正德五年（1510年）十一月，做了七個月廬陵知縣的王守仁，奉命到北京朝覲，官複原職為兵部主事。此後職位頻繁變動，又任文選清吏司員外郎、南京太仆寺少卿、南京鴻臚寺卿等。
回顧從貴州龍場的深山老林回到自己熟悉的仕宦環境，身邊又多有弟子和師友，使他有時間和條件琢磨切磋，深化和發展自己的思想。在京師興隆寺，他結識黃綰為友。又與湛若水比鄰而居，一同論學。拜他為師、聽他講學的人日漸增多，連官位居他之上的方獻夫也來從師受教。王守仁與他們講述在學風上沉溺於訓詁、考據、辭章之學的害處，探討重在身心的道德修養工夫。他時而分辨朱熹與陸九淵之學的不同，時而闡明儒家經典《大學》注重道德實踐修養的宗旨。對而倡導“靜坐”，希望學生在靜默沉思中掃除心中的邪思雜慮，體驗一下自己在龍場悟道時曾經有過的那種堅定似磐石，靜寂如清水般的心境；時而又強調“省察克治”，說明在進行道德修養時對待心中萌生的私念要像貓捉老鼠一樣全神貫注，毫不留情，“一眼看著，一耳聽著”，不讓它有絲毫得逞的機會。
自離開龍場，轉眼又過了六年，王守仁一麵為官，一麵進行學術探索，輔之以授徒講學的實踐，豐富和發揮了原有的知行合一思想。但“知行合一”，畢竟是他在謫居龍場那種特殊情境下的個人身心體驗，很難用言語向學生講得清楚，更不容易被那些終日居深宮大院，死讀詩書，錄章覓句，名利熏心，一心仕宦的庸僚們所理解。
王守仁發現，知行合一漸漸陷於知行關係的理論探討，靜坐修養又使一些人流入空虛，助長了不重實踐的習氣，全役有達到預想的效果。於是又提出“事上磨練”，想直截了當地告訴弟子，道德修養不能光靠讀書知解，須有一番真誠的“克己”工夫。“事上磨練”，作為“知行合一”的一種補救說法，也許當時並沒有被學者廣泛注意。但在王守仁自己，後來又確實有著一番事業上磨練的經曆，“致良知”的思想之所以提出趨於成熟，正是由於他有著這樣一段刻骨銘心的“磨練”曆程。
正德十一年，王守仁被兵部尚書王瓊舉薦升任右金都禦史，巡撫南康、贛州、汀州、漳州等處。當時，各地農民起義風起雲湧，江西、福建、廣東、湖南四省交界處山深林茂，地形複雜，起義軍山寨林立，形成浩大的聲勢。謝誌珊稱征南王，與藍天鳳、鍾景據橫水、左溪、桶岡等寨；池仲容稱金龍霸王，據廣東浰頭立寨。兩支隊伍互相呼應，活躍在贛粵邊境。此外，還有大帽山詹師富、大庚陳曰能、樂昌高仲仁、湖南龔福，他們各占一方，相互連成一片。
起義軍占地奪田，攻打州縣，造成明王朝的一方之患。他們有的白天下山耕作，晚上各回山寨；有的與當地百姓聯係密切，靠百姓傳遞情報，提供掩護。往常官兵“圍剿”，都是未等出動，他們早已先得消息，隱蔽起來。待官兵一走，他們馬上又活動起來，真是神出鬼沒。鬧得大小有司，束手無策，官兵迎戰，未等對壘便望風而逃。有一位巡撫，竟因此憂懼不安，告病辭職了。
明代時，贛南包括了贛州、南安兩府，在明初的行政上屬江西布政使司管轄，弘治八年，為了應付鎮壓閩贛湘粵四省交界地區的流民盜賊活動，明朝廷在贛南地區設立南贛巡撫，統轄以上四省的邊界地區。《明史》中記載此事如下“明年起督南贛軍務，南贛巡撫之設至南始”南贛巡撫的轄區時有變動，最盛時曾經管轄江西的贛州、南安兩府，廣東的韶州、潮州、南雄三府，惠州之平遠、程鄉二線，福建之汀州、漳州二府及湖廣之郴州，但贛州、南安兩府隸屬南贛巡撫則一直未變。
贛南位於江西南部，其東、西、南三麵與分別福建、湖南、廣東三省接壤，地處萬山峻嶺之中。在明初及以前，一直給人以“地曠人稀”的映像，“地大山深，疆域繡錯”，“漢唐以前，率以荒服視之”。楊士奇在任石城訓導時曾經形容
