1923年，與張君勱以人生觀的演講拉開科玄論戰的序幕幾乎同時，顧頡剛發表了《與錢玄同先生論古史書》。在該文中，顧頡剛大略地提出了關於古史的看法，其要義是把古史理解為一個“層累地造成”的過程。盡管文中的某些觀點此前已開始醞釀，但其明確的表述，則開始於此文。作為對曆史的一種理解，“層累地造成的古史”觀並不僅僅限於提供某種曆史演化的論點，它的更深層的意義在於對傳統的古史係統提出新的詮釋，而這種詮釋一開始便是在科學的旗幟下展開的。顧頡剛曾自述，“我的性情竟與科學最近”，其理想則是以“現代科學家所用的方法”[1]來治史。正是以科學的方法為手段，顧頡剛對傳統古史觀大膽地提出了挑戰，並由此引發了關於古史的持久討論，而顧頡剛本人則成為古史辨中的風雲人物。
古史辨的主流是疑古，顧頡剛對古史係統的重新解釋，以質疑原有係統為其邏輯前提。他由辨偽書入手，進而萌發了“推翻偽史的壯誌”[2]。在比較了《詩經》《尚書》《論語》有關古史的觀念之後，顧頡剛對堯、舜、禹的地位發生了極大的疑問。就禹而言，在《詩經·商頌》中，禹被視為開天辟地的神，在《詩經·魯頌》中，禹開始被看作最早的人王，在《論語》中，禹更具體地被描繪成一個耕稼的人王。堯舜的傳說也經曆了類似的過程：《詩經》和《尚書》（除了首數篇）中沒有提到堯和舜，《論語》開始論及他們，但語焉不詳；而在更後起的《堯典》中，其德行政事才逐漸具體化。至於伏羲、神農、黃帝等，盡管他們在傳統的曆史係統中居於前列，但在文獻記載中卻是晚出的人物。由此，顧頡剛對傳統的古史係統作出了如下概括：這種傳說係統是層累地造成的。所謂層累地造成是指，第一，時代愈後，傳說中的古史愈長；第二，時代愈後，傳說中的中心人物愈放愈大。[3]質言之，越是早出的文獻，所涉及的古史越短；越是晚出的文獻，它所構造的曆史便越長。從邏輯上說，後起時代的人，似乎不應詳盡地記敘前代人尚未提及的人物和事件，因此，這種記敘的可靠性便是值得懷疑的。
顧頡剛的疑古思想有其多重理論來源。從曆史上看，劉知幾、鄭焦、崔述、章學誠、姚際恒等史學家對顧頡剛的思想產生了不可忽視的影響。顧頡剛後來曾回憶，在讀了劉知幾的《史通》、章學誠的《文史通義》後，逐漸意識到研究曆史應當走“批評的路子”。同樣，鄭焦的《通誌》也使他看到了一種批判的精神；在顧頡剛看來，這部著作具有獨創性：“敢於批評前人，和清朝人的全盤接受前人的做法不同”[4]。姚際恒與崔述是顧頡剛所推崇的另外二位思想家。姚際恒係清初思想家，著有《九經通論》等著作，在經學研究中以勇於懷疑著稱。其《九經通論》共170餘卷，分《存真》《別偽》兩類，涉及了不少儒家經典的真偽之辨。姚際恒的著作大多已佚失，顧頡剛特花費了大量時間，重新發現了其中的四部。由注重姚際恒的辨偽，顧頡剛又進而傾心於崔述的考信，所謂考信，也就是考而後信。對姚際恒與崔述辨偽考信工作的回顧，在某種程度上引發了顧頡剛對古史的重新省察：“從姚際恒牽引到崔東壁，我們懷疑古史和古書中的問題又多起來了。”[5]可以看到，從劉知幾到崔述的批判精神與辨偽，構成了顧頡剛疑古思想的傳統來源。
然而，經傳的辨偽與古史的存疑畢竟有所不同：後者涉及更廣意義上的觀念轉換。事實上，顧頡剛的疑古思想，亦並非僅僅是曆史上辨偽傳統的簡單延續，它更有其近代的思想背景。從學術思想看，章太炎和康有為是對顧頡剛產生重要影響的兩位近代思想家。章太炎上承王陽明、章學誠，將六經視為史，並把孔子看作曆史上的哲人和學者，從而衝擊了經學獨尊的觀念，顧頡剛在大學期間，常常去聽章太炎的講座，章氏的觀點對顧頡剛走出經學之域、以新的眼光審視曆史無疑具有觸動作用。與章太炎在經學上互為水火的康有為，給顧頡剛的是另一種影響。康有為在《孔子改製考》中指出：上古事茫昧無稽，孔子時夏殷的文獻已苦於不足，何況三皇五帝的史事。顧頡剛讀後，對“長素先生這般的銳敏的觀察力，不禁表示十分的敬意”[6]。康有為的這種存疑態度及《新學偽經考》中的疑古精神，對顧頡剛懷疑古史同樣具有激發的作用。
