第二天，從正被中國軍隊占領的日本陸軍部大樓的一個地下室過道裏，幾個正在搜查大樓內是否有日軍遺留武器的中國憲兵意外的發現了幾個被密封起來的木頭箱子。憲兵們好奇的使用撬棍撬開了箱子上麵的鎖，打開一看，裏麵是裝得滿滿的日文文件。文件裏不多的一些漢字顯示這些文件是由日本陸軍部保管的一些日本大本營，五相會議和禦前會議的會議記錄。
不敢有絲毫怠慢的憲兵意識到這東西也許有極為重大的價值，連忙把這些箱子用軍用吉普送回了麻布區的中國占領軍臨時總部。
當劉建業見到這些文件，拿起來看了幾份以後，簡直如獲至寶。這些文件雖然不是很全麵，但是已經足以證明日本在戰爭期間的所有大規模軍事行動，都是得到日本天皇的親自收益和批準的，天皇決不是象後來的日本人所說的隻是一個傀儡。
“給我集中人力先把這批文件搶著整理出來，然後全力影印。”劉建業立即做出指示。
8月28日，第11空降師先遣隊在查爾斯;坦奇上校率領下，乘坐45架運輸機在厚木機場著陸，受到盟軍先遣部隊司令劉建業和日軍大本營情報部長有末精三中將的迎接。同一天，哈爾西龐大的第3艦隊緩緩駛入東京灣，包括他的旗艦“密蘇裏”號和英國太平洋艦隊司令布魯斯;弗雷澤的旗艦“約克公爵”號。29日下午，尼米茲乘水上飛機也來到東京灣，在“南達科他”號戰列艦上升起將旗。同一天，麥克阿瑟乘坐他的“巴丹”號C一54型座機從馬尼拉飛往衝繩。肯尼和艾克爾伯格已在那裏檢查工作，準備第2天實施大規模空運。
8月30日中午，美軍第八集團軍司令艾克爾伯格率第11空降師大部隊開始在厚木機場著陸，很快接管了機場。與此同時，哈爾西的海軍陸戰隊第4團在橫須賀登陸，進占海軍基地。麥克阿瑟在艾克爾伯格出發兩個小時後(艾克爾伯格曾請求麥克阿瑟在他到達厚木兩天後再來，但“他隻給了我兩小時”。)從衝繩起飛。他心情異常激動，手裏握著煙鬥在機艙裏走來走去，同助手惠特尼討論著日本的未來命運。“很簡單”，他說，“我們將利用日本政府這個工具來實行占領。”他談到要首先摧毀日本的軍事力量，然後建立一個代議製政府機構，釋放政治犯，解放農民，開展自由勞工運動，鼓勵自由經濟，廢除警察鎮壓製，建立一個自由而負責的新聞製度。他還談到要分散統治權力，賦予婦女選舉權。這時惠特尼插話說：“那樣日本男人會不高興的。”麥克阿瑟說：“我不管。我要使日本軍方名譽掃地。婦女不要戰爭。”說著說著，麥克阿瑟睡著了。
30分鍾後，即下午2時，經過5個小時的飛行，“巴丹”號已飛到美麗的富士山上空。惠特尼叫醒麥克阿瑟，讓他看富士山。“啊，富士山，真美呀！”麥克阿瑟歎道。接著，飛機很快傾斜，開始向厚木機場盤旋而下。惠特尼向下眺望，看到無數個防空炮位，不禁屏住了呼吸。倘若有哪個瘋狂的日本兵此時開起這些高射炮，在這個射程內不可能不擊中目標。然而，他的擔心是多餘的，什麽事也沒有發生。2時19分，機首上繪有呂宋島地圖和寫著“巴丹”字樣的C?54大型運輸機降落在厚木機場的跑道上，軍樂隊立即奏起迎賓曲。麥克阿瑟口銜玉米芯煙鬥第一個步出機艙。他在艙門口停了數秒鍾，抽了幾口煙鬥，環顧了一下四周，然後像演員走向舞台中央一樣，昂首走下舷梯。艾克爾伯格和先到的幾名軍官走上前來迎接他。他握著艾克爾伯格的手說：“嗅，鮑勃，從墨爾本到東京的路真是漫長，看來，這條路總算走到了盡頭。”
