，後者使清儒很難擺脫尊經的傳統。在清儒看來，五經本身便可視為判斷是非的標準：“六藝者，群言之標準，五經者，眾說之指歸。”[46]這種經學的眼界，使清儒未能一以貫之地堅持“不以人蔽己”。從以五經為指歸的前提出發，清儒強調對經義隻能信，不準疑：“治經斷不敢駁經”[47]。它表明，清儒作為經學家，並未越出經學獨斷論的思維框架。
作為近代科學方法的信奉者，胡適確認了樸學無證不信的原則，但對其奉五經為圭臬的趨向卻不以為然。他一再批評樸學“過於尊經”，並明確申言：“尊經一點，我終究以為疑。”[48]由反對尊經，胡適進而將存疑的方法與批判的態度聯係起來：“科學隻要求一切信仰須要禁得起理智的評判”[49]。所謂評判，也就是“重新估定一切價值”，它具體表現為以存疑的態度對傳統的思想製度作理性的審察。例如，對於相傳下來的製度風俗要問：“這種製度現在還有存在的價值嗎？”對於古代遺留下來的聖賢教訓要問：“這句話今日還是不錯嗎？”重新評定一切價值，本是尼采在19世紀末提出的口號，正如赫胥黎的存疑主義主要從認識論上拒斥了獨斷的神學信條一樣，尼采的這一主張著重從價值觀上對傳統價值係的合理性提出了質疑，胡適將二者合而為一，不僅克服了樸學所內含的尊經與闕疑的矛盾，而且相應地揚棄了傳統的經學獨斷論。
然而，由批評清儒不敢疑經，強調以存疑的態度評判一切，胡適似乎又走向了另一極端。從如下的議論中，我們不難窺見此點：“疑古的態度，簡要言之，就是‘寧可疑而錯，不可信而錯’十個字。”“就是疑錯了，亦沒有什麽要緊。”[50]在此，懷疑的原則多少被賦予一種抽象的性質，從而開始遊離事實的根基，這種凡疑皆好的主張，實質上將存疑理解為一種主觀的態度，它在某種意義上可以視為實證主義強化主體經驗的片麵引申。從無證不信到以疑為是，胡適終於又未能避免落入實證論的歸宿。
作為胡適在方法論上的重要來源之一，實證主義一開始便與進化的觀念結下了不解之緣。如前所述，孔德將人類精神的發展概括為三個階段，即所謂神學階段（虛構階段）、形而上學階段（抽象階段）、科學階段（實證階段），三者呈現為一種依次遞進的關係，這裏已內在地蘊含著一種進化的觀念。斯賓塞更明確地將進化視為一種普遍的現象，以為從生物界到社會領域，從物質到精神都呈現為一種進化過程，而哲學的任務便在於揭示這種普遍的進化規律。當然，在孔德與斯賓塞那裏，進化的觀念還缺乏實證科學的依據，因而多少帶有思辨的形式。當達爾文的生物進化論橫空出世後，進化的觀念便得到了進一步的強化。赫胥黎即是進化論的堅定信奉者，他與神學的論戰，意義之一便在於捍衛進化論，而《進化論與倫理學》一書，更是以發揮進化論思想為主要內容。對進化論的注重，同樣體現在第二代實證論上，從杜威的實用主義哲學中便不難看到這一點；作為實證論的變種，杜威的實用主義與生物學（包括生物進化論）有著密切的關聯。從理論上看，實證主義之傾向進化論，乃是其拒斥獨斷論的基本立場的邏輯引申。與形而上學的獨斷論追求一種凝固的本體世界相對，進化論以變動的過程打破了永恒的狀態，從而為反形而上學的實證論原則提供了某種根據。
實證主義與進化論的親緣關係，在胡適那裏亦得到了折射。事實上，早在少年時代，胡適便已受天演論（進化論）的洗禮，胡適之名（適）、字（適之）即取自天演論；實用主義的熏陶，又進一步強化了其對進化論的信奉。不過，與實證論（包括實用主義）較多地將進化論與反形而上學聯係起來有所不同，胡適更側重進化論的方法論意義：“進化觀念在哲學上應用的結果，便發生了一種‘曆史的態度’（The Genetic method）。”[51]所謂曆史的態度，也就是曆史主義的方法。