章太炎、康有為雖然尚未完全擺脫經學的門戶，但其學術思想所體現的卻是一種近代的觀念。無論是章太炎的等觀經史，抑或康有為的辨偽存疑，都蘊含著對傳統價值觀的偏離。在陳獨秀、胡適那裏，這種偏離進而引向了對傳統價值係統更為激烈的衝擊，後者在顧頡剛的思想中也有所折射。顧頡剛在北京大學學習期間，便已留意陳獨秀主編的《新青年》，它所代表的新思潮，為顧頡剛的疑古史觀提供了更直接的推動力量。顧頡剛在《古史辨·自序》中曾談到了這一點：“以前我雖敢作批評，但不勝傳統思想的壓迫……到這時，大家都倡思想革新，我始有打破舊思想的明瞭的意識。”[7]《新青年》以民主和科學為旗幟，而科學的精神又常常被理解為不盲目信從傳統的觀念，對古史的存疑態度，可以看作是這種科學精神的體現。
科學觀念所蘊含的懷疑精神，在胡適那裏同樣得到了多方麵的展示。胡適在北京大學講中國哲學史，以《詩經》作時代的說明，撇開唐虞夏商，從周宣王講起。這一曆史序列，實際上懸置了三皇五帝的傳說時代，它對顧頡剛質疑傳統的古史係統提供了一個具體的範例。顧頡剛後來在《古史辨·自序》中自述，“從此以後，我們對於適之先生非常信服”。除了對古史的具體論述外，胡適還從方法論的層麵，提出了存疑的原則，主張“以懷疑的態度研究一切”。作為一種方法論原則，懷疑的態度要求對一切以往的觀念、信仰、學說等重新作批判的審察，它從更普遍的層麵引導了顧頡剛的史學研究。
如果說，姚際恒、崔述等的辨偽還帶有某種學術異端的意味，那麽，近代思想家，特別是陳獨秀、胡適等的工作則更多地體現了對科學理性的追求。事實上，陳獨秀、胡適當時都是科學的推崇者，《新青年》的兩大旗幟之一，便是科學；而胡適的存疑原則，也首先歸屬於所謂科學方法。同樣，在顧頡剛那裏，對古史的存疑，也與科學的理性相聯係。顧頡剛曾對治學原則作了這樣的規定：“今既有科學之成法矣，則此後之學術應直接取材於事物。”[8]而從疑古的角度看，科學的成法又體現為一種理性的精神：
到了現在，理性不受宗教的約束，批評之風大盛，昔時信守的藩籬都很不費力地撤除了，許多學問思想上的偶像都不攻而自倒了。[9]
我的心目中沒有一個偶像，由得我用了活潑的理性作公平的裁斷，這是使我極高興的。[10]
理性與宗教分野的背後，是科學與信仰的對峙；理性擺脫宗教的約束，意味著科學對信仰的超越。在此，科學的立場與理性的態度融合為一，它既構成了對古史存疑與自由批評的前提，又為這種存疑與批評提供了內在的推動力。在顧頡剛的古史辨中，確實可以看到一種科學的理性精神。
存疑當然並不是疑古史觀的全部內容，從史學研究的角度看，對古史的存疑，本身需要經過論證，後者則涉及具體的治史方法。與胡適相近，顧頡剛對清代學者的治學方法甚為推重。他曾作《清代著述考》，對清代學者的著述版本等作了考證和輯錄。顧頡剛後來自述：“從這種種的輯錄裏，使我對於清代的學術得有深入的領會。我愛好他們的治學方法的精密，愛好他們的搜尋證據的勤苦，愛好他們的實事求是而不想致用的精神。”[11]從顧頡剛對古史的考辨中，我們不難看到清代學者無證不信、嚴於求是的治學原則對他的影響。清代學者的治學方法之所以為顧頡剛所注重，首先在於這種方法體現了科學的精神。也正是基於科學的精神，顧頡剛在肯定清代學者治學方法的同時，又批評清代學者往往“縛於信古尊聞的舊思想之下”，亦即未能完全以科學的態度打破傳統的信仰。