不久，肯尼乘另一架飛機也趕到了。他的參謀人員像往常一樣身上帶著手槍。麥克阿瑟叫他們把槍放回到飛機上，什麽武器也不帶。肯尼回憶說，這是個好主意，“收到了良好的心理效果。看見我們走在他們的國土上而不帶武器，給日本人留下了深刻的印象”。日本人所提供的據說是他們最好的、但實際上已破舊不堪的一隊汽車正等著他們。日本車隊的旁邊則是劉建業率領的盟軍先遣軍隊的整齊而嶄新的武裝車隊。麥克阿瑟上了一輛日本人找來的老掉牙的不知是什麽年代生產的林肯牌汽車。開道車是一輛燒木炭的紅色消防車，它在發動時發出一陣爆炸聲，使不少人驚得跳了起來。
從厚木到橫濱市區隻有20英裏的路程，但這短短的20英裏卻使艾克爾伯格等人坐立不安，猶如“一連串夢境般的幻覺”。路兩旁站著3萬名被解除了武裝的日軍警衛部隊，他們都背朝著車隊，令美國人感到奇怪。有人說，他們這樣做是按警衛天皇的方式以示尊敬。還有人說，這是為了確保不致發生任何不服從天皇停戰聖諭的日本人進行射擊的事件。但不管是出於什麽目的，惠特尼等人始終心存疑慮：這場麵是否真的是為了表示敬意和提供保護，這裏麵“有沒有某種處心積慮、神秘莫測和別有用心的動機？”他們一路上一直提心吊膽地注視著這支令人生畏的隊伍，生怕出現意外。由於日本人提供的汽車速度奇慢，途中又不斷拋錨，因此20英裏的路程竟走了整整兩個小時。在這兩個小時裏，艾克爾伯格說他連口大氣都沒敢出。
橫濱市內幾乎沒有行人，商店都關著門。麥克阿瑟一行沿著空曠的大街來到新大飯店，這是在大轟炸中少數幾個未遭破壞的建築物之一。車隊一到，飯店經理和工作人員都出來迎接，艾克爾伯格則在飯店周圍布設了一道由500人把守的“環形防線”。經理把他們引進各自的房間，並為他們準備了一頓帶有牛排的晚餐。吃飯時，惠特尼覺得難以控製自己的衝動，很想奪走麥克阿瑟的飯碗，查一下食物裏是否下了毒藥。當他把這種擔心告訴麥克阿瑟時，麥克阿瑟笑道：“沒有人能長生不死。”晚上，麥克阿瑟對聚集在他房間裏的盟軍軍官們說：“弟兄們，這是軍事史上最大的一次冒險。我們現在站在敵人的國土上，我們隻帶了這麽一點軍隊，卻要看管住19個全副武裝的師，還有7000萬瘋子。隻要走錯一步，阿拉摩的悲劇就會重演。”（注：阿拉摩為美國得克薩斯聖安東尼奧的一座建築物，1836年被4000墨西哥軍包圍，裏麵的人全部被殺。）
“關於這一點，將軍請絕對放心。根據我們中國與日本人上千年的交往曆史中我們對他們所獲得的了解，日本這個民族是一個典型的欺軟怕硬的民族。他們如果沒有戰敗之前，那絕對是很瘋狂的。可是他們如果一旦被打敗了，他們馬上就會像一條狗一樣趴在你的腳下，你即使沒事用腳踢它取樂，它都不會有任何的反抗。但是，一旦它強大起來，自認為有實力擊敗你了，那麽這條溫順的狗，立刻就會變成一條瘋狗。現在，我們是戰爭者，他們是戰敗者，所以，我們是絕對安全的。”劉建業對麥克阿瑟將軍說道。
“不管怎麽樣，還是小心一些好。”惠特尼對劉建業的話並沒有完全相信。