胡適在將進化論引向曆史的方法之後，又以此作為總結、概括傳統方法的前提，並對清代樸學作了相應的闡釋。他注意到了清儒在治學過程中具有“曆史的眼光”，並肯定以曆史眼光從事的考證是一種“客觀的研究”。而胡適本人的整理國故，也試圖將二者結合起來。在對國學方法作規定時，胡適曾指出：“國學的方法是要用曆史的眼光來整理一切過去文化的曆史。”[52]前文已提及，注重曆史考察是清儒治學的重要特點。乾嘉學者盧文弨曾對樸學的曆史方法作了言簡意賅的概括：“學固有自源而達流者，亦有自流以溯源者。”[53]所謂“自流以溯源”，是指通過曆史的回溯，把握對象的原始狀況，然後將對象的原貌與現狀加以比較，以弄清事實的真相；“自源而達流”，則要求在把握對象的最初狀況之後，進一步考察它在各個演變階段的不同特點，以辨古今之異。胡適對樸學方法的評析，多少有見於傳統的治學方法的以上特點。
不過，作為曆史考據學，樸學注重“求於實”，亦即分別地考訂具體事實，而不是把材料聯係起來作總體上的研究，這就決定了其自源達流主要著重於明古今之異，即把握對象前後變遷的不同特點，而未能將揭示各個演變階段之間的規律性聯係放在突出地位。清代史學家章學誠已尖銳地指出了這一點，以為乾嘉學者僅僅停留於史實的證核，而未能進一步“推明大道”。章學誠在史學上屬於浙東學派，後者導源於清初的黃宗羲，其特點在於注重明道（把握曆史過程的內在聯係），如黃宗羲在《明儒學案》中便已提出了揭示“數百年之學脈”的要求。這一思想在章學誠那裏得到了進一步的發揮。章氏以為，六經皆器，器即典章事實，而道便內在於器之中，由此，章氏主張“即器明道”，即從古代文獻所記載的曆史事實中推明其道，這些看法，對樸學無疑具有糾偏的意義。
胡適在吸取樸學溯源達流之方法論思想的同時，又肯定章學誠“即器明道”的觀點“自是一種卓識”[54]。並進而將浙東史學推明大道的曆史主義方法與進化論結合起來，以後者為曆史方法的根據，從而超越了樸學的眼界。這裏似乎是一個具有二重意義的過程：一方麵，出入樸學這一治學背景，使胡適比較具體地把握了清代學者的治學特點；另一方麵，將溯源達流與推明大道建立在進化論的基礎之上，又使傳統的曆史方法得到了深化。這種深化主要表現在如下兩個方麵：
其一，將明變的觀點納入曆史方法之中。胡適認為，進化論必須研究“天地萬物變遷”的曆史，這種觀念運用於曆史研究，就表現為明變。所謂明變，旨在“使學者知道古今思想沿革變遷的線索”，亦即把握對象的曆史聯係。[55]較之樸學僅僅停留於辨古今之異，這種要求顯然體現了更開闊的視野。其二，由明變而求因。進化論不僅要求明萬物的曆史變遷，而且要揭示“天地萬物變化的原因”，後者在曆史考察中具體表現為揭示前因後果：“凡對於每一種事物製度，總想尋出他的前因與後果，不把他當作一種來無蹤去無影的孤立東西，這種態度就是曆史的態度。”[56]如果說，明變主要是把握對象的前後線索，那麽，求因則要求進一步探明這種線索中所包含的因果聯係，由明變而求因，也就是由知其然到知其所以然。愛因斯坦認為：近代科學研究的特點之一，就是“鼓勵人們根據因果關係來思考和觀察事物”[57]。從這一意義上說，把求因引入曆史考察之中，也就意味著將曆史主義觀點與近代科學方法溝通起來，從而使傳統的曆史方法多少獲得了近代的形態。
然而，作為實用主義者，胡適對進化論及因果關係的理解仍深深地受到了實證論的製約，後者同時體現於其曆史方法之上。按照胡適的看法，實驗主義（即實用主義——引者）隻承認那一點一滴的進步“進化不是一晚上攏統進化的，是一點一滴的進化的”[58]。基於這一論點，胡適把曆史的線索主要視為外在的、偶然的關聯，而對事物本質聯係的把握，則相應地被摒斥在曆史考察之外。在這方麵，胡適並沒有離開實證主義的立場。
這種實證論的立場更明顯地表現在胡適的因果論上。孔德曾把事物的規律性聯係歸結為現象之間的“先後關係和相應關係”，並由此拒絕對事物內在原因的探求。與之相承，胡適也將因與果還原為一種前後的相繼關係，以事物的前一頭為因，後一頭為果，而明變求因則無非是抓住這前後兩頭。[59]和西方的實證主義一樣，胡適對因果關係的這種理解，基本上沒有超出休謨主義的視域。