對顧頡剛來說，清代學者治學方法中所體現的科學精神，主要便是一種實證的觀念。顧頡剛早年曾對宇宙人生的問題表現出較大的興趣，希望通過哲學的研究來解決這方麵的困惑；其大學時主修的專業，便是哲學。但後來逐漸意識到，用盡人類的理智，固然可以知道許多事物的真相，但所知道的也隻是很淺近的一點，而非全宇宙。形而上的玄想（所謂“與造物者遊”），不及“科學家的憑了實證”去研究具體的對象。[12]這裏已表現出注重實證研究、疏離形上思辨的趨向。顧頡剛後來自稱“也算得受過科學的洗禮”，此所謂洗禮，首先體現於科學方法的層麵。顧頡剛所理解的科學方法，更多地與歸納相聯係，在他看來，“惟有用歸納的方法可以增進新知”[13]；實證的研究無非是通過對經驗材料的分析歸納以獲得某種假設，然後以新的經驗材料（證據）去修正完善這種假設，使之逐漸近真。
歸納—實證的科學研究程序在古史辨中被提到了十分重要的地位。顧頡剛便一再主張“用科學的方法去整理國故”，並認為盡管其治史過程已具體地運用了這種科學方法，但仍需進一步向科學化的理想之境努力：“我很想得到些閑暇，把現代科學家所用的方法，弘綱細則根本地審量一下，更將這審量的結果把自己的思想和作品加以嚴格的批判，使得我真能用了科學方法去研究而不僅僅是標榜一句空話。”[14]不難看到，自覺而完備地運用科學方法，構成了顧頡剛真誠的追求；疑古思潮的展開，在某種意義上可以看作是上述科學追求的邏輯結果。這種科學的追求，同時也從一個方麵展示了科學主義的立場。事實上，顧頡剛往往將曆史考察中的辨偽，視為類似自然科學的研究，認為對偽書偽史“須經過一番化學的分析工夫”[15]。這裏確乎亦可看到科學的某種泛化。
就具體的曆史研究而言，顧頡剛的獨創性主要表現在提出了層累地造成的古史這一假說。這既是一種曆史觀，又是一種曆史研究方法。作為曆史觀，其內容包括前文曾提到的幾個方麵：其一，時代越後傳說的古史期越長；其二，時代越後，傳說中的中心人物越放越大；其三，我們在這上，即不能知道某一件事的真確的狀況，但可以知道某一件事在傳說中的最早的狀況。[16]至於它的方法論內涵，胡適曾做了如下概括：首先，把每一件史事的種種傳說，依先後出現的次序排列起來；其次，研究這件史事在每一個時代有什麽樣子的傳說；再次，研究這件史事的漸漸演進，由簡單變為複雜，由陋野變為雅訓，由地方的（局部的）變為全國的，由神變為人，由神話變為史事，由寓言變為事實；最後，遇可能時，解釋每一次演變的原因。[17]無論是曆史觀，抑或曆史方法，其中都蘊含著一種曆史主義的觀念，顧頡剛在《古史辨·自序》中，亦明確地肯定了這一點：“研究曆史的方法在於尋求一件事情的前後左右的關係，不把它看作突然出現的。”[18]古史辨的工作，在相當程度上也在於疏通曆史的源流。
疑古派的曆史主義原則在胡適那裏得到了較為自覺的表述。胡適在古史討論中一開始便站在疑古派的立場之上，盡管他在具體的史實辨析方麵並沒有提出係統的看法，但在方法論上卻儼然被奉為立法者。古史辨的主將顧頡剛曾說：“要是我不親從適之先生受學，了解他的研究的方法，我也不會認識自己最近情的學問乃是史學。”[19]顧頡剛的曆史觀念，同樣主要源自胡適。作為疑古方法的主要奠基者，胡適對曆史方法予以了相當的關注並作了多方麵的論述。按照胡適的理解，曆史方法固然古已有之，但近代意義上的曆史主義原則，卻有其科學的依據，這種科學依據便是進化論：
進化觀念在哲學上運用的結果，便發生了一種“曆史的態度”（The Genetic method）。[20]