“贛為郡，居右江上流，，所治十邑皆僻遠，民少而散處山溪間，或數十裏不見民居。裏胥持公牒征兆，或行數日不底其舍，而岩壑深邃，瘴煙毒霧，不習而冒之，輒病而死者常什七八。江水險急，攤石如虎牙森立。……是以會府優視之，於賦役百需，常半減他郡”。
洪武年間安遠典吏楊霄遠亦言
“臣待罪安遠，知安遠一興一廢，立縣者三。又細訪縣中，不聞大姓，且少百外年之家，臣實不解其由。及行查鄉曲，一望林巒，非拾級登峰，丹崖絕壑，鳥道羊腸。臣不禁涕漣，寸心入碎。乃知安遠者，萬頃山岡一線田已矣！”
從上描述的情況來看，當時的贛南明顯是尚未開發完全的山區景象，瘴氣毒霧遍地，人口稀少，數十裏不見民居。但是到了明朝中期以後，情況逐漸得到了改變，人口增多，耕地增加，改變的原因主要是流民的到來。
明代中期以後，農民賦稅負擔日趨加重，加上自然災害等，使的大批農民不得不離鄉背井，淪為流民，到英宗正統時，出現了全國性的流民。運動，而贛南由於“地曠人稀”，仍有大量未開墾的荒地，成為了當時流民活動的重要場所。而實際上在明初，人民的流動和遷徙都是受到限製的，如正統二年就曾經規定
“(流民)若團住山林湖濼，或投托官豪勢要之家藏躲，拒抗官司，不服招撫者，正犯處死，戶下編發邊衛充軍，裏老窩家知而不首及占吝不發者罪同“
雖然明代民間自發而形成的流民活動屬於非法，明中期以後眾多流民還是衝破了官府的限製。成化年間，流民便開始陸續進入南贛地區，“（閔珪）成化六年擢江西副使，進廣東按察使。久之，以右僉臉都禦使巡撫江西。南贛諸府多盜，率強宗家仆”這裏的“強宗家仆”，應該就是自外地逃奔而來的流民。而“地方大戶並各屯旗軍，多有招集處處人民佃田耕種，往往相聚為盜，劫掠民財。……（流民）不計於版籍，身不役為差徭，出入自由，習成野性。往往強勁，多是此徒。”可見，贛南的大戶已經招攬附近的流民為佃戶，不過這些流民的到來卻“往往相聚為盜賊”，轉化為地方強盜。據曹樹基的研究，這些流民成分複雜，並非來自於同一個地區，但大致而言，以來自粵北、贛中和閩西為多。到了正德年間，贛南地區已經形成了眾多官府控製不到的“賊區”，如南安府的情況如下
“隨據統兵官員並鄉導人等呈送，自本年正月蒙本院撫臨以來，募兵練卒；各賊探聽消息，將家屬婦女什物俱各寄屯山寨林木茂密之處，，其各精壯賊徒，晝則下山耕種，夜則各遁山寨……該本道查得上猶縣附近巢穴，則有旱坑、茶潭等巢，南康縣則有長龍等巢，大庾縣則有狐狸坑、船坑等巢；多則三五百，少則七八十名。”
而贛州府南部的安遠、信豐等縣情況更加嚴重。
“臣所管轄地方俱係江湖閩廣邊界處，高山大穀，接嶺連峰，昔人號為盜區。然其最劇莫如黃鄉新民。其地屬贛之安遠，名雖一鄉，實比大縣，中間大帽山一山，環繞三百餘裏。正德年間何積玉、朱貴、強風等恃險憑高，巢窟其中，因而剽掠居民，攻陷城邑，害及四省，未暇悉成。”
從上麵兩條材料可以看出，當時贛南地區南安、贛州兩府流民為盜的情況已經相當普遍，一方麵流民的到來加速了贛南山區的開發，他們開墾荒地，，種植水稻和花生、甘蔗等經濟作物，使的贛南山區村落增多，人煙漸密，明代以前“地曠人稀”的生態麵貌得到了改變。但是另一方麵，大批流民“晝則下山耕種，夜則各遁山寨為賊”卻造成了當地治安的惡劣，官府疲於對付各大大小小的流民武裝。更為嚴重的是，為盜之分的蔓延已經使的當地幾乎出現了民和盜不分的情況，實際上，當時贛南並非所有的盜賊都是流民，其中也混雜著不少當地的裏甲編戶和明代以前就居住於此的“佘”、“瑤”等土著。
經曆了牢獄之災，以及顛沛流離的生涯，王守仁處於一種極度矛盾之中。首先自己已經身患肺病，如果再深入到潮濕的瘴氣之地剿匪，不知道還有沒有命回來，其次祖母年事已高，真是該盡孝的時候，於是王守仁上書一份請辭報告，就回浙江老家去了。
但是朝廷給王守仁下了三道指令，敦促他即刻赴任，不得延誤！