從如上的因果觀出發，胡適進而否定了最後之因。他說：“治曆史的人，應該向這種傳記材料裏去尋求那多元的，個別的因素，而不應該走偷懶的路，妄想用一個‘最後之因’來解釋一切的曆史事實。無論你抬出來的‘最後之因’是‘神’，是‘性’，是‘心靈’，或是‘生產方式’，都可以解釋一切曆史。但是，正因為個個‘最後之因’都可以解釋一切曆史，所以都不能解釋任何曆史了！”[60]對象產生或變化的原因確實往往是多重而非單一的，如果僅僅以某種一般模式去解釋各種具體對象，那就難免或者陷入形而上的思辨，或者導向機械論或還原論。然而，事物的發展固然受多重因素的製約，但這些因素並非彼此並立，其間往往存在著支配與被支配、主導與非主導等分別。一般而論，對象的性質及演進方向，總是由占主導地位的根本原因所規定。胡適否定最後之因，固然有反對思辨哲學的一麵，但同時亦意味著以多元的、個別因素的羅列排斥對事物根本原因的探求，後者的邏輯結果則是停留於現象的描述，它既難以對事物作出如實的解釋，亦無法正確地預測其發展方向。可以看出，在實證論的製約下，胡適明變求因的曆史方法始終未能突破現象主義的界限。
存疑的態度與明變求因從不同的方麵對科學方法作了規定，由此進一步形成的問題是：從總體上看，科學研究過程究竟包含哪些環節？對此，胡適作了如下概括：“科學方法隻不過是大膽地假設，小心地求證。”[61]從某種意義上說，正是這一經典式的表述，構成了胡適方法論思想的核心，而胡適在現代思想史上的影響，也往往更多地與之相聯係。
胡適對科學方法的如上概括，有其實用主義的淵源。杜威曾將思維過程規定為五步：第一步，疑問的產生；第二步，確定疑問之所在；第三步，提出解決疑問的假設；第四步，推繹出假設所包含的結果；第五步，通過驗證以接受或拋棄這種假設。[62]這一思維過程論既是其探索理論的具體化，又具有方法論的意義。胡適在《實驗主義》一文中，便著重從方法論的角度對此作了詳盡的介紹和闡釋，而其大膽假設、小心求證的研究程序，在某種意義上亦可視為五步法的一種簡化形式。
不過，作為實用主義者，杜威對怎樣求真並不感興趣，他的著重之點在於如何達到善的結果，與這一基本趨向相應。杜威的五步，並不表現為一種認知的方法，其功能主要在於擺脫困境（從疑難走向確定）。胡適盡管也把疑難的解決提到突出的地位，但他所說的大膽假設，並不僅僅以主體對確定性的追求為內容，在這方麵，他的看法似乎更傾向於近代科學方法中的認知之維，而後者同時又成為他反觀清代樸學的理論出發點。清儒在治學中注重創新，戴震曾將這一原則概括為“但宜推求，勿為株守”[63]。株守是拘泥成說，推求則是通過創造性的思考，提出新的見解，這種見解最初未必以定論的形式出現，而往往帶有嚐試的性質，其形式接近於假設。不過，在清儒那裏，由推求而提出創見，並不僅僅在於解決主體的疑難境地。如前文所述，它主要在於弄清對象的真相。胡適已注意到了這一點，在他看來，清代樸學之所以成就空前，“正因為戴震以下的漢學家注釋古書都有法度，都有客觀的佐證，不用主觀的猜測”。由此，胡適又進而對樸學的治學方法與西方近代實驗方法作了溝通，肯定二者具有內在的一致性，並由此確認了樸學求是原則的科學性質。
樸學推求創新與求是相統一的治學方法在獲得了科學的闡釋之後，轉而又對胡適本身產生了影響。事實上，當胡適以實事求是為存疑方法之內核時，已浸染了樸學的精神。這一點同樣體現在胡適對假設—求證方法的理解上。前文曾提及，“大膽假設，小心求證”的方法論總則與杜威的探索方法存在理論上的淵源關係，但後者並不是胡適運用的唯一的資源。如果作更全麵地考察則不難看到，胡適對科學研究程序的如上規定，同時又有其傳統的根源。如果說，杜威的探索理論使胡適強調了嚐試性的假設在科學研究中的作用，那麽，清代學者將創新與求是統一起來的思路，則使胡適多少注意到了假設的認知功能。胡適曾說，“假設不大膽，不能有新發明”[64]。這裏的“發明”也就是科學的發現，其目標在於揭示對象自身的內在規定（求真），它與實用主義追求效用（善）的目標取向，意味似乎頗有不同。