如前所述，進化論首先是一種生物學領域的科學理論，胡適將曆史態度視為進化論的運用，既是從方法論的層麵對進化論的提升，又在某種意義上將曆史主義的方法歸屬於實證科學之下。這裏不難看到科學觀念對曆史研究的統攝。
作為實證科學的具體運用，曆史方法往往指向事實之真。盡管疑古派並沒有對曆史本身的演變狀況做係統的考證，但卻對不同時代的曆史傳說做了相當細致的梳理和考辨。如就文獻記載而言，周代所記載的“禹”與戰國文獻中的“禹”，便有很多明顯的差異，比較這些差異，便可以知道不同時代對某些曆史人物的不同理解。曆史傳說中的真固然不同於曆史本身的真，但仍屬於廣義的真；從而，揭示曆史記載的客觀狀況並沒有離開求真的過程。對真的這種追求，與實證科學無疑也呈現相近的趨向。
當然，在求真的形式下，疑古思潮還具有另一重意義。如前所述，疑古觀念的發生，一開始便與理性評判精神相聯係，理性的評判精神的興起則以科學與民主的時代思潮為其背景。這種曆史聯係，使疑古史觀本身也內含了某種價值觀的意蘊。事實上，疑古派對此亦有自覺的意識。顧頡剛曾指出：“我們雖隻討論古書和古史，但這個態度如果像浪花般漸漸地擴大出去，可以影響於它種學術上，更影響於一般社會上。”[21]質言之，古史的討論不僅僅涉及某一領域的學術問題，它同時包含著普遍的社會意義。古史辨的這種社會內涵，與科學精神（理性精神）的普遍性存在著邏輯的一致性。
古史討論展開之時，經學的時代雖然已經過去，但蒙在傳統經典之上的神秘色彩並沒有完全消失。疑古派從科學的理性精神出發，在辨析古史的同時，亦對經典作了某種還原的工作。顧頡剛曾分析了《易經》《詩經》的性質，摒棄了將二者視為神聖經典的傳統看法：“於《易》則破壞其伏羲、神農的聖經的地位而建設其卜筮的地位；於《詩》則破壞其文武周公的聖經的地位而建設其樂歌的地位。……《易》本來是卜筮，《詩》本來是樂歌，我們不過為它們洗刷出原來的麵目而已，所以這裏所雲建設的意義隻是‘恢複’。”[22]經學代表的是傳統的意識形態，它往往賦予某些古代文本以價值觀意義，經學經典的還原，意味著消除這些文本的意識形態意義，使之成為科學研究的對象。
曆史地看，傳統的古史係統與傳統的價值體係之間有著難分難解的聯係，傳統的價值觀念，往往以傳統的古史係統為其曆史的根據。就價值追求而言，傳統的觀念往往將三代視為理想的社會形態，以為三代以後，曆史常常每況愈下；由此形成的是一種理想在過去的價值取向。疑古派以存疑的眼光重新審察古史，以往被理想化的時代受到了理性冷峻的考辨。顧頡剛後來明確主張“打破古代為黃金世界的觀念”，認為“我們要懂得五帝三王的黃金世界原是戰國後的學者造出來給君王看樣的，庶可不受他們的欺騙。”[23]如果說，對某些古代史事、古代人物的存疑，主要展示了一種新的曆史觀，那麽，推翻古代為理想社會的觀念則表現了對傳統價值觀的衝擊。可以看到，古史的辨析與價值觀的轉換在疑古思潮中呈現出互動的格局。盡管疑古派中的人物（如顧頡剛）一再主張“在學問上隻當問真不真”，但其治史的過程並沒有完全忘卻價值的關懷。
疑古派以理性的存疑、評判精神和實證的態度、方法解構了傳統的古史係統，也以這種理性精神和實證態度解構了傳統的價值係統。無論是理性的精神，抑或實證的態度，都涵蓋於廣義的科學觀念之下；從而，對古史與傳統價值體係的解構，亦可視為科學觀念的展開。前文已一再提到，20世紀初的科學已逐漸獲得了價值—信仰體係的意義，疑古派在運用科學方法進行實證研究的同時，似乎又從一個方麵凸顯了科學的價值觀意義。古史討論與差不多同時的科玄論戰彼此呼應，使科學之“道”既製約了形而上的人生觀，又滲入了史學這一具體知識領域。