“該說的話，我都已經說過了，至於你們相不相信，我就管不著了。至少，我們中國軍隊在進入東京的整個過程裏，幾乎沒有受到什麽抵抗。”劉建業不以為然地說。
從日本宣布投降之日起，被關押在日本及海外各地戰俘營中的盟軍戰俘即相繼獲釋。在這些戰俘中，有兩位職務最高、曾被監禁在沈陽的盟軍將領，一位是在菲律賓投降的喬納森;溫賴特將軍，另一位是在新加坡投降的英軍司令阿瑟;珀西瓦爾將軍。在得知這兩個人獲釋後，麥克阿瑟立即下令把他們帶到日本來參加投降儀式。8月31白晚7點，麥克阿瑟正在進晚餐。這時，他的副官跑進來告訴他溫賴特將軍到了，他馬上起身去迎接。在門廳，他看到一位幾乎認不得的老人：“他瘦骨嶙峋，身上穿的軍服滿是褶痕。他拄著拐杖，步履艱難。他雙眼深陷，兩頰凹進。他頭發雪白，皮膚看上去像舊皮鞋麵。”看見麥克阿瑟，溫賴特盡力做出微笑的樣子，想說什麽卻哽咽著說不出來。麥克阿瑟上前去擁抱住他，百感交集地說：“得啦，瘦皮猴。”然後把雙手搭在他肩上。直到攝影師拍照時，溫賴特才說出話來。他說他為放棄科雷希多而感到羞愧，擔心再也不會被委以指揮權了。聽了這話，麥克阿瑟“感到震驚”，對他說：“吉姆啊，隻要你願意，你原來的那個軍仍歸你指揮。”說這話的時候，麥克阿瑟顯然已經忘記了當初溫賴特投降時，他曾對馬歇爾說他是“一時精神錯亂”。
為了即將在“密蘇裏”號戰列艦上舉行的投降儀式，尼米茲曾令海軍修建大隊在關島為麥克阿瑟整修一艘專供陸軍官員使用的登陸艇，用它載麥克阿瑟去停泊在橫須賀外海的“密蘇裏”號。但當他派人把這艘登陸艇送交麥克阿瑟時，麥克阿瑟卻說：“太小了，我不乘這個小玩意跑20海裏。”尼米茲可能不知道，其他大多數軍官、新聞記者甚至日本特使都將乘驅逐艦去“密蘇裏”號，堂堂的盟軍最高統帥怎麽可以乘坐小小的登陸艇呢？麥克阿瑟還通知參謀人員讓尼米茲知道，他希望在“密蘇裏”號上懸掛他的陸軍五星上將旗。但是，根據海軍的傳統，軍艦的主桅隻升上艦的最高海軍軍官的將旗。最後，尼米茲的副官拉馬爾想了一個解決辦法，即把麥克阿瑟的紅色將旗和尼米茲的藍色將旗並排升到主桅上。把兩麵將旗一齊升到同一根桅杆上，這在海軍曆史上還是第一次。
美軍進駐橫濱和橫須賀後，日美雙方就開始為舉行正式的投降儀式作準備。投降文件的原稿是河邊特使從馬尼拉帶回來的“第1號總命令”、“詔書*案”等三種文件之一。當日本政府與大本營審議這份文件時，對於文件中使用的“投降”字眼仍有不同的意見。在東久邇內閣閣員中，除了陸海軍大臣外尚有軍部出身的國務大臣。這些軍人認為，在太平洋戰爭中，海軍雖然戰敗，陸軍並沒有戰敗，因而反對使用“投降”這個詞。但是，麵對盟軍強大的實力，內閣成員們又不敢修改一個字，最後隻得依原樣通過。
在簽署投降書方麵，盟軍要求有代表天皇及日本政府的和代表大本營的兩種代表。於是，重光外相決定從陸海軍裏各選出一名代表，從政府裏選出兩名：一名應是“身為政府首腦且處在能履行投降條件的地位上”，另一名應是“能讓盟軍方麵充分了解日本的誠意的人”。可是，新任首相東久邇宮親王以身為皇室成員、不應前去受辱為由,拒絕充當首席代表。性格一貫軟弱的近衛副首相也以自己身為皇族近親為由而予以拒絕。最後，隻得由重光外相代表天皇及日本政府，梅津參謀總長代表大本營。梅津十分不樂意承擔這項任務，但在與重光一起聆聽天皇的囑托後，便改變了看法。