胡適確認假設在科學發現中的意義，從另一方麵看又意味著對發現方法的注重，在這方麵，胡適的思路有別於後來的邏輯實證主義。邏輯實證主義誠然十分重視科學方法，並對此作了多方麵的探討，但他們往往又存在著一種共同的趨向，即主要把科學方法理解為一種證實的方法，至於發現過程，則常常被歸入心理學之域。他們對科學研究程序的規定，也基本上限於驗證過程的設計與展開。這既體現了邏輯實證主義偏重於理論的邏輯建構，而相對忽視理論的發展過程的立場，也與其對科學研究本質的看法相關。按邏輯實證主義之見，科學研究並不是一個摹寫對象的過程，知識不外是對主體經驗的邏輯重建，就此而言，邏輯實證主義與實用主義確實存在理論上的一致性。[65]相形之下，胡適將“大膽的假設”首先理解為一種發現的方法，似乎還不像邏輯實證主義那樣褊狹。盡管胡適對科學發現方法的闡釋不見得有多少深度，但肯定科學方法的發現功能對完整地理解科學方法的作用，無疑是有意義的。
科學研究的展開過程，總是涉及歸納與演繹的關係。作為經驗主義的流派，實證主義往往較為注重歸納方法。在第一代實證主義那裏，這一趨向表現得更為明顯。穆勒便認為，傳統的三段論（演繹邏輯）隻是解釋一般命題的方法，唯有歸納才能提供並驗證一般的命題。按照這種理解，演繹並不能視為獲得新知的方法。這種看法深深地影響了中國的近代哲學家，如嚴複便把演繹看作一種思辨，以為它始終無法超越已知：“夫外籀之術，自是思辨範圍。但若純向思辨中討生活，便是將古人所已得之理，如一桶水傾向這桶，傾來傾去，總是這水，何處有新智識來？”[66]由此，嚴夏得出如下結論：“格致真術，存乎內籀。”[67]這種觀點和穆勒的歸納主義大致一脈相承。與嚴複不同，胡適對穆勒輕視演繹的偏向頗有異議：“彌爾和倍根都把演繹法看得太輕了，以為隻有歸納法是科學方法。”[68]在胡適看來，歸納與演繹都是科學方法的必要環節，二者不可分離：“科學方法不單是歸納法，是演繹和歸納互相為用的，忽而歸納，忽而演繹。”[69]對歸納與演繹關係的如上理解，當然還存在著把二者並列起來的機械論傾向，不過，相對於歸納至上的正統實證論，它無疑又體現了一種不同的眼光。
演繹在思維行程上表現為從一般原理到特殊事實的推論，與確認演繹方法的作用相應，胡適強調在整理、研究經驗材料時，必須以學理為指導：“有了學理作參考材料，便可使我們容易懂得所考察的情形，容易明白某種情形有什麽意義。”[70]所謂以學理做參考比較，也就是運用一般理論知識對具體對象加以比較分析，以揭示其性質與特點。胡適特別指出要引入西方科學研究成果，“歐美日學術界有無數的成績可以供我們參考比較，可以給我們開無數新法門”[71]。這些看法，與後來的邏輯實證主義頗有不同。邏輯實證主義將有意義的命題區分為分析命題與綜合命題兩類。所謂綜合命題，也就是經驗範圍的觀察陳述。為了保證觀察陳述的客觀性，邏輯實證主義往往要求淨化一般的理論觀念。盡管他們後來也承認觀察中總是難免滲入理論，但這一事實往往成為懷疑認識能否真正把握原始對象的根據。相形之下，胡適似乎更多地從積極的方麵考察理論背景在研究過程中的意義。
對科學方法的以上理解，構成了胡適評判清代樸學的治學方法的前提之一。在總結清代樸學方法時，胡適一再肯定清儒的方法是歸納與演繹並用的科學方法。[72]如前文所論及的，清代樸學雖然以歸納為重，但並不偏廢演繹，二者的關係表現為會通其例與一以貫之的統一。所謂會通其例，是指通過比較分析，概括出一般的義例，這種義例包括音韻理論、校勘規則等；一以貫之則是在一般條理通則的指導下考察千差萬別的對象；前者主要是從個別到一般的歸納過程，後者則是由一般到個別的演繹過程。盡管樸學很少從一般方法論的層麵對歸納與演繹的過程作細致的規定，但其治學過程確實以樸素的方式體現了歸納與演繹的統一。當胡適批評穆勒輕視演繹時，其方法論立場無疑更多地傾向於清代樸學的如上觀念。
注重條理分析是清儒治學的另一特點。清代學者認為，古代的文獻典籍及音韻文字並不是雜亂無章的，“循而考之，各有條理”。唯有把握這種條理，才能對具體材料作出正確的分析和綜合：“務要得其條理，由合而分，由分而合。”[73]在考據領域，所謂條理，主要是指通過會通其例而獲得的普遍通則以及語言文字等理論。盡管在考據領域之外，清儒對理論思維的作用並未達到應有的認識，如他們往往將曆史事件與人物的宏觀分析及古代文獻的思想內容之評價視為“求於虛”，以為求於虛不如求於實。[74]然而，主張由明其理而分析具體對象，畢竟多少注意到了條理知識在整理材料中的作用。胡適曾敏銳地指出這一點，在他看來，清代樸學所以卓然有成，原因之一便是“以小學為之根據”[75]。所謂小學，亦即語言文字學理論。從邏輯上看，胡適正是由肯定理論在研究過程中的指導作用，進而確認傳統樸學方法的科學性質。
當然，胡適雖然注意到了學理的作用，但實用主義的浸染又使他對學理的看法帶有某種經驗論的色彩。如前所述，胡適將學理視為一種比較參考的材料，依此，則理論知識便似乎與經驗材料處於同一序列，而理論與經驗的並列，又往往容易導致二者的混同，從胡適的如下議論中，我們不難看到這一點：“經驗的活用就是理性。”[76]從經驗即理性的觀點出發，胡適常常把一般理論、主義貶為“抽象名詞”，這裏同樣表現明顯的經驗主義傾向。與如上傾向相聯係，胡適對演繹方法的理解也存在相當大的片麵性，他誠然注意到演繹是科學方法的一個環節，但卻未能注意數學方法在假設的推導、論證中的作用，在這方麵，胡適與穆勒、嚴複等無疑又有相近之處。[77]
從中國傳統方法論思想的演變看，嚴複著重於引入西方近代的“實測內籀”之學，其中既包括西方近代的科學方法，也內含著實證論的原則。王國維對實證論亦作了雙重理解，並開始注意到近代實證科學方法與樸學方法的溝通，但就總體而言，王氏更偏重於二者在曆史考證中的結合。作為胡適方法論思想來源之一的西學，同樣包含雙重內涵，即近代實驗科學的方法與實用主義的原則。不過，胡適在引入西學的同時，又力圖從一般方法論的意義上將二者與清代樸學的治學原則結合起來，這種交融在科學主義思潮的演化中具有不可忽視的意義。
在近代科學方法與傳統治學方法的溝通中，不僅科學方法本身的內在環節得到了多方麵的闡發，而且實證論的偏向也獲得了某種限製；前者從肯定的方麵展示了科學方法的合理之維，後者則以否定的方式，疏離了理性化過程中的負麵規定。同時，西方近代的科學方法作為外來的觀念，在未能找到傳統的結合點時，往往會給人以異己之感，從而不容易為人所普遍認同與接受。嚴複的實測內籀之學在當時之所以未能產生廣泛的影響，與缺乏傳統的接引顯然不無關係。而近代西方的“科學實驗室態度”（胡適語）一旦與傳統樸學方法相互接軌，便開始在新的文化環境中獲得了傳統的根據，並相應地具有了某種合法性，從而不再僅僅是一種異己之物。另一方麵，傳統方法的“科學性”又反過來印證了科學方法的曆史生命力：即使近代以前也同樣未能脫離科學的王國。如果說，合理性與合法性的如上結合，進一步賦予科學方法以一種可信而又可近的內在的力量，那麽，科學在前近代的存在，則似乎將曆史上的文化活動也囊括於科學之中。這樣，透過近代科學方法與傳統方法的溝通交融，我們可以再一次看到科學版圖的不斷擴展與科學地位的層層提升。