就在日本正式簽署投降書的前一天，也就是9月1日，世界各主要報紙和電台都用極大的篇幅報道了一份極具震撼性的文件。
這份文件是從劉建業的部下在抓捕石井四郎的時候一並帶走的箱子裏麵所發現的一份石井四郎中將已經寫好但是尚未來得及向部下下達的手令。
這份寫在一本大筆記本上的手令詳細描述了日本天皇宣讀投降詔書後的第二天——8月16日起至27日（也就是石井四郎被捕這一天）期間，731部隊的詳細行動。
石井四郎中將下令：“盡可能多地將‘圓木’和PX從滿洲搶運回國，民用船隻也可以動員起來運送武器與裝備。由於美軍將於8月25日由東京附近的相模灣登陸，所以我們要搶在他們之前將細菌戰武器分布在日本全國，伺機對進駐日本的美軍發動全麵細菌戰爭。”石井四郎中將還詳細列舉了對美軍實施細菌戰的三種武器——中國“圓木”、“滿洲”PX與日本美女。
中國“圓木”指的是攜細菌的中國受害者。根據日本關東軍第1539號命令，“石井部隊”將平房地區120平方公裏劃為特別軍事區。731部隊在生體試驗中心——“四方樓”中央秘密建有“特設監獄”。他們將被實驗者稱為“馬魯他”，即“圓木”的意思。731部隊主要采用“特別移送”獲得“圓木”，就是由各憲兵隊不經過審判，將在各地抓獲的中外人士秘密押送到731部隊監獄。731部隊成立之初，也曾到大街上任意抓獲普通老百姓當作“圓木”。據《前日本陸軍軍人因準備和使用細菌武器被控案審判材料》中731部隊原隊員供訴，僅在1939年至1945年間，731部隊就將至少3000名中外人士直接殺害在各種活體試驗中。731部隊原隊員供稱，1945年8月，731部隊在潰退前殺死了所有的“馬魯他”，沒有一名幸存者，但現在看來731部隊極可能秘密運送部分的“圓木”回日本，隻是在陰謀破產後在日本殺害。
“滿洲”PX指提是沾染了細菌的跳蚤。該武器由731部隊第四部提供。第四部是個“大型生產細菌戰武器的製造廠”，一次性可培養近8噸各種細菌營養液，可培育出4萬萬億微生物，一個月內就可生產鼠疫細菌300公斤、傷寒症細菌900公斤、炭疽熱病菌600公斤、霍亂病菌1000公斤，其中，第四部每三四個月生產45公斤跳蚤，相當於1.45億隻！
日本美女是比較瘋狂不成熟的設想，就是由甘當“自願者”的日本女性充當攜菌人，然後與美軍高階層軍官進行“親密接觸”，以期達到“奇襲”的效果。這也並非是石井四郎中將“奇思異想”。事實上，日本此前有過戰爭史上最肮髒的“金馬計劃”。金馬是日本著名人體病毒學博士，日本軍國主義的瘋狂追隨者。1942年春，他帶著自己的科研成果向軍部提出了一個無恥的建議。太平洋島嶼的土著居民，性格粗獷豪放，再加上天氣炎熱，女性多袒胸露腹，甚至有不著裙褲者，性關係比較混亂。在太平洋作戰的美軍士兵性行為一向不檢，接觸土著婦女，極易做出荒唐事。沸?文?W鑒於此，金馬建議，在日軍撤出前，可先使島上婦女感染性病病毒，以期在美軍士兵中迅速傳染，削弱其戰鬥力，皇軍則可不戰而勝。為了挽回敗局，日本軍部在1943年春采納了“金馬計劃”。為獲得大量性病病毒，金馬帶著助手們日夜奮戰，在他的實驗室裏培養各種病毒，除一般淋病、梅毒外，還有一種俗稱“雅司病”的熱帶性病病毒，感染後**腐爛流膿，絕無醫治的特效藥，患者很快就會斃命。金馬的性病病毒，既有針劑注射，也有口服片。1944年，金馬的各種性病病毒已經準備就緒。他率領一支由醫生、護士和檢疫人員組成的“特種作戰部隊”，從日本本土搭乘一艘大型潛艇，攜帶一大批這種世界上最缺德的“武器”，開赴太平洋馬裏亞納群島給土著婦女們接種病毒。
與文件同時被公諸於世的還有一份日本陸軍省軍事科科員、統管軍事科學情報的陸軍參謀新妻清一元中佐的口供。
新妻清一元中佐在口供裏承認日本軍方在30年代初就已經開始進行在戰場上使用細菌武器和化學武器的研究；並且這些嚴重違反國際公法的武器在中國戰場上不止一次的被日軍使用，日本軍隊也曾經對蘇俄軍隊使用過細菌武器，但是具體效果還不清楚；他與石井四郎會麵，是奉命向其轉達由日本陸軍參謀總長與參謀次長下達的禁止對登陸的盟軍部隊使用細菌武器的命令，要求石井四郎及其部下伺機等候未來的時機。
在關於日軍參謀總部為何緊急叫停石井四郎的瘋狂行動的問題上，新妻清一元中佐解釋說，這有可操作性差的問題，由於日本已經投降，再想從中國東北運“圓木”到日本的可能性幾乎為零，而且，日本陸軍最擔心，也是喝停731部隊瘋狂陰謀的根本原因是為了保住日本人自己的性命，甚至要避免“絕種”的3險。
這並非聳人聽聞，盡管731部隊握有細菌武器的部分“解藥”，但由於戰爭已經將日本國內的防疫係統和藥品生產能力全部催毀，一旦細菌武器在日本列島發揮作用，日本民族可能會被它自己毀滅。其次是擔心盟軍的報複。廣島長崎的原子彈經曆已經徹底摧毀了日本軍人的戰鬥意誌，一旦731部隊得手，盟軍在細菌武器下傷亡慘重的話，那麽不排除美軍對日本再度動用原子彈實施的複的可能性，這同樣也會讓大和民族“絕種”，綜合上述原因考慮，日本陸軍最高層喝停了731部隊的瘋狂。
這兩份文件的公諸於世，讓日本政府和軍隊在世界輿論麵前被徹底撕掉了遮羞布。世界輿論為此一片嘩然。各主要盟國政府均公開表態，表示在戰爭結束以後將對日本政府和軍方在這方麵的罪行進行徹底的清算，並追究相關責任人的戰爭責任，即使是日本的天皇本人，如果有足夠的證據證明天皇本人或者皇族涉及此事，均將被送上國際法庭予以嚴厲審判，毫不姑息。
當麥克阿瑟將軍知道了這兩份文件以後，也是暴跳如雷，發誓要讓所有涉及此事的日本人全都不能逃脫被送上絞刑架的懲罰。
就在麥克阿瑟將軍因為日本人卑鄙無恥的陰謀而暴跳如雷的時候，劉建業則正在橫濱市內的旅館房間裏略帶憂鬱的品著來自法國的紅酒。
“你們美國人當初能夠和石井四郎他們以交出細菌實驗資料為條件，不追究他們的戰爭責任，不就是因為當時的人們還不清楚731部隊的性質和所作所為嗎？現在，我把這些東西一點點的公開，讓全世界的人都知道，我看你們美國人還敢不敢悄悄的放過這些十惡不赦的家夥。”想到這裏，劉建業舉起酒杯，對著天空說道：“被731部隊這個惡魔殺害的同胞們，我以我軍人的榮譽向你們發誓，我將盡我所能把他們送上曆史的審判台